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A pesquisa revela componentes de ribonucleoproteins do vírus de Sinbis

os vírus Artrópode-carregados (arbovírus), pertencendo ao género alphavirus, contaminam geralmente seres humanos. Alguns dos exemplos das arbovírus são vírus do rio de Ross (RRV), vírus eqüino venezuelano da encefalite (VEEV), de floresta de Chikungunya (CHIKV), de Semliki vírus (SFV), e vírus de Sindbis (SINV).

Fundo

Os estudos precedentes mostraram que as arbovírus crescem nas glândulas salivares dos mosquitos da família do Aedes (por exemplo, aegypti do Aedes e albopictus do Aedes). Estes mosquitos actuam como um vector e transmitem o vírus ao anfitrião humano através de suas mordidas.

De acordo com relatórios recentes, estes vectores estão aumentando em número devido ao aquecimento global e ao comércio internacional. Estes eventos levantam interesses em relação à emergência de manifestações e de epidemias arboviral em todo o mundo. Daqui, é essencial promover nossa compreensão das interacções do anfitrião-vírus associadas com a infecção do alphavirus para identificar os alvos potenciais cruciais para a revelação da terapêutica eficaz.

Características de Alphaviruses

Alphaviruses é o positivo-sentido, genomas único-encalhados do RNA do tamanho em torno de 11kb. Os genomas virais são tampados e polyadenylated, similar aos mRNAs celulares. A capacidade da codificação de seus genomas é limitada; conseqüentemente, dependem pesadamente das proteínas celulares para terminar o ciclo de vida viral. Durante a infecção, (g) o RNA genomic do alphavirus joga um bivalente, isto é, actuando como o genoma e o mensageiro (m) RNA. As proteínas RNA-obrigatórias celulares (RBPs) são envolvidas em quase todas as etapas associadas com um ciclo de vida do alphavirus. Os pesquisadores indicaram que o complemento de RBPs contratou com RNA viral (vRNA) em pilhas contaminadas não é bom compreendido.

Composição de Ribonucleoproteins virais

Diversos estudos no passado desenvolveram estratégias para explicar a composição dos vRNPs dentro das pilhas. Por exemplo, um estudo recente usou a purificação viral do cruz-ligamento e da contínuo-fase (VIR-CLASP) para determinar as interacções do proteína-RNA que ocorrem quando o RNA do alphavirus contamina pilhas de anfitrião.

O estudo revelou que durante os passos iniciais da infecção, o gRNA dos alphaviruses influencia a interacção funcional importante que envolve centenas de RBPs celular. a purificação Ligação-ajudada do mRNP (FECHO) ajuda a desenvolver um perfil para explicar como estas interacções do proteína-RNA evoluem nas circunstâncias onde a réplica viral activa ocorre.

Mesmo que os resultados obtidos através dos conjunto de dados do FECHO sejam muito informativos, uma abordagem alternativa é exigida enquanto o sistema actual representa um muito de baixa frequência de RBPs genuíno, devido à natureza promíscuo do cruz-ligamento do formaldeído e/ou de especificidade limitada na purificação do vRNA.

Um estudo novo

Para endereçar esta diferença na pesquisa em relação à compreensão do alphavirus cargo-replicative RNPs, os cientistas criaram uma aproximação proteome-larga nova conhecida como a captação viral do interactome do RNA (vRIC). Este estudo está disponível no server da pré-impressão do bioRxiv* ao esperar a revisão paritária.

Neste estudo, os pesquisadores estudaram a composição dos ribonucleoproteins (RNPs) de uma arbovírus prototípica chamada Sindbis (SINV), um alphavirus.

O estudo actual aplicou o vRIC para estudar SINV RNPs e relatou a presença de mais de 400 proteínas celulares que interagem com o vRNA. Estas proteínas têm várias funções tais como a emenda, deterioração do RNA, exportação do RNA, estabilidade, e a tradução, etc. além, diversos RBPs unorthodox estavam igualmente actuais, que poderia ser ligase do ubiquitin E3, quinase, acompanhante, e enzimas metabólicas. Este RBPs foi encontrado para ser envolvido com o regulamento do microambiente de RNP. Adicionalmente, em cima da infecção, uma associação de proteínas nucleares foi encontrada para obter redistribuída no citoplasma, prendido provavelmente pelo vRNA. Isto que encontra indica que SINV RNAs actua como ' spiderwebs' esse essencial exigido factores do anfitrião da captação para a réplica viral e a expressão genética no citoplasma.

Interessante, os vários ensaios funcionais determinaram que os componentes de SINV RNP jogam papéis essenciais não somente durante a infecção de SINV mas em uma escala larga de outros vírus. Por exemplo, o complexo da ligase do tRNA 2 (tRNA-LC) é associado com o SINV e a infecção do coronavirus 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2).

Os pesquisadores igualmente indicaram que RBPs celular poderia ser alvos prometedores para terapias do antiviral do largo-espectro. Isto é porque a perturbação funcional de muitas destas proteínas do anfitrião tem efeitos profundos na infecção do vírus. Daqui, esta estratégia podia eficazmente ser usada para a revelação de terapias do largo-espectro.

a aplicação do vRIC em SINV contaminou pilhas. A) Diagrama esquemático dos trabalhos virais da captação do interactome do RNA. B) Diagrama esquemático das circunstâncias experimentais e dos controles diferentes usados no estudo. C) Tira que mancha a análise de eluído do vRIC com o ajuste experimental esboçado em B.D) Immunoblotting do capsid de SINV em lysates inteiros da pilha, supernatant e eluído do vRIC, usando o β-actínio como o controle. E) Análise componente principal do vRIC experimental e dos controles após a análise proteomic. F e G) os lotes do vulcão que mostram a dobra mudam (log2) e p-valor ajustado de cada proteína (ponto) no m contra M/4SU/- (f) e M/4SU/- contra comparações de M/4SU/Fvo (g). As proteínas enriquecidas dentro de 1% FDR são coloridas em vermelho e no azul e naqueles dentro de 10% FDR em alaranjado e em ciano. H) Diagrama de Venn que compara as proteínas enriquecidas significativamente em cada um das comparações em F-G. Estes grupos são classificados: RBPome (m contra M/4SU/-), Fvo-sensível Uv-dependentes (enriquecido em M/4SU/- sobre M/4SU/Fvo, cRNPs) e Fvo insensível (enriquecido em M/4SU/Fvo sobre M/4SU/-, mitoRNPs). I) Termos enriquecidos superiores da ontologia do gene para processos moleculars em grupos Fvo-sensíveis e Fvo-insensíveis de RBP.
aplicação do vRIC em pilhas contaminadas SINV. A) Diagrama esquemático dos trabalhos virais da captação do interactome (vRIC) do RNA. B) Diagrama esquemático das circunstâncias experimentais e dos controles diferentes usados no estudo. C) Tira que mancha a análise de eluído do vRIC com o ajuste experimental esboçado em B.D) Immunoblotting do capsid de SINV em lysates inteiros da pilha, supernatant e eluído do vRIC, usando o β-actínio como o controle. E) Análise componente principal do vRIC experimental e dos controles após a análise proteomic. F e G) lotes do vulcão que mostram a mudança da dobra (log2) e o p-valor ajustado de cada proteína (ponto) no m contra M/4SU/- (f) e M/4SU/- contra comparações de M/4SU/Fvo (g). As proteínas enriquecidas dentro de 1% FDR são coloridas em vermelho e no azul e naqueles dentro de 10% FDR em alaranjado e em ciano. H) Diagrama de Venn que compara as proteínas enriquecidas significativamente em cada um das comparações em F-G. Estes grupos são classificados: RBPome (m contra M/4SU/-), Fvo-sensível Uv-dependentes (enriquecido em M/4SU/- sobre M/4SU/Fvo, cRNPs) e Fvo insensível (enriquecido em M/4SU/Fvo sobre M/4SU/-, mitoRNPs). I) Termos enriquecidos superiores da ontologia (GO) do gene para processos moleculars em grupos Fvo-sensíveis e Fvo-insensíveis de RBP.

Importância do estudo

Neste estudo, os pesquisadores forneceram uma aproximação sistemática e detalhada, vRIC, para determinar a composição dos vRNPs em pilhas contaminadas. Em seu formulário actual, o vRIC pode ser utilizado para estudar todo o vRNA polyadenylated. Contudo, as substituições de oligo (descolamento) por pontas de prova antisentido específicas ou por métodos totais do isolamento do RNA poderiam promover seu horizonte e poderiam ser aplicadas a uma vasta gama de vírus do RNA e do ADN que codificam uma polimerase de RNA RNA-dependente.

No estudo da interacção da proteína-proteína usando FAM98A, os pesquisadores encontraram que o tRNA-LC interage com o spliceosome inicialmente em pilhas uninfected e desloca subseqüentemente ao instrumento da tradução em pilhas contaminadas.

Estes eventos representam o internamento do complexo às fábricas virais da réplica. Mais estudos são exigidos explicar mais a ideia de mudar os lugar e determinar as causas determinantes moleculars de RBPs que influenciam repurposing funcional em pilhas contaminadas.

In vitro as experiências identificaram dois inibidores potenciais, a saber, 5-Azacytidine e Topotecan que são eficazes contra alphaviruses, tais como SINV, SFV e RRV, e HIV-1. O serviço público de umas drogas mais eficazes com propriedades dos antivirais podia ser explorado no futuro.

Observação *Important

o bioRxiv publica os relatórios científicos preliminares que par-não são revistos e, não devem conseqüentemente ser considerados como conclusivos, guia a prática clínica/comportamento saúde-relacionado, ou tratado como a informação estabelecida.

Journal reference:
Dr. Priyom Bose

Written by

Dr. Priyom Bose

Priyom holds a Ph.D. in Plant Biology and Biotechnology from the University of Madras, India. She is an active researcher and an experienced science writer. Priyom has also co-authored several original research articles that have been published in reputed peer-reviewed journals. She is also an avid reader and an amateur photographer.

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