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Confinement rigoureusement réduit la boîte de vitesses des variantes COVID-19 en Espagne pendant la première onde

Les études les plus complètes sur les variantes du coronavirus qui a dominé la première ondule en Espagne ont juste été publiées en génétique de nature. L'étude a été effectuée par le consortium de SeqCOVID, qui comprend plus de 50 institutions espagnoles abouties par l'université de Valence, de l'institut de la biomédecine de Valence (IBV, CSIC), et de la fondation de Fisabio.

Une année et demie après la manifestation de la pandémie COVID-19, l'étude scientifique la plus complète sur les variantes du coronavirus qui a diffusé en Espagne pendant la « première onde » a été publiée. L'étude recense neuf variantes du virus qui a dominé la pandémie entre les mois de mars et juin 2020.

Parmi eux, les deux les plus courants sont venus d'une lignée de SARS-CoV-2 abondant dans les pays asiatiques à ce moment-là, bien que le virus ait obtenu principalement par des contacts des pays européens avec plus de 500 introductions, selon la génétique publiée d'étude par nature. Le travail conclut que le confinement imposé servi pour réduire rigoureusement la boîte de vitesses de ces variantes, même les plus contagieuses, qui ont été remontées par d'autres en date de l'été de 2020 où des mesures de contrôle ont été soulagées.

L'étude a employé 2.500 échantillons de patients diagnostiqués en Espagne pendant la première onde de la pandémie, rassemblés par 40 hôpitaux et ordonnancés par le consortium de SeqCOVID, une équipe de recherche composés de plus de 50 institutions espagnoles et des centaines de chercheurs qui aboutissent l'université de Valence, de l'institut de la biomédecine de Valence (IBV, CSIC) et de la fondation pour la promotion de la santé et la recherche biomédicale de la Communauté Valencian (Fisabio). Les échantillons analysés représentent 1% de tous les cas diagnostiqués dans la première onde (14% avant lockdown).

L'équipe de recherche a recensé 9 variantes du virus (sec appelée, Clades épidémique anglais-espagnol), qui étaient celles qui ont dominé cette première onde en Espagne. Deux d'entre elles (SEC7 et SEC8) étaient d'abord trouvés dans le pays et le prédominant au cours de cette période, et sont associés au moins à deux événements connus de superbe-dispersion : la correspondance d'Atalanta-Valence de la Champions League et un enterrement en Vitoria, bien que des orientations tôt soient recensées dans d'autres parties du pays.

Il n'y avait pas une introduction unique du virus en Espagne, mais les entrées indépendantes plutôt multiples (au moins 500), de différentes origines internationales. Celles-ci se sont produites principalement pendant février et mars 2020, avant la mise en place des mesures de contrôle.

Événements de Superdispersion et mobilité, clavette dans les différentes ondes

« La plupart des premières infections d'onde avant lockdown en Espagne ont été provoquées par des tensions de la lignée d'A du coronavirus. C'étaient abondants dans les pays asiatiques à ce moment-là, mais elles ont eu moins de présence dans le reste de pays européens, où les tensions de la lignée B ont dominé. Ceci ne signifie pas que les introductions de SARS-CoV-2 dans notre pays étaient principalement asiatiques. En réalité, nous voyons que la majorité d'introductions viennent des pays européens, mais les tensions de lignée d'A ont été déterminées plus tôt et, grâce aux événements de superdispersion, elles ont augmenté rapidement dans notre pays », explique le álvaro Chiner, un des chercheurs de CSIC dans l'IBV de Valence qui a participé à l'étude.

Les chercheurs ont observé une configuration assimilée pour la variante qui a dominé dans la deuxième onde (nommée 20E (EU1)), qui ils juste publiés en nature. Cette variante a augmenté rapidement en Espagne a aidé par des événements de superbe-dispersion et a fini vers le haut de dominer la deuxième onde en Espagne et beaucoup de l'Europe, lié à la mobilité d'été.

C'est une leçon que nous n'avons pas apprise de l'été dernier. »

Bougies de Fernando González, professeur, université de Valence

Lockdown efficace

De plus, le premier travail d'onde publié en génétique de nature mesure l'efficacité des mesures mises en application pour régler le virus pendant la première onde. Toutes les variantes ont recensé de manière significative réduit leur prévalence et boîte de vitesses de la condition de l'alarme. Elles ont pratiquement disparu à l'extrémité de la première onde et ont été remontées par les variantes neuves qui ont apparu pendant l'été, quand les mesures de lockdown étaient décontractées.

Le « Lockdown était hautement efficace en arrêtant la boîte de vitesses du virus. Non seulement pour les variantes dominantes SEC7 et SEC8, mais pour tout ceux diffusant à ce moment-là, y compris ceux qui ont contenu la mutation génique D614G appelé de S, qui était la première qui a été montrée pour augmenter le transmissibility du virus », des remarques Marianne López, un chercheur du CSIC à l'IBV et le co-auteur de l'étude.

« Nous voyons quelque chose assimilée par les ondes. Nous trouvons des variantes plus transmissibles, mais leur choc peut être réglé avec les mesures de contrôle appropriées. Partout où ces mesures n'ont pas existé ou sont plus décontractées, les variantes ont aggravé les manifestations. Il s'est produit au Royaume-Uni avec l'alpha variante et il se produit en Espagne avec la triangle une », indique les comas d'Iñaki, chercheur de CSIC au Coordinateur d'IBV SeqCOVID.

Contrôle génomique pendant les ondes suivantes

Selon l'équipe de recherche du consortium de SeqCOVID, les résultats de ceci fonctionnent, ainsi que cela de la deuxième onde publiée récent en nature, expliquent la nécessité de comporter l'épidémiologie génomique en tant qu'un outil de santé plus publique pour suivre le virus et pour recenser les variantes d'un choc plus grand.

« Le contrôle actif pour des mutations virales doit continuer afin d'évaluer le danger des variantes neuves avec des risques potentiels pour régler l'épidémie. C'est l'un des objectifs que nous avons fixés nous-mêmes dans la plate-forme thématique interdisciplinaire de la santé globale du CSIC », commente Mireia Coscollá, un chercheur à l'université de Valence à l'institut pour la biologie de systèmes intégratrice (I2SysBio, UV-CSIC) et un des Coordinateurs d'étude.

Le travail de SeqCOVID a contribué à la création d'un réseau génomique national de contrôle dirigé par le centre pour la coordination des alertes de santé et des urgences (CCAES) et coordonné par l'institut de santé de Carlos III (ISCIII). Ce réseau est entièrement intégré dans le travail de soins des hôpitaux.

Source:
Journal reference:

Hodcroft, E. B., et al. (2021) Spread of a SARS-CoV-2 variant through Europe in the summer of 2020. Nature. doi.org/10.1038/s41586-021-03677-y.