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Lo studio può contribuire a studiare il ruolo del virome dell'intestino nella salubrità e nella malattia

Un nuovo studio ha aggiunto i numerosi genoma e geni virali precedentemente atipici al raggruppamento mondiale in continuo aumento dei viromes umani dell'intestino. Lo studio, pubblicato nei mSystems, un giornale di aperto Access della società americana per microbiologia, proverà utile nello studio del ruolo del virome dell'intestino nelle sanità e nella malattia.

Il virome umano dell'intestino ancora underexplored notevolmente e molti virus novelli devono essere scoperti, alcuni di cui potrebbero avere influenze importanti sui trattamenti che urtano le sanità e la malattia.„

Jelle Matthijnssens, Ph.D., studia il ricercatore principale, professore nel dipartimento di microbiologia, dell'immunologia & del trapianto, istituto di Rega, divisione della virologia clinica & epidemiologica, laboratorio di Metagenomics virale, KU Lovanio, Lovanio, Belgio

L'intestino umano contiene un ecosistema complesso dei microrganismi, di cui i batteri sono stati studiati largamente. Il Dott. Matthijnssens ha detto che gli studi sui virus nell'intestino stanno ritardando. Lo scopo del progetto MicrobLiver è di ottenere la comprensione dell'interazione fra il host e di sventrare il microbiome in esseri umani ed il ruolo dell'asse del intestino-fegato nelle fasi iniziali di affezione epatica grassa alcolica ed analcolica. “Nel quadro del progetto MicrobLiver, abbiamo mirato a generare un catalogo del virus che i genoma, che potrebbero essere utilizzati negli studi successivi su parecchi gruppi della gente con le fasi iniziali di affezione epatica grassa alcolica ed analcolica,„ hanno detto il Dott. Matthijnssens.

Nel nuovo studio, i ricercatori hanno usato 254 campioni fecali da 204 oggetti danesi per generare il catalogo enterico danese di Virome (DEVoC). Il gruppo pediatrico ha incluso 50 bambini ed adolescenti (6-18 anni) con un indice di massa corporea (BMI) sopra il percentileth 90, insieme all'età 50 e sesso-ha abbinato i comandi sani. Il gruppo adulto (34-76 anni) ha incluso 52 pazienti con l'affezione epatica ed il sesso in relazione con l'alcool 52, BMI e comandi sani di pari età.

I ricercatori hanno usato la tecnica novella di arricchimento di protocollo di Viromes (NetoVIR) per depurare tutte le particelle del virus dai campioni di feci ed hanno ordinato i loro genoma facendo uso delle tecnologie d'ordinamento. (NetoVir permette che i ricercatori raggiungano un protocollo veloce, riproducibile, di alto-capacità di lavorazione del campione del preparato per gli studi d'ordinamento di prossima generazione di viromics dell'intestino.)

Ancora, hanno utilizzato lo strumento avanzato di bioinformatica per identificare quasi 13 mila genoma virali (parziali), molti di cui erano novelli e non assenti nei database pubblici.

Sebbene i viromes dell'intestino siano conosciuti per essere specifico molto determinato, i ricercatori hanno identificato 39 genoma che erano presenti in almeno 10 individui sani. Questi 39 genoma erano più ancora rispetto ai gruppi di dati pubblici del virome da ogni parte del mondo che mostra che vari invecchiano, geografia e reticoli in relazione con la malattia di prevalenza. In particolare, 2 genoma hanno mostrato una prevalenza notevolmente alta universalmente. Quello primo era un fago del tipo di stupida (prevalenza 20,6%), appartenente alla sottofamiglia sperimentale di AlphacrAssvirinae, mentre quello secondo era un fago temperato non ancora documentato che infetta il dorei del batterioide (prevalenza 14,4%), chiamata LoVEphage. I database pubblici dopo schermati dei ricercatori e potevano recuperare 18 KB dei genoma (67,9 - 72,4) del tipo di LoVEphage circolari supplementari.

“I nostri risultati ulteriori sottolineano che il virome umano dell'intestino ancora understudied e che molti virus novelli devono essere scoperti. Particolarmente l'identificazione dei fagi novelli compartecipi dalla gente attraverso il globo è di interesse essere studiato in più profondità,„ ha detto il Dott. Matthijnssens. “Dopo, il catalogo sarà usato più ulteriormente per studiare le differenze nel virome di vari gruppi dei pazienti con le fasi iniziali di affezione epatica grassa alcolica ed analcolica. Speriamo che questi studi ci forniscano la comprensione di base nel ruolo il virome dell'intestino potrebbe avere nello sviluppo dell'affezione epatica grassa alcolica ed analcolica. Ancora, esamineremo il virome per identificare i biomarcatori per la progressione di malattia che o la previsione di successo del trattamento.„

Source:
Journal reference:

Espen, L.V., et al. (2021) A Previously Undescribed Highly Prevalent Phage Identified in a Danish Enteric Virome Catalog. mSystems. doi.org/10.1128/mSystems.00382-21.