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L'étude peut aider à vérifier le rôle du virome d'intestin dans la santé et la maladie

Une étude neuve a ajouté de nombreux génomes viraux et gènes précédemment non caractérisés au gisement mondial toujours croissant des viromes humains d'intestin. L'étude, publiée dans les mSystems, un tourillon d'ouvert-accès de la société américaine pour la microbiologie, prouvera utile en vérifiant le rôle du virome d'intestin dans la santé des personnes et la maladie.

Le virome humain d'intestin underexplored encore énormément et beaucoup de virus nouveaux doivent être découverts, certains dont pourrait avoir des influences importantes sur des procédés influencer la santé des personnes et la maladie. »

Jelle Matthijnssens, Ph.D., investigateur principal d'étude, professeur dans le service de la microbiologie, de l'immunologie et de la greffe, institut de Rega, Division de la virologie clinique et épidémiologique, laboratoire de Metagenomics viral, KU Louvain, Louvain, Belgique

L'intestin humain contient un écosystème complexe des micros-organismes, dont des bactéries ont été grand étudiées. M. Matthijnssens a dit que les études sur des virus dans l'intestin traînent. L'objectif du projet de MicrobLiver est d'obtenir la compréhension de l'interaction entre l'hôte et d'étriper le microbiome chez l'homme et le rôle de l'axe d'intestin-foie par stades précoces d'affection hépatique de stéatose hépatique alcoolique et sans alcool. « Dans le cadre du projet de MicrobLiver, nous avons visé à produire d'un catalogue des génomes viraux, qui pourraient être employés dans les études ultérieures sur plusieurs cohortes des gens avec des stades précoces d'affection hépatique de stéatose hépatique alcoolique et sans alcool, » avons dit M. Matthijnssens.

Dans l'étude neuve, les chercheurs avaient l'habitude 254 échantillons fécaux provenant de 204 sujets danois pour produire du catalogue entérique danois de Virome (DEVoC). La cohorte pédiatrique a compris 50 enfants et adolescents (6-18 années) avec un indice de masse corporelle (BMI) au-dessus du percentileth 90, avec l'âge 50 et sexe-a apparié des contrôles sains. La cohorte adulte (34-76 ans) a compris 52 patients présentant l'affection hépatique de lié à l'alcool et le sexe 52, l'indice de masse corporelle, et les contrôles sains d'âge comparable.

Les chercheurs avaient l'habitude la technique nouvelle d'enrichissement du protocole de Viromes (NetoVIR) pour épurer toutes les particules de virus des échantillons de selles et ont ordonnancé leurs génomes utilisant des technologies de profond-ordonnancement. (NetoVir permet à des chercheurs d'atteindre un protocole rapide, reproductible, de haut-débit de préparation des échantillons pour les études de ordonnancement de la deuxième génération de viromics d'intestin.)

En outre, elles ont utilisé l'outil avancé de bio-informatique pour recenser presque 13 mille génomes viraux (partiels), on dont étaient nouveaux et non présents dans les bases de données publiques.

Bien que des viromes d'intestin soient connus pour être détail très individuel, les chercheurs ont recensé 39 génomes qui étaient présents dans au moins 10 sujets sains. Ces 39 génomes étaient encore avec des ensembles de données publics de virome de partout dans montrer du monde plusieurs âge, géographie et configurations liées à la maladie de prévalence. En particulier, 2 génomes ont montré remarquablement une forte prévalence mondiale. Le premier était un bactériophage comme grossière (prévalence 20,6%), appartenant à la sous-famille expérimentale d'AlphacrAssvirinae, alors que le second était un phage lysogénique non documenté jusqu'ici infectant le dorei de bacteroide (prévalence 14,4%), LoVEphage appelé. Les bases de données publiques ensuite examinées de chercheurs et pouvaient rechercher 18 génomes comme LoVEphage circulaires complémentaires (67,9 à kb 72,4).

« Nos découvertes autres mettent l'accent sur que le virome humain d'intestin understudied encore et que beaucoup de virus nouveaux doivent être découverts. Particulièrement l'identification des bactériophages nouveaux partagés par des gens en travers du globe est d'intérêt d'être étudié dans plus de profondeur, » a dit M. Matthijnssens. « Ensuite, le catalogue sera employé pour étudier davantage des différences dans le virome des cohortes variées des patients présentant des stades précoces d'affection hépatique de stéatose hépatique alcoolique et sans alcool. Nous espérons que ces études nous fourniront l'analyse fondamentale dans le rôle que le virome d'intestin pourrait avoir dans le développement de l'affection hépatique de stéatose hépatique alcoolique et sans alcool. En outre, nous examinerons le virome pour recenser des biomarqueurs pour la progression de la maladie ou la prévision de la réussite de demande de règlement. »

Source:
Journal reference:

Espen, L.V., et al. (2021) A Previously Undescribed Highly Prevalent Phage Identified in a Danish Enteric Virome Catalog. mSystems. doi.org/10.1128/mSystems.00382-21.