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La investigación revela componentes de las ribonucleoproteínas del virus de Sinbis

los virus Artrópodo-soportados (arbovirus), perteneciendo al género alphavirus, infectan común a seres humanos. Algunos de los ejemplos de arbovirus son virus del río de Ross (RRV), virus equino venezolano de la encefalitis (VEEV), virus del bosque de Chikungunya (CHIKV), de Semliki (SFV), y el virus de Sindbis (SINV).

Fondo

Los estudios anteriores han mostrado que los arbovirus crecen en las casquillos del prensaestopas salivales de mosquitos de la familia del aedes (e.g., aegypti del aedes y albopictus del aedes). Estos mosquitos actúan como vector y transmiten el virus al ordenador principal humano a través de sus mordeduras.

Según partes recientes, estos vectores están aumentando en gran número debido al calentamiento del planeta y al comercio internacional. Estas acciones despiertan inquietudes con respecto a la aparición de brotes y de epidemias arboviral en todo el mundo. Por lo tanto, es esencial fomentar nuestra comprensión de las acciones recíprocas del ordenador principal-virus asociadas a la infección del alphavirus para determinar los objetivos potenciales cruciales para el revelado de la terapéutica efectiva.

Características de Alphaviruses

Alphaviruses es el positivo-sentido, genomas de una sola fila del ARN de la talla alrededor de 11kb. Se capsulan y polyadenylated los genomas virales, similar a los mRNAs celulares. La capacidad de la codificación de sus genomas es limitada; por lo tanto, dependen pesado de las proteínas celulares para terminar el ciclo vital viral. Durante la infección, el ARN genomic del (G) del alphavirus juega un bivalente, es decir, actuando como ARN del genoma y del mensajero (m). Las proteínas ARN-obligatorias celulares (RBPs) están implicadas en casi todos los pasos asociados a un ciclo vital del alphavirus. Los investigadores han señalado que el complemento de RBPs empeñó con el ARN viral (vRNA) a células infectadas no está bien entendido.

Composición de ribonucleoproteínas virales

Varios estudios en el pasado han desarrollado estrategias para aclarar la composición de vRNPs dentro de las células. Por ejemplo, un estudio reciente utilizó la purificación viral de la interconexión y de la sólido-fase (VIR-CLASP) para determinar las acciones recíprocas del proteína-ARN que ocurren cuando el ARN del alphavirus infecta las células huesped.

El estudio reveló que durante los pasos iniciales de la infección, el gRNA de alphaviruses influencia la acción recíproca funcionalmente importante que implica centenares de RBPs celular. la purificación Reticulación-ayudada del mRNP (BROCHE) ayuda a desarrollar un perfil para aclarar cómo estas acciones recíprocas del proteína-ARN se desarrollan en las condiciones económicas donde ocurre la réplica viral activa.

Aunque los resultados obtenidos vía grupos de datos del BROCHE son muy informativos, se requiere un enfoque alternativo mientras que el sistema actual representa un muy de baja fricción de RBPs auténtico, debido a la naturaleza promiscua de la interconexión del formaldehido y/o de la especificidad limitada en la purificación del vRNA.

Un nuevo estudio

Para dirigir este entrehierro en la investigación con respecto a la comprensión del alphavirus poste-replicativo RNPs, los científicos han creado una aproximación proteome-ancha nueva conocida como captura viral del interactome del ARN (vRIC). Este estudio está disponible en el servidor de la prueba preliminar del bioRxiv* mientras que aguarda la revisión paritaria.

En este estudio, los investigadores estudiaron la composición de las ribonucleoproteínas (RNPs) de un arbovirus prototípico llamado Sindbis (SINV), un alphavirus.

El estudio actual aplicó el vRIC para estudiar SINV RNPs y denunció la presencia de más de 400 proteínas celulares que obran recíprocamente con el vRNA. Estas proteínas tienen diversas funciones tales como empalmar, extinción del ARN, exportación del ARN, estabilidad, y la traslación, los etc. además, varia RBPs poco ortodoxo estaban también presentes, que podría ser ligasas del ubiquitin E3, cinasas, señoras de compañía, y enzimas metabólicas. Este RBPs fue encontrado para ser implicado con la regla del microambiente de RNP. Además, sobre la infección, un centro común de proteínas nucleares fue encontrado para conseguir redistribuido en el citoplasma, atrapado probablemente por el vRNA. Esto que encuentra indica que SINV RNAs actúa como ' spiderwebs' ese esencial requerido los factores del ordenador principal de la captura para la réplica y la expresión génica virales en el citoplasma.

Interesante, los diversos análisis funcionales determinaron que los componentes de SINV RNP desempeñan papeles esenciales no sólo durante la infección de SINV pero en una amplia gama de otros virus. Por ejemplo, el complejo de la ligasa del tRNA 2 (tRNA-LC) se asocia a SINV y a la infección del coronavirus 2 de la neumonía asiática (SARS-CoV-2).

Los investigadores también han indicado que RBPs celular podría ser objetivos prometedores para las terapias antivirus del amplio-espectro. Esto es porque la perturbación funcional de muchas de estas proteínas del ordenador principal tiene efectos profundos sobre la infección del virus. Por lo tanto, esta estrategia se podía utilizar eficazmente para el revelado de las terapias del amplio-espectro.

la puesta en vigor del vRIC en SINV infectó las células. A) Diagrama esquemático del flujo de trabajo viral de la captura del interactome del ARN. B) Diagrama esquemático de las diversos condiciones experimentales y mandos usados en el estudio. C) Hebra que mancha el análisis de los eluídos del vRIC con el marco experimental contorneado en B.D) Immunoblotting del capsid de SINV en los lysates enteros de la célula, sobrenadante y eluídos del vRIC, usando la β-actinia como mando. E) Análisis componente principal del vRIC experimental y de los mandos después de análisis proteomic. F y G) los gráficos del volcán que muestran el doblez cambian (log2) y p-valor ajustado de cada proteína (punto) en el m comparado con M/4SU/- (f) y M/4SU/- comparado con comparaciones del (G) de M/4SU/Fvo. Las proteínas enriquecidas dentro del 1% FDR se colorean en rojo y azul y ésos dentro del 10% FDR en anaranjado y color cianita. H) Diagrama de Venn que compara las proteínas enriquecidas importante en cada uno de las comparaciones en F-G. Clasifican a estos grupos: RBPome (m comparado con M/4SU/-), OAV-sensible Ultravioleta-relacionados (enriquecido en M/4SU/- sobre M/4SU/Fvo, cRNPs) y OAV insensible (enriquecido en M/4SU/Fvo sobre M/4SU/-, mitoRNPs). I) Términos enriquecidos superiores de la ontología del gen para los procesos moleculares en equipos OAV-sensibles y OAV-insensibles de RBP.
puesta en vigor del vRIC en células infectadas SINV. A) Diagrama esquemático del flujo de trabajo viral de la captura del interactome (vRIC) del ARN. B) Diagrama esquemático de las diversos condiciones experimentales y mandos usados en el estudio. C) Hebra que mancha el análisis de los eluídos del vRIC con el marco experimental contorneado en B.D) Immunoblotting del capsid de SINV en los lysates enteros de la célula, sobrenadante y eluídos del vRIC, usando la β-actinia como mando. E) Análisis componente principal del vRIC experimental y de los mandos después de análisis proteomic. F y G) gráficos del volcán que muestran el cambio del doblez (log2) y el p-valor ajustado de cada proteína (punto) en el m comparado con M/4SU/- (f) y M/4SU/- comparado con comparaciones del (G) de M/4SU/Fvo. Las proteínas enriquecidas dentro del 1% FDR se colorean en rojo y azul y ésos dentro del 10% FDR en anaranjado y color cianita. H) Diagrama de Venn que compara las proteínas enriquecidas importante en cada uno de las comparaciones en F-G. Clasifican a estos grupos: RBPome (m comparado con M/4SU/-), OAV-sensible Ultravioleta-relacionados (enriquecido en M/4SU/- sobre M/4SU/Fvo, cRNPs) y OAV insensible (enriquecido en M/4SU/Fvo sobre M/4SU/-, mitoRNPs). I) Términos enriquecidos superiores de la ontología (GO) del gen para los procesos moleculares en equipos OAV-sensibles y OAV-insensibles de RBP.

Importancia del estudio

En este estudio, los investigadores ofrecieron una aproximación sistemática y completa, vRIC, para determinar la composición de vRNPs en células infectadas. En su forma actual, el vRIC se puede utilizar para estudiar cualquier vRNA polyadenylated. Sin embargo, las substituciones de oligo (despegue) por las antenas antisentido específicas o los métodos totales del aislamiento del ARN podrían fomentar su horizonte y se podrían aplicar a una amplia gama de virus del ARN y de la DNA que codificaban una polimerasa de ARN ARN-relacionada.

En el estudio de la acción recíproca de la proteína-proteína usando FAM98A, los investigadores encontraron que el tRNA-LC obra recíprocamente con el spliceosome inicialmente en células no infectadas y cambio posteriormente al aparato de la traslación en células infectadas.

Estas acciones representan el cambio de posición del complejo a los fábricas virales de la réplica. Más estudios se requieren aclarar más lejos la idea de cambiar las situaciones y determinar los determinantes moleculares de RBPs que influencian repurposing funcional en células infectadas.

Los experimentos ines vitro determinaron dos inhibidores potenciales, a saber, 5-Azacytidine y Topotecan que son efectivos contra alphaviruses, tales como SINV, SFV y RRV, e HIV-1. La utilidad de drogas más efectivas con las propiedades de los antivirals se podía explorar en el futuro.

Advertencia *Important

el bioRxiv publica los partes científicos preliminares que par-no se revisan y, por lo tanto, no se deben mirar como concluyentes, conduce práctica clínica/comportamiento relativo a la salud, o tratado como información establecida.

Journal reference:
Dr. Priyom Bose

Written by

Dr. Priyom Bose

Priyom holds a Ph.D. in Plant Biology and Biotechnology from the University of Madras, India. She is an active researcher and an experienced science writer. Priyom has also co-authored several original research articles that have been published in reputed peer-reviewed journals. She is also an avid reader and an amateur photographer.

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