Avertissement : Cette page est une traduction automatique de cette page à l'origine en anglais. Veuillez noter puisque les traductions sont générées par des machines, pas tous les traduction sera parfaite. Ce site Web et ses pages Web sont destinés à être lus en anglais. Toute traduction de ce site et de ses pages Web peut être imprécis et inexacte, en tout ou en partie. Cette traduction est fournie dans une pratique.

Analyse moléculaire rapide pour trouver des séquences d'ARN de SARS-CoV-2-specific

Les chercheurs d'Israël ont décrit une analyse moléculaire neuve pour trouver rapidement des agents pathogènes avec la sensibilité élevée dans les échantillons cliniques. La méthode combine un système biosensing de modulation magnétique extrêmement (MMB) sensible, une mise en chauffage rapide, et une sonde double-trempée modifiée d'hydrolyse pour trouver la présence de l'ARN.

Étude :Une analyse moléculaire basée sur biosensing de modulation magnétique pour le rapid et diagnostic clinique extrêmement sensible de COVID-19. Crédit dÉtude : Une analyse moléculaire basée sur biosensing de modulation magnétique pour le rapid et diagnostic clinique extrêmement sensible de COVID-19. Crédit d'image : CROCOTHERY/Shutterstock

Publié dans le tourillon de la diagnose moléculaire, du dépistage rapide rapporté d'étude du coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère avec la sensibilité élevée et de la spécificité dans les échantillons cliniques.

Mouvement propre

Le dépistage rapide et sensible des virus humains est un besoin urgent, particulièrement pendant des épidémies et les pandémies. La pandémie actuelle de la maladie 2019 de coronavirus (COVID-2019) provoquée par SARS-CoV-2 a incité l'élaboration rapide de diverses méthodes de dépistage rapides pour le dépistage d'agent pathogène.

Cependant, le test d'étalon-or pour SARS-CoV-2 est actuel basé sur le dépistage transcription-quantitatif inverse de l'amplification en chaîne par polymérase (Droite-qPCR) de l'ARN de virus-détail dans l'échantillon, avec un temps de basculement de 90-120 mn. Cette analyse se fonde sur l'amplification d'objectif par la polymérase de Taq et emploie une sonde basée sur le transfert fluorescente (FRET) d'hydrolyse d'énergie de résonance.

Tandis qu'aussi peu qu'une copie unique d'ARN d'un objectif peut être trouvée théoriquement par Droite-qPCR, globalement, la phase de droite, le suivi en temps réel, et le nombre élevé de cycles d'amplification sont longs pour l'examen critique rapide. D'autres défis dans les méthodes de dépistage rapides passionnantes comprennent le haut débit de résultats faussement négatifs et de longs temps de réaction.

Cette étude décrit une analyse magnétique neuve de Biosensing (MMB) de modulation 3-4 fois plus rapidement que la Droite-qPCR normale et surmonte les limitations de l'examen critique rapide d'encombrement réduit existant.

L'étude

Les chercheurs ont exécuté l'analyse de MMB pour l'E-gène (enveloppe) et les objectifs de N1-gene (nucleocapsid) en cela étudient. Ils ont rassemblé les écouvillons nasopharyngaux des patients hospitalisés de COVID-19-positive. Ils ont rassemblé des échantillons pour le négatif SARS-CoV-2 réglé avant le début de la pandémie COVID-19 en Israël.

Les chercheurs ont vérifié l'analyse de MMB des réactions de RT-PCR avec ou sans l'E-gène synthétique de l'ARN SARS-CoV-2 dans un test cycle-dépendant d'amplification. Tandis qu'ils trouvaient seulement dix copies des objectifs transcrits in vitro d'E-gène d'ARN avec 30 cycles d'amplifications, les cycles optimaux pour le Rapport signal-bruit amélioré s'avèrent pour être exécutés à 40 cycles d'amplification.

Transcrivant l'objectif d'E-gène in vitro dans l'eau d'ACP-pente, les chercheurs ont également exécuté des copies/analyse réaction-dépendante pour déterminer la sensibilité analytique de l'analyse. Ils ont prévu la limite du dépistage pour être 1,6 copies/réaction.

D'une manière primordiale, les chercheurs ont déterminé la sensibilité et la spécificité cliniques de l'analyse basée sur MMB d'E-gène suivant 40 cycles d'amplification. Pour les 309 échantillons cliniques, y compris 170 échantillons de SARS-CoV-2-negative (30 dont soyez positif à d'autres virus respiratoires), et les 139 échantillons de Droite-qPCR SARS-CoV-2-positive, les chercheurs a montré que l'analyse de MMB a eu la sensibilité 100% la spécificité et 97,8% clinique pour des échantillons avec le ≤ 42 de Ct.

De plus, les chercheurs ont vérifié la sensibilité et la spécificité cliniques de l'analyse basée sur MMB de N1-gene suivant 40 cycles d'amplification. Ils ont employé 70 échantillons, y compris 40 échantillons de SARS-CoV-2-negative (30 dont soyez positif pour d'autres virus respiratoires) et 30 échantillons de Droite-qPCR SARS-CoV-2-positive.

Utilisant la même coupure de ROC prévue pour l'analyse basée sur MMB d'E-gène, les chercheurs ont recensé tous les échantillons négatifs en tant que négatif, indiquant la spécificité 100% par l'analyse basée sur MMB de N1-gene.

Marquant la valeur de Ct et les signes de MMB, les chercheurs ont conclu que l'analyse pourrait fournir, en plus des résultats qualitatifs précis, des résultats semi-quantitatifs tels que négatif, positif limite, et positif. De manière significative, ils également rapportés qu'il n'y avait aucune activité hétérospécifique dans cette analyse, indicatif de la spécificité élevée. En outre, l'étude regarde les coûts associés de l'analyse de MMB - on s'attend à ce que soit meilleur marché que le coût d'un système Droite-qPCR normal.

Conclusions

Les chercheurs ici ont présenté une analyse moléculaire rapide pour trouver des séquences d'ARN de SARS-CoV-2-specific basées sur l'analyse de MMB. Ils ont expliqué la sensibilité et la spécificité cliniques pour être 97,8 et 100%, respectivement.

Comparé au test Droite-qPCR moyen (90-120 mn), les analyses moléculaires basées sur MMB avec 40 cycles d'amplification ont pris seulement 30 mn (temps traitant y compris). Le dépistage basé sur MMB est approximativement 150 fois plus sensible que le dépistage optique direct des molécules fluorescentes (Droite-qPCR).

Les chercheurs rapportés que cette plate-forme de MMB a été précédemment décrite pour trouver le sexe de virus et de poulet d'Ibaraki dans l'ovo. C'est le premier état pour décrire l'analyse de MMB pour le dépistage moléculaire des virus humains.

Les amorces et le jeu de sonde dans cette analyse peuvent être réglés pour trouver d'autres agents pathogènes facilement. Le couplage avec un dispositif de dépistage élevé de débit pour examiner rapidement de grands échantillons dans une communauté, cette analyse peut modifier la réaction à n'importe quelle situation universelle.

Journal reference:
  • Margulis, M. et al. (2021) "A magnetic modulation biosensing-based molecular assay for rapid and highly sensitive clinical diagnosis of COVID-19", The Journal of Molecular Diagnostics. doi: 10.1016/j.jmoldx.2021.08.012.
Dr. Ramya Dwivedi

Written by

Dr. Ramya Dwivedi

Ramya has a Ph.D. in Biotechnology from the National Chemical Laboratories (CSIR-NCL), in Pune. Her work consisted of functionalizing nanoparticles with different molecules of biological interest, studying the reaction system and establishing useful applications.

Citations

Please use one of the following formats to cite this article in your essay, paper or report:

  • APA

    Dwivedi, Ramya. (2021, October 06). Analyse moléculaire rapide pour trouver des séquences d'ARN de SARS-CoV-2-specific. News-Medical. Retrieved on January 22, 2022 from https://www.news-medical.net/news/20211006/Rapid-molecular-assay-to-detect-SARS-CoV-2-specific-RNA-sequences.aspx.

  • MLA

    Dwivedi, Ramya. "Analyse moléculaire rapide pour trouver des séquences d'ARN de SARS-CoV-2-specific". News-Medical. 22 January 2022. <https://www.news-medical.net/news/20211006/Rapid-molecular-assay-to-detect-SARS-CoV-2-specific-RNA-sequences.aspx>.

  • Chicago

    Dwivedi, Ramya. "Analyse moléculaire rapide pour trouver des séquences d'ARN de SARS-CoV-2-specific". News-Medical. https://www.news-medical.net/news/20211006/Rapid-molecular-assay-to-detect-SARS-CoV-2-specific-RNA-sequences.aspx. (accessed January 22, 2022).

  • Harvard

    Dwivedi, Ramya. 2021. Analyse moléculaire rapide pour trouver des séquences d'ARN de SARS-CoV-2-specific. News-Medical, viewed 22 January 2022, https://www.news-medical.net/news/20211006/Rapid-molecular-assay-to-detect-SARS-CoV-2-specific-RNA-sequences.aspx.