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Les différences dans la méthylation d'ADN ont pu exactement prévoir l'étape progressive de l'affection hépatique

Les découvertes d'une étude nationale aboutie par l'institut de recherches génomique de translation (TGen), une société apparentée de ville d'espoir, recensent les biomarqueurs potentiels qui pourraient éventuellement être employés pour diagnostiquer les étapes graduelles de l'affection hépatique.

Les chercheurs ont recensé des différences dans la méthylation d'ADN (DNAm) qui a exactement prévu différentes étapes de la fibrose de foie, marquage du foie endommagé, dans l'autant d'en tant que 94% de patients présentant l'affection hépatique de stéatose hépatique sans alcool (NAFLD), selon l'étude publiée dans le tourillon Epigenetics clinique.

NAFLD est la maladie chronique du foie la plus courante parmi des pays occidentaux, caractérisés par des accumulations de graisse dans le foie. La méthylation est un procédé biologique dans lequel des groupes méthyliques sont ajoutés à la molécule d'ADN. Ce procédé peut changer l'activité de l'ADN sans changer sa séquence, ou orthographe, des milliards de lettres qui composent le modèle génétique d'une personne.

Des configurations de DNAm peuvent être employées pour recenser la cellule distincte saisit le foie, et change en composition de cellule-type. »

Johanna DiStefano, Ph.D., professeur dans le programme métabolique et fibrotique de TGen de la maladie, et la tête du diabète de TGen et de l'élément fibrotique de la maladie

Il est l'un des auteurs supérieurs de l'étude.

Caractéristiques examinées par étude de 325 patients

Utilisant des échantillons recherchés par des biopsies, les chercheurs ont examiné des caractéristiques génomiques de 325 patients avec NAFLD : 206 sans le foie apparent marquant, et 119 avec les niveaux de variation de la fibrose, qui sous sa forme plus sévère peuvent progresser à une stéatohépatite sans alcool appelée de condition (NASH), et consécutivement mener à la cirrhose, au cancer du foie, et à la mort.

Utilisant DNAm pour estimer la composition cellulaire de ces échantillons, les chercheurs ont constaté que des niveaux plus sévères de fibrose ont été associés à une augmentation graduelle du pourcentage des cellules immunitaires dans le foie, et une diminution correspondante du pourcentage des cellules épithéliales, un type de cellule qui raye les surfaces variées de fuselage, y compris des organes tels que le foie.

Karen Conneely, Ph.D., professeur agrégé dans le service de la génétique humaine à l'École de Médecine d'université d'Emory, et un auteur supérieur de l'étude, a expliqué que les chercheurs ont également constaté que même après des différences de représentation en composition cellulaire entre les personnes, des niveaux de DNAm aux sites spécifiques dans le génome ont été diminués dans les patients présentant la fibrose sévère. Les différences frappaient assez que Nicholas d'Emory Johnson, Ph.D., et un auteur important de l'étude, pouvait développer un modèle basé sur DNAm à 28 sites génomiques qui pourraient exactement prévoir des niveaux de fibrose dans 94% de patients de NAFLD dans un jeu de test indépendant.

« Ces découvertes sont compatibles avec DNAm comme soutien de mécanisme, ou variations marquantes et liées à la fibrose dans la composition de cellules, et expliquent le potentiel de DNAm comme biomarqueur possible de la fibrose de NAFLD, » a dit Xiumei Wu, Ph.D., un scientifique de personnel de TGen dans le laboratoire de DiStefano, et un des auteurs de l'étude.

Penser à l'avenir à de futures études

Pour cette étude, des échantillons ont été tirés directement des foies patients par l'intermédiaire de l'utilisation relativement invasive des biopsies. Tirant profit de la technologie frayée par TGen, ils proposent que de futurs échantillons pourraient être obtenus à partir du sang de diffusion.

« DNAm de diffusion a été proposé comme biomarqueur non envahissant potentiel de gravité de la maladie pour NAFLD, » l'étude a indiqué. « Ces résultats proposent que notre modèle pourrait potentiellement prévoir la fibrose de NAFLD dans le sang DNAm. »

La future analyse pourrait également être complétée à l'aide de l'ordonnancement unicellulaire d'ARN, d'une méthode plus exigeante d'analyser l'information génomique, qui a le potentiel de mesurer la composition de cellules à un plus de haute résolution, et de faciliter une compréhension plus grande de la relation entre la fibrose de NAFLD, de la composition cellulaire, et du DNAm.

« De façon générale, notre enquête prouve que DNAm fournit les informations qui sont non seulement utiles pour comprendre la biologie fondamentale de NAFLD, » M. DiStefano a dit, « mais peut également servir d'outil clinique capable de diagnostiquer indépendamment la fibrose. »

Source:
Journal reference:

Johnson, N.D., et al. (2021) Differential DNA methylation and changing cell-type proportions as fibrotic stage progresses in NAFLD. Clinical Epigenetics. doi.org/10.1186/s13148-021-01129-y.