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O CDC e ClinGen partner para desenvolver a lista variante curated perito para a comunidade genomic

Os centros para o programa do material do controlo de enfermidades e de referência do teste genético da prevenção (CDC) (Obter-RM) partnered com o recurso clínico do genoma (ClinGen) para desenvolver publicamente uma lista disponível da - de 546 variações patogénicos curated perito em 84 genes para o uso na próxima geração que arranja em seqüência (NGS) o teste genético. Esta lista serve como um recurso do conhecimento para projetar estudos analíticos detalhados da validação e criar materiais de referência computador-modulados ou simulados para a revelação genomic clínica do teste definindo as variações que são contribuinte principais à doença ou difíceis de detectar. Seu trabalho é apresentado no jornal de diagnósticos moleculars, publicado por Elsevier.

O teste genético evoluiu de interrogar grupos pequenos de variações patogenéticas conhecidas em um ou algum gene às centenas ou aos milhares de exame de genes que usam simultaneamente NGS. Para estes grandes ensaios, é logìstica difícil (e frequentemente impossível) obter os materiais de referência genomic do ADN que contêm o espaço completo das variações e dos tipos da variação necessários para executar um estudo detalhado da validação.

Pode ser desafiante para que os laboratórios mantenham o conhecimento perito para identificar as variações representativas apropriadas para a inclusão em estudos da validação para assegurar a validez analítica e clínica. Além, um estudo detalhado da validação que usa materiais de referência tradicionais pode ser caro. Perito novo a lista variante curated ajudará a endereçar estas complexidades. Isto é importante porque os ensaios clínicos bem-desenvolvidas e validados podem fornecer resultados exactos e seguros aos pacientes, permitindo diagnósticos exactos e decisões apropriadas do tratamento.

Eu sou muito entusiasmado que nós podemos catalisar esta aproximação nova importante. Removerá um gargalo crítico para reveladores do teste e pode ajudar a harmonizar a revelação e a validação do teste através dos laboratórios.”

Birgit Funke, PhD, investigador do Co-Chumbo, divisão da saúde Genomic, Sema4, Stamford, CT, EUA

Os painéis de perito variantes de ClinGen foram pedidos para nomear clìnica variações importantes nos genes que cobrem. Cada painel de perito foi pedido para nomear aproximadamente 10 variações pela área da doença, incluindo as variações patogénicos que são os contribuinte os maiores à doença assim como às variações que podem representar desafios analíticos potenciais aos laboratórios. Totais, 546 variações originais foram identificadas em 84 genes. A causa nomeada das variações uma vasta gama de doenças, muitas de que são testados geralmente por NGS, incluindo cancros hereditários, erros metabólicos inatos, cardiomiopatia, diabetes, e desordens imunes.

O registro do alelo de ClinGen foi usado para estandardizar a nomenclatura para todas as variações nomeadas, e os IDs da variação de ClinVar e as desordens associadas foram adicionados onde disponíveis. Food and Drug Administration (FDA) reconheceu o processo do curation de ClinGen e suas classificações resultantes como uma base de dados da variação da regulador-categoria. As variações curated estão disponíveis através do centro nacional para a base de dados do ClinVar da biotecnologia (NCBI) e o repositório da evidência de ClinGen.

“ClinGen é entusiasmado ter formado esta parceria com o CDC para expandir o projecto do Obter-RM com índice do perito-curated,” disse Heidi Rehm, PhD, programa na genética médica e de população, instituto largo do MIT e Harvard, Cambridge; e centro para a medicina Genomic, Hospital Geral de Massachusetts, Boston, miliampère, EUA.

O FDA e as sociedades profissionais que incluem a associação para a patologia molecular e a faculdade de patologistas americanos começaram a reconhecer os desafios de grandes ensaios e a ter respondido com orientação que permite o uso in silico (o computador modelado ou simulou) de materiais de referência suplementar a validação e a operação clínicas do teste. Estes in silico recursos são verdadeiramente evolutivos e podem ser costurados para encontrar as necessidades para todo o tamanho do painel do gene que inclui o exome inteiro/aproximações inteiras do genoma, que são executadas cada vez mais na clínica.

“A comunidade do teste genético foi muito de suporte deste esforço, e nós começamos um projecto piloto demonstrar como as variações curated identificadas como parte deste projecto poderiam ser usadas para criar in silico materiais de referência por mutagêneses de NGS que arranja em seqüência limas,” o ramo notável da ciência do investigador Lisa Kalman, do PhD, da informática e dos dados do co-chumbo, divisão de sistemas de laboratório, CDC, Atlanta, GA, EUA. “O piloto examinará se as variações adicionadas podem ser detectadas pelos laboratórios clínicos que geraram as limas de NGS e demonstram um processo geral que os laboratórios possam usar para desenvolver materiais de referência eletrônicos para caber suas próprias necessidades.”

O Obter-RM e ClinGen continuarão a colaborar para adicionar à lista variante actual e para convidar a entrada da comunidade da genética sobre a lista e os processos usados para gerá-la. Visite a lista variante perita de Curated para a revelação e a validação Genomic clínicas do teste: Um ClinGen e um projecto colaborador do Obter-RM em https://www.clinicalgenome.org/tools/get-rm-collaborative.

Source:
Journal reference:

Wilcox, E., et al. (2021) Creation of an Expert Curated Variant List for Clinical Genomic Test Development and Validation. The Journal of Molecular Diagnostics. doi.org/10.1016/j.jmoldx.2021.07.018.