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Facendo uso del microbiota rinofaringeo come presto biomarcatore in pazienti con COVID-19

La malattia 2019 (COVID-19), che di coronavirus è causata dal coronavirus 2 (SARS-CoV-2) di sindrome respiratorio acuto severo ha sostenuto oltre 4,8 milione vite universalmente e continua ad essere una minaccia globale importante.

La rilevazione degli indicatori prognostici in anticipo di COVID-19 è della massima importanza come conseguenza di alte mortalità e severità della malattia. I risultati difficili relativi a COVID-19 sono non solo dovuto l'infezione virale ma anche dovuto la risposta immunitaria ospite aberrante.

Studio: Microbiota rinofaringeo come biomarcatore iniziale della severità in COVID-19 ha ospedalizzato i pazienti: uno studio di gruppo retrospettivo in un'area Mediterranea. Credito di immagine: qcontrol/Shutterstock.com

Microbiota e COVID-19

La severità di COVID-19 è stata collegata con parecchi fattori prognostici quali l'età, i comorbidities, il sesso, i fattori genetici e le posizioni geografiche. Queste caratteristiche contribuiscono a promuovere le risposte immunitarie come pure impediscono le eccessive risposte immunitarie antivirali.

Il microbiota è conosciuto per influenzare la storia naturale di molte malattie infettive. L'evoluzione clinica delle malattie respiratorie croniche come pure le infezioni respiratorie virali, egualmente è stata correlata con il microbiota respiratorio. Di conseguenza, parecchi studi che comprendono la patologia COVID-19 e il microbiota sono stati intrapresi per determinare il ruolo del microbiota nella predisposizione di una persona all'infezione SARS-CoV-2.

alcuni di questi studi hanno confermato la relazione fra la composizione di una persona respiratoria e sventrano la severità di malattia e di microbiota. Malgrado questi risultati, gli studi longitudinali che valutano il microbiota come fattore prognostico per la severità di malattia ancora stanno mancando di.

Un nuovo studio ha pubblicato sul bioRxiv* del " server " della pubblicazione preliminare mirante per analizzare il microbiota rinofaringeo dei pazienti che sono stati ospedalizzati con COVID-19. Qui, i ricercatori egualmente egualmente sono stati interessati a determinare la relazione fra i risultati clinici SARS-CoV-2 e il microbiota identificando i generi o le funzionalità che potrebbero servire da indicatori prognostici.

Circa lo studio

Lo studio corrente ha compreso un gruppo retrospettivo di 177 pazienti adulti che sono stati ospedalizzati in mezzo dal 27 febbraio 2020 al 22 gennaio 2021 con COVID-19. L'infezione SARS-CoV-2 è stata confermata attraverso la prova inversa-transcriptase di reazione a catena della polimerasi (RT-PCR).

Sopra l'ammissione all'ospedale, i campioni rinofaringei sono stati raccolti e memorizzato stati a -80 °C. Questi campioni più successivamente sono usato stati per isolamento e quantificazione dell'acido desossiribonucleico (DNA).

La diversità microbica misurata dall'alfa e dai beta indici analitici di diversità come pure la composizione tassonomica del microbiota, sono state determinate dall'analisi bioinformatic e dall'ordinamento di prossima generazione del amplicon di microbiota (NGS).

Le funzionalità cliniche, il laboratorio e le prove radiologiche, la presenza di comorbidities, le terapie prescritte ed i risultati durante la fase acuta di infezione SARS-CoV-2 dei pazienti sono stati raccolti dalle loro cartelle sanitarie digitali.

Risultati di studio

Dai 177 pazienti inclusi nello studio corrente, 57,6% erano maschi e c'era un'età media di 68 anni. La valutazione dei pazienti dopo i sei giorni dei sintomi ha indicato che 89,2% hanno avuti polmonite. Il tasso di mortalità è stato trovato per essere 17. 5%, con 11,3% dei pazienti che richiedono la ventilazione meccanica dilagante (IMV).

L'alfa ed i beta indici analitici di diversità sono risultati più bassi in pazienti con i risultati interni, così più ulteriormente suggerendo che la diversità microbica bassa fosse associata con il più alta severità COVID-19.


Analisi tassonomica: Diagrammi di Eulero-Venn per IMV (A) e risultato interno (B) ed abbondanze relative di generi differenziali per IMV (C) e sottopopolazioni interne di risultato (D). Le abbondanze relative sono indicate in disgaggio logaritmico. IMV: ventilazione meccanica dilagante, FO: Risultato interno.

Ancora, pochi generi dei batteri sono stati trovati per essere più abbondanti in pazienti COVID-19, indipendentemente dai pazienti che appartengono al IMV o ai gruppi interni di risultato. Questi batteri hanno incluso le speci delle specie di streptococco, dello stafilococco e le speci del corinebatterio.

I ricercatori egualmente hanno trovato che le speci di Selenomonas, le speci di Filifactor, le speci di Chroococcidiopsis e le speci dell'actinobacillo erano più abbondanti in pazienti non-IMV. Comparativamente, la presenza di speci di Selenomonas, le speci di Filifactor, le speci dell'actinobacillo, o le speci di Chroococcidiopsis sono state associate con un rischio diminuito di IMV.

In pazienti che hanno soccombuto ai risultati interni, le speci dell'actinobacillo, le speci di Craurococcus, le speci del citrobatterio e le speci di Moheibacter sono state trovate per essere più abbondanti in pazienti non-exitus. Le speci dell'actinobacillo, le speci del citrobatterio, le speci di Craurococcus, o le speci di Moheibacter sono state associate con un rischio diminuito di risultati interni. Tuttavia, questa relazione non ha persistito dopo adeguamento per i confounders principali.

Lo studio è clinicamente pertinente, poichè era basso costo e tenuto conto la tempestiva rilevazione della diversità e dei generi dei microbi durante l'ammissione dei pazienti all'ospedale. Ancora, lo studio corrente era efficace nella determinazione che la diversità più alta è stata trovata in pazienti senza i risultati interni o IMV. Lo studio corrente egualmente ha indicato che determinati generi specifici dei microbi erano presenti in pazienti ospedalizzati con COVID-19 che potrebbe servire da biomarcatori iniziali.

Tuttavia, la relazione fra il microbiota e COVID-19 è ancora un attivo e un campo di ricerca espandentesi. La ricerca futura deve essere effettuata per determinare i loro ruoli esatti nello sviluppo COVID-19 e nell'evoluzione.

Limitazioni

Lo studio corrente era un d'osservazione, il unico centro, studio retrospettivo in cui la raccolta dei dati non è stata standardizzata. La piccola dimensione del campione, con l'assenza di differenze nelle caratteristiche fra i pazienti ammessi all'ospedale, non ha tenuto conto la valutazione globale.

Il amplicon ribosomiale del RNA 16S che ordina l'approccio ha potuto anche presentare di sbieco. Inoltre, l'analisi di bioinformatica dei microbi non è stata standardizzata ancora, in grado di ostacolare l'interpretazione dei risultati.

avviso *Important

il bioRxiv pubblica i rapporti scientifici preliminari che pari-non sono esaminati e, pertanto, non dovrebbero essere considerati conclusivi, guida la pratica clinica/comportamento correlato con la salute, o trattato come informazioni stabilite.

Journal reference:
Suchandrima Bhowmik

Written by

Suchandrima Bhowmik

Suchandrima has a Bachelor of Science (B.Sc.) degree in Microbiology and a Master of Science (M.Sc.) degree in Microbiology from the University of Calcutta, India. The study of health and diseases was always very important to her. In addition to Microbiology, she also gained extensive knowledge in Biochemistry, Immunology, Medical Microbiology, Metabolism, and Biotechnology as part of her master's degree.

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