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La recherche indique des composantes des ribonucléoprotéines de virus de Sinbis

les virus Arthropode-portés (arbovirus), appartenant au genre alphavirus, infectent couramment des êtres humains. Certains des exemples des arbovirus sont virus de rivière de Ross (RRV), virus équin vénézuélien d'encéphalite (VEEV), virus de forêt de Chikungunya (CHIKV), de Semliki (SFV), et virus de Sindbis (SINV).

Mouvement propre

Les études précédentes ont prouvé que les arbovirus se développent dans les glandes salivaires des moustiques de la famille d'aedes (par exemple, aegypti d'aedes et albopictus d'aedes). Ces moustiques agissent en tant que vecteur et transmettent le virus à l'hôte humain par leurs dégagements.

Selon des états récents, ces vecteurs augmentent en nombre en raison du réchauffement global et du commerce international. Ces événements soulèvent des inquiétudes concernant l'émergence des manifestations et des épidémies arboviral autour du monde. Par conséquent, il est essentiel de promouvoir notre compréhension des interactions d'hôte-virus liées à l'infection d'alphavirus pour recenser les objectifs potentiels essentiels pour le développement de la thérapeutique efficace.

Caractéristiques d'Alphaviruses

Alphaviruses sont le positif-sens, génomes monocatenaires d'ARN de taille autour de 11kb. Les génomes viraux sont recouverts et polyadenylated, assimilé aux ARNm cellulaires. La capacité de codage de leurs génomes est limitée ; pour cette raison, ils dépendent largement des protéines cellulaires pour compléter la durée de vie utile virale. Pendant l'infection, l'ARN génomique de (G) de l'alphavirus joue un bivalent, c.-à-d., agissant en tant qu'ARN de génome et de messager (m). Les protéines ARN-grippantes cellulaires (RBPs) sont impliquées dans presque toutes les opérations liées à une durée de vie utile d'alphavirus. Les chercheurs ont précisé que le complément de RBPs a engagé dans l'ARN viral (vRNA) en cellules infectées n'est pas bon compris.

Composition des ribonucléoprotéines virales

Plusieurs études dans le passé ont développé des stratégies pour élucider la composition des vRNPs dans des cellules. Par exemple, une étude récente a employé l'édition absolue virale et la purification en phase solide (VIR-CLASP) pour déterminer les interactions de protéine-ARN qui se produisent quand l'ARN d'alphavirus infecte des cellules hôte.

L'étude a indiqué que pendant les premières étapes de l'infection, le gRNA des alphaviruses influence l'interaction fonctionellement importante qui concerne des centaines de RBPs cellulaire. la purification Réticulation-aidée de mRNP (FERMOIR) aide à développer un profil pour élucider comment ces interactions de protéine-ARN évoluent dans les circonstances où la réplication virale active a lieu.

Quoique les résultats obtenus par l'intermédiaire des ensembles de données de FERMOIR soient très instructifs, une approche alternative est exigée pendant que le système actuel représente très une basse fréquence de véritable RBPs, due à la nature promiscueuse de l'édition absolue de formaldéhyde et/ou de la spécificité limitée dans la purification du vRNA.

Une étude neuve

Pour adresser cet écartement dans la recherche concernant la compréhension de l'alphavirus goujon-réplicatif RNPs, les scientifiques ont produit une approche de la taille du protéome nouvelle connue sous le nom de saisie d'interactome d'ARN viral (vRIC). Cette étude est procurable dans le serveur de prétirage de bioRxiv* tout en attendant l'inspection professionnelle.

Dans cette étude, les chercheurs ont étudié la composition des ribonucléoprotéines (RNPs) d'un arbovirus prototypique Sindbis appelé (SINV), un alphavirus.

L'étude actuelle a appliqué le vRIC pour étudier SINV RNPs et rapporté la présence de plus de 400 protéines cellulaires qui agissent l'un sur l'autre avec le vRNA. Ces protéines ont des fonctionnements variés tels que l'épissure, ARN délabrement, exportation d'ARN, stabilité, et la traduction, etc. de plus, plusieurs RBPs peu orthodoxe étaient également présents, qui pourrait être des ligases de l'ubiquitine E3, des kinases, des chaperons, et des enzymes métaboliques. Ces RBPs se sont avérés impliqué avec le règlement du micro-environnement de RNP. Supplémentaire, lors de l'infection, un gisement des protéines nucléaires s'est avéré pour obtenir redistribué dans le cytoplasme, enfermé probablement par le vRNA. Ceci qui trouve indique que SINV RNAs agit en tant que ' toiles d'araignée qui captent l'essentiel exigé par facteurs d'hôte pour la réplication virale et l'expression du gène dans le cytoplasme.

Intéressant, les analyses fonctionnelles variées ont déterminé que les composantes de SINV RNP jouent des rôles essentiels non seulement pendant l'infection de SINV mais dans une large gamme d'autres virus. Par exemple, le composé de ligase d'ARNt 2 (ARNt-LC) est associé à SINV et à infection du coronavirus 2 de syndrôme respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2).

Les chercheurs ont également indiqué que RBPs cellulaire pourrait être les objectifs prometteurs pour des traitements antiviraux à large spectre. C'est parce que la perturbation fonctionnelle de plusieurs de ces protéines d'hôte exerce des effets profonds sur l'infection par un virus. Par conséquent, cette stratégie a pu être effectivement employée pour le développement des traitements à large spectre.

mise en place de vRIC en cellules infectées de SINV. A) Schéma du flux de travail de saisie d
mise en place de vRIC en cellules infectées de SINV. A) Schéma du flux de travail de saisie d'interactome (vRIC) d'ARN viral. B) Schéma des différents conditions expérimentales et contrôles utilisés dans l'étude. C) Ruban souillant l'analyse des éluats de vRIC avec le cadre expérimental donné en B.D) Immunoblotting de capsid de SINV dans les lysates entiers de cellules, surnageant et éluats de vRIC, utilisant la β-actine comme contrôle. E) Analyse de composant principal de vRIC expérimentale et de contrôles après analyse protéomique. F et G) plots de volcan montrant la modification de pli (log2) et la p-valeur réglée de chaque protéine (point) dans le m contre M/4SU/- (f) et M/4SU/- contre des comparaisons de M/4SU/Fvo (G). Des protéines enrichies à moins de 1% FDR sont colorées en rouge et le bleu et ceux à moins de 10% FDR dans orange et bleu-vert. H) Tableau de Venn comparant les protéines sensiblement enrichies dans chacune des comparaisons dans F-G. Ces groupes sont classifiés : RBPome (m contre M/4SU/-), OAV-sensible UV-dépendants (enrichi dans M/4SU/- au-dessus de M/4SU/Fvo, cRNPs) et OAV peu sensible (enrichi dans M/4SU/Fvo au-dessus de M/4SU/-, mitoRNPs). I) Premières conditions enrichies d'ontologie (GO) de gène pour des processus moléculaires dans les jeux OAV-sensibles et OAV-peu sensibles de RBP.

Importance de l'étude

Dans cette étude, les chercheurs ont fourni un systématique et une approche globale, vRIC, pour déterminer la composition des vRNPs en cellules infectées. Sous sa forme actuelle, le vRIC peut être utilisé pour étudier n'importe quel vRNA polyadenylated. Cependant, les remplacements d'oligo (décollement) par les sondes antisens spécifiques ou les méthodes totales d'isolement d'ARN pourraient promouvoir son horizon et pourraient être appliqués à un large éventail de virus d'ARN et d'ADN codant une polymérase ARN ARN-dépendante.

Dans l'étude d'interaction protéine-protéine utilisant FAM98A, les chercheurs ont constaté que l'ARNt-LC agit l'un sur l'autre avec le spliceosome au commencement en cellules non infectées et change de vitesse par la suite à l'appareillage de traduction en cellules infectées.

Ces événements représentent le réadressage du composé aux usines de réplication virale. Plus d'études sont requises élucider davantage l'idée de changer l'emplacement et déterminer les causes déterminantes moléculaires de RBPs qui influencent repurposing fonctionnel en cellules infectées.

Les expériences in vitro ont recensé deux inhibiteurs potentiels, à savoir, 5-Azacytidine et topotécan qui sont efficaces contre des alphaviruses, tels que SINV, SFV et RRV, et HIV-1. L'installation de plus de traitements efficaces avec des propriétés d'antivirals a pu être explorée à l'avenir.

Avis *Important

le bioRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Dr. Priyom Bose

Written by

Dr. Priyom Bose

Priyom holds a Ph.D. in Plant Biology and Biotechnology from the University of Madras, India. She is an active researcher and an experienced science writer. Priyom has also co-authored several original research articles that have been published in reputed peer-reviewed journals. She is also an avid reader and an amateur photographer.

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