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Il CDC e ClinGen partner per elaborare la lista variabile curated esperto per la comunità genomica

I centri per il programma genetico del materiale di riferimento) CDC (del test della prevenzione e del controllo di malattie (Ottenere-RM) partnered con la risorsa clinica del genoma (ClinGen) per elaborare pubblicamente una lista disponibile di a - di 546 varianti patogene curated esperto in 84 geni per uso nel test genetico (NGS) d'ordinamento di prossima generazione. Questa lista servisce da risorsa di conoscenza per la progettazione degli studi analitici completi di convalida e la creazione dei materiali di riferimento computer-modulati o simulati per lo sviluppo genomica clinico della prova definendo le varianti che sono contributori importanti alla malattia o difficili da individuare. Il loro lavoro è presentato nel giornale dei sistemi diagnostici molecolari, pubblicato da Elsevier.

Il test genetico si è evoluto dalla consultazione degli insiemi piccoli delle varianti patogenetiche conosciute in un o alcun gene alle centinaia o a migliaia d'esame di geni simultaneamente facendo uso di NGS. Per queste grandi analisi, è in modo logistico difficile (e spesso impossibile) da ottenere i materiali di riferimento di DNA genomico che contengono la portata completa delle varianti e dei tipi di variante stati necessari per svolgere uno studio completo di convalida.

Può essere provocatorio affinchè i laboratori mantenga la conoscenza approfondita per identificare le varianti rappresentative appropriate per l'inclusione negli studi di convalida per assicurare la validità analitica e clinica. Inoltre, uno studio completo di convalida facendo uso dei materiali di riferimento tradizionali può essere costoso. La lista variabile curated nuovo esperto contribuirà ad indirizzare queste complessità. Ciò è importante perché le analisi cliniche ben progettate e convalidate possono fornire i risultati accurati ed affidabili ai pazienti, permettendo alle diagnosi accurate ed appropriarsi le decisioni del trattamento.

Sono molto emozionante che possiamo catalizzare questo approccio novello importante. Eliminerà un grave ostacolo critico per i rivelatori della prova e può contribuire ad armonizzare lo sviluppo e la convalida della prova attraverso i laboratori.„

Birgit Funke, PhD, ricercatore del Co-Cavo, divisione di salubrità genomica, Sema4, Stamford, CT, U.S.A.

I gruppi di esperti variabili di ClinGen sono stati chiesti di nominare clinicamente le varianti importanti nei geni che coprono. Ogni gruppo di esperti è stato chiesto di nominare approssimativamente 10 varianti per area di malattia, compreso le varianti patogene che sono i più grandi contributori alla malattia come pure alle varianti che possono rappresentare le sfide analitiche potenziali ai laboratori. In generale, 546 varianti uniche sono state identificate in 84 geni. La causa nominata di varianti una vasta gamma di malattie, molte di cui sono provate comunemente da NGS, compreso i cancri ereditabili, gli errori metabolici innati, la cardiomiopatia, il diabete ed i disturbi immunitari.

La registrazione dell'allele di ClinGen è stata usata per standardizzare la nomenclatura per tutte le varianti nominate e l'ID della variazione di ClinVar ed i disordini associati si sono aggiunti dove disponibili. Food and Drug Administration (FDA) ha riconosciuto il trattamento del curation di ClinGen e le sue classificazioni risultanti come database di variante del regolatore-grado. Le varianti curated sono disponibili via il centro nazionale per il database del ClinVar della biotecnologia (NCBI) e la repository della prova di ClinGen.

“ClinGen è eccitato per formare questa associazione con il CDC per ampliare il progetto di Ottenere-RM con il contenuto dell'esperto-curated,„ ha detto Heidi Rehm, PhD, programma in medico e genetica di popolazione, vasto istituto del MIT e Harvard, Cambridge; e centro per medicina genomica, policlinico di Massachusetts, Boston, mA, U.S.A.

FDA e gli ordini professionali compreso l'associazione per patologia molecolare e l'istituto universitario dei patologi americani hanno cominciato a ringraziare le sfide di grandi analisi ed ad rispondere con orientamento che permette l'uso in silico (computer modellistico o ha simulato) dei materiali di riferimento completare la convalida e l'operazione cliniche della prova. Queste in silico risorse sono vero evolutive e possono essere adattate per soddisfare le esigenze di tutta la dimensione del comitato del gene compreso intero exome/interi approcci del genoma, che sempre più sono applicate nella clinica.

“La comunità genetica di test è stata molto complementare di questo sforzo ed abbiamo lanciato un progetto pilota per dimostrare come le varianti curated identificate come componente di questo progetto potrebbero essere usate per creare i materiali di riferimento in silico da mutagenesi di NGS che ordina i file,„ il ramo celebre di scienza del ricercatore Lisa Kalman, di PhD, dell'informatica e di dati del co-cavo, la divisione dei sistemi di laboratorio, il CDC, Atlanta, GA, U.S.A. “Il pilota esaminerà se le varianti aggiunte possono essere individuate dai laboratori clinici che hanno generato i file di NGS e dimostrano un trattamento generale che i laboratori possono usare per sviluppare i materiali di riferimento elettronici per misura i loro propri bisogni.„

Il Ottenere-RM e ClinGen continueranno a collaborare per aggiungere alla lista variabile corrente e per invitare l'input dalla comunità della genetica circa la lista ed i trattamenti usati per generarla. Visualizzi la lista variabile esperta di Curated per lo sviluppo e la convalida genomica clinici della prova: Un ClinGen e un progetto di collaborazione di Ottenere-RM a https://www.clinicalgenome.org/tools/get-rm-collaborative.

Source:
Journal reference:

Wilcox, E., et al. (2021) Creation of an Expert Curated Variant List for Clinical Genomic Test Development and Validation. The Journal of Molecular Diagnostics. doi.org/10.1016/j.jmoldx.2021.07.018.