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Usando o microbiota nasopharyngeal como cedo o biomarker nos pacientes com COVID-19

A doença 2019 do coronavirus (COVID-19), que é causada pelo coronavirus 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2) reivindicou sobre 4,8 milhão vidas no mundo inteiro e continua a ser uma ameaça global principal.

A detecção de marcadores prognósticos adiantados de COVID-19 é primordial em conseqüência da mortalidade e da severidade altas da doença. Os resultados deficientes relativos a COVID-19 são não somente devido à infecção viral mas também devido à resposta imune do anfitrião aberrante.

Estudo: Microbiota Nasopharyngeal como um biomarker adiantado da severidade em COVID-19 hospitalizou pacientes: um estudo de coorte retrospectivo em uma área mediterrânea. Crédito de imagem: qcontrol/Shutterstock.com

Microbiota e COVID-19

A severidade de COVID-19 foi relacionada a diversos factores prognósticos tais como a idade, os comorbidities, o sexo, factores genéticos, e lugar geográficos. Estas características ajudam a promover respostas imunes, assim como impedem respostas imunes antivirosas excessivas.

O microbiota é sabido para influenciar a história natural de muitas doenças infecciosas. A evolução clínica de doenças respiratórias crônicas, assim como as infecções respiratórias virais, foram correlacionadas igualmente com o microbiota respiratório. Conseqüentemente, diversos estudos que envolvem a patologia COVID-19 e o microbiota foram conduzidos para determinar o papel do microbiota na susceptibilidade de um indivíduo à infecção SARS-CoV-2.

Diversos destes estudos confirmaram o relacionamento entre a composição de um indivíduo respiratório e estripam a severidade do microbiota e da doença. Apesar destes resultados, os estudos longitudinais que avaliam o microbiota como um factor prognóstico para a severidade da doença ainda estão faltando.

Um estudo novo publicou no bioRxiv* do server da pré-impressão apontado analisar o microbiota nasopharyngeal dos pacientes que foram hospitalizados com COVID-19. Aqui, os pesquisadores foram interessados igualmente igualmente em determinar o relacionamento entre os resultados SARS-CoV-2 clínicos e o microbiota identificando os géneros ou as características que poderiam servir como marcadores prognósticos.

Sobre o estudo

O estudo actual envolveu uma coorte retrospectiva de 177 pacientes adultos que foram hospitalizados com COVID-19 no meio do 27 de fevereiro de 2020 ao 22 de janeiro de 2021. A infecção SARS-CoV-2 foi confirmada através do teste reverso-transcriptase da reacção em cadeia da polimerase (RT-PCR).

Em cima da admissão ao hospital, as amostras nasopharyngeal foram recolhidas e armazenadas em -80 °C. Estas amostras foram usadas mais tarde para o isolamento e a quantificação do ácido deoxyribonucleic (ADN).

A diversidade microbiana medida pelo alfa e pelos beta deslocamentos predeterminados da diversidade, assim como a composição taxonomic do microbiota, foram determinadas a análise e arranjar em seqüência bioinformatic da próxima geração do amplicon do microbiota (NGS).

As características clínicas, o laboratório e os testes radiológicos, a presença de comorbidities, as terapias prescritas, e os resultados durante a fase aguda da infecção SARS-CoV-2 dos pacientes foram recolhidos de seus informes médicos digitais.

Resultados do estudo

Fora dos 177 pacientes incluídos no estudo actual, 57,6% eram homens e havia uma idade mediana de 68 anos. A avaliação dos pacientes após seis dias dos sintomas mostrou que 89,2% tiveram a pneumonia. A taxa de mortalidade foi encontrada para ser 17. 5%, com os 11,3% dos pacientes que exigem a ventilação mecânica invasora (IMV).

O alfa e os beta deslocamentos predeterminados da diversidade foram encontrados para ser mais baixos nos pacientes com resultados fatais, assim mais sugerindo que a baixa diversidade microbiana estivesse associada com a severidade COVID-19 mais alta.


Análise Taxonomic: Venn diagrams para IMV (a), e o resultado fatal (b), e abundâncias relativas de géneros diferenciais para IMV (c), e as subpopulações fatais do resultado (d). As abundâncias relativas são mostradas na escala logarítmica. IMV: ventilação mecânica invasora, FO: Resultado fatal.

Além disso, poucos géneros das bactérias foram encontrados para ser mais abundantes nos pacientes COVID-19, independentemente dos pacientes que pertencem ao IMV ou aos grupos fatais do resultado. Estreptococo incluído spp destas bactérias., estafilococo spp., e Corynebacterium spp.

Os pesquisadores igualmente encontraram que Selenomonas spp., Filifactor spp., Chroococcidiopsis spp., e Actinobacillus spp. eram mais abundante em pacientes do non-IMV. Comparativamente, a presença de Selenomonas spp., Filifactor spp., o Actinobacillus spp., ou Chroococcidiopsis spp foram associados com um risco reduzido de IMV.

Nos pacientes que sucumbiram aos resultados fatais, Actinobacillus spp., Craurococcus spp., no Citrobacter spp., e no Moheibacter spp. foram encontrados para ser mais abundante em pacientes do non-exitus. Actinobacillus spp., Citrobacter spp., Craurococcus spp., ou Moheibacter spp. foram associados com um risco reduzido de resultados fatais. Contudo, este relacionamento não persistiu após o ajuste para os aspectos obscuros principais.

O estudo é clìnica relevante, porque era baixo custo e permitido a detecção rápida da diversidade e dos géneros dos micróbios durante a admissão dos pacientes ao hospital. Além disso, o estudo actual era eficaz em determinar que uma diversidade mais alta estêve encontrada nos pacientes sem resultados fatais ou IMV. O estudo actual igualmente mostrou que determinados géneros específicos dos micróbios estaram presente nos pacientes hospitalizados com COVID-19 que poderia servir como biomarkers adiantados.

Contudo, o relacionamento entre o microbiota e o COVID-19 é ainda um active e um campo de pesquisa de expansão. A pesquisa futura precisa de ser feita para determinar seus papéis exactos na revelação COVID-19 e na evolução.

Limitações

O estudo actual era um observacional, o único-centro, estudo retrospectivo onde a coleção de dados não foi estandardizada. O tamanho da amostra pequeno, junto com a ausência de diferenças nas características entre os pacientes admitidos ao hospital, não permitiu a avaliação global.

O amplicon ribosomal do RNA 16S que arranja em seqüência a aproximação podia igualmente introduzir de viés. Além disso, a análise da bioinformática dos micróbios não foi estandardizada ainda, que poderiam impedir da interpretação dos resultados.

observação *Important

o bioRxiv publica os relatórios científicos preliminares que par-não são revistos e, não devem conseqüentemente ser considerados como conclusivos, guia a prática clínica/comportamento saúde-relacionado, ou tratado como a informação estabelecida.

Journal reference:
Suchandrima Bhowmik

Written by

Suchandrima Bhowmik

Suchandrima has a Bachelor of Science (B.Sc.) degree in Microbiology and a Master of Science (M.Sc.) degree in Microbiology from the University of Calcutta, India. The study of health and diseases was always very important to her. In addition to Microbiology, she also gained extensive knowledge in Biochemistry, Immunology, Medical Microbiology, Metabolism, and Biotechnology as part of her master's degree.

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