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La CDC et le ClinGen partner pour élaborer la liste variable curated par expert pour la communauté génomique

Les centres pour le programme de lutte contre la maladie et de manuel de référence du dépistage génétique de la prévention (CDC) (Obtenir-RM) partnered avec le moyen clinique de génome (ClinGen) pour élaborer la liste procurable d'a publiquement - de 546 variantes pathogènes curated par expert en 84 gènes pour l'usage dans le dépistage génétique de ordonnancement (NGS) de la deuxième génération. Cette liste sert de moyen de la connaissance à concevoir des études analytiques complètes de validation et à produire les manuels de référence ordinateur-modulés ou simulés pour le développement génomique clinique de test par la définition des variantes qui sont les contributeurs importants à la maladie ou difficiles à trouver. Leur travail est présenté dans le tourillon de la diagnose moléculaire, publié par Elsevier.

Le dépistage génétique a évolué d'interroger de petits ensembles de variantes pathogénétiques connues en un ou quelque gènes aux centaines ou aux milliers de examen de gènes simultanément utilisant NGS. Pour ces grandes analyses, il est logistiquement difficile (et souvent impossible) d'obtenir des manuels de référence d'ADN génomique contenant la pleine étendue des variantes et des types de variante requis pour réaliser une étude complète de validation.

Il peut être provocant pour que les laboratoires mettent à jour la connaissance approfondie pour recenser des variantes représentatives appropriées pour l'inclusion dans des études de validation d'assurer la validité analytique et clinique. De plus, une étude complète de validation utilisant les manuels de référence traditionnels peut être coûteuse. La liste variable curated par expert neuf aidera à aborder cette difficulté. C'est important parce que les analyses cliniques bien conçues et validées peuvent fournir des résultats précis et fiables aux patients, activant des diagnostics précis et des décisions de traitement adapté.

Je suis très enthousiaste que nous pouvons catalyser cette approche nouvelle importante. Elle retirera un goulot d'étranglement critique pour des révélateurs de test et peut aider à harmoniser le développement et la validation de test en travers des laboratoires. »

Birgit Funke, PhD, chercheur de Co-Fil, Division de la santé génomique, Sema4, Stamford, CT, Etats-Unis

Des panels d'experts variables de ClinGen ont été invités à nommer cliniquement des variantes importantes dans les gènes qu'ils couvrent. Chaque panel d'experts a été invité à nommer approximativement 10 variantes selon l'endroit de la maladie, y compris les variantes pathogènes qui sont les plus grands contributeurs à la maladie ainsi qu'aux variantes qui peuvent représenter des défis analytiques potentiels aux laboratoires. De façon générale, 546 seules variantes ont été recensées en 84 gènes. La cause nommée de variantes un large éventail de maladies, on dont sont couramment vérifiés par NGS, y compris les cancers héritables, les erreurs métaboliques congénitales, la myocardiopathie, le diabète, et les troubles immunitaires.

Le Bureau d'ordre d'allèle de ClinGen a été employé pour normaliser la nomenclature pour toutes les variantes nommées, et des IDs et les troubles associés de variation de ClinVar ont été ajoutés là où procurables. Food and Drug Administration (FDA) a identifié le procédé du curation de ClinGen et ses catégories donnantes droit comme base de données de variante de réglementation-pente. Les variantes curated sont procurables par l'intermédiaire du centre national pour le dépôt de base de données de ClinVar de la biotechnologie (NCBI) et de preuve de ClinGen.

« ClinGen est excité pour avoir formé ce partenariat avec la CDC pour augmenter le projet d'Obtenir-RM avec le teneur d'expert-curated, » a dit Heidi Rehm, PhD, programme en génétique médicale et de population, institut grand de MIT et Harvard, Cambridge ; et centre pour le médicament génomique, Massachusetts General Hospital, Boston, MAMANS, Etats-Unis.

La FDA et les sociétés professionnelles comprenant l'association pour la pathologie moléculaire et l'université des pathologistes américains ont commencé à reconnaître les défis de grandes analyses et à avoir répondu avec le guidage qui permet l'utilisation in silico (l'ordinateur modélisé ou a simulé) des manuels de référence de compléter la validation clinique et le fonctionnement de test. Ces in silico moyens sont vraiment évolutifs et peuvent être réglés pour répondre aux besoins de n'importe quelle taille de Commission de gène comprenant l'exome entier/approches entières de génome, qui sont de plus en plus mis en application dans la clinique.

« La communauté de dépistage génétique a été très de support de cet effort, et nous avons lancé un projet pilote pour expliquer comment les variantes curated recensées en tant qu'élément de ce projet pourraient être employées pour produire des manuels de référence par in silico mutagénèse dirigée de NGS ordonnançant des fichiers, » la succursale remarquable de la Science de chercheur Lisa Kalman, de PhD, d'informatique et de caractéristiques de Co-fil, la Division des systèmes de laboratoire, CDC, Atlanta, GA, Etats-Unis. « Le pilote examinera si les variantes ajoutées peuvent être trouvées par les laboratoires cliniques qui ont produit des fichiers de NGS et expliquent un procédé général que les laboratoires peuvent employer pour développer les manuels de référence électroniques pour adapter leurs propres besoins. »

L'Obtenir-RM et le ClinGen continueront à collaborer pour ajouter à la liste variable actuelle et pour inviter l'entrée de la communauté de génétique au sujet de la liste et des procédés employés pour produire de elle. Visitez la liste variable experte de Curated pour le développement génomique clinique et la validation de test : Un ClinGen et un projet de collaboration d'Obtenir-RM chez https://www.clinicalgenome.org/tools/get-rm-collaborative.

Source:
Journal reference:

Wilcox, E., et al. (2021) Creation of an Expert Curated Variant List for Clinical Genomic Test Development and Validation. The Journal of Molecular Diagnostics. doi.org/10.1016/j.jmoldx.2021.07.018.