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O estudo pode ajudar a investigar o papel do virome do intestino na saúde e na doença

Um estudo novo adicionou genomas e genes virais previamente uncharacterized numerosos à associação mundial crescente de viromes humanos do intestino. O estudo, publicado nos mSystems, um jornal do aberto-acesso da sociedade americana para a microbiologia, provará útil em investigar o papel do virome do intestino na saúde humana e na doença.

O virome humano do intestino ainda underexplored vastamente e muitos vírus novos devem ser descoberta, algumas de que poderia ter influências importantes em processos impactar a saúde humana e a doença.”

Jelle Matthijnssens, Ph.D., estuda o investigador principal, professor no departamento da microbiologia, da imunologia & da transplantação, instituto de Rega, divisão da virologia clínica & epidemiológica, laboratório de Metagenomics viral, KU Lovaina, Lovaina, Bélgica

O intestino humano contem um ecossistema complexo dos micro-organismos, de que as bactérias foram estudadas amplamente. O Dr. Matthijnssens disse que os estudos em vírus no intestino se estão retardando. O objetivo do projecto de MicrobLiver é obter a compreensão da interacção entre o anfitrião e estripar o microbiome nos seres humanos e o papel da linha central do intestino-fígado nas fases iniciais de infecção hepática gorda alcoólica e não alcoólica. “No âmbito do projecto de MicrobLiver, nós apontamos gerar um catálogo do vírus que os genomas, que poderiam ser usados em estudos subseqüentes em diversas coortes dos povos com fases iniciais de infecção hepática gorda alcoólica e não alcoólica,” disseram o Dr. Matthijnssens.

No estudo novo, os pesquisadores usaram 254 amostras fecais de 204 assuntos dinamarqueses para gerar o catálogo entérico dinamarquês de Virome (DEVoC). A coorte pediatra incluiu 50 crianças e adolescentes (6-18 anos velho) com um índice de massa corporal (BMI) acima do percentilth 90, junto com a idade 50 e sexo-combinou controles saudáveis. A coorte adulta (34-76 anos) incluiu 52 pacientes com infecção hepática e sexo 52 álcool-relacionado, BMI, e controles saudáveis de idade comparável.

Os pesquisadores usaram a técnica nova do enriquecimento do protocolo de Viromes (NetoVIR) para refinar todas as partículas do vírus das amostras de tamborete e arranjaram em seqüência seus genomas usando-se profundo-arranjando em seqüência tecnologias. (NetoVir permite que os pesquisadores alcancem um protocolo rápido, reprodutível, da alto-produção da amostra da preparação para a próxima geração que arranja em seqüência estudos do viromics do intestino.)

Além disso, usaram ferramenta avançada da bioinformática para identificar quase 13 mil genomas virais (parciais), muitos de que eram em público as bases de dados novas e nao actuais.

Embora os viromes do intestino fossem sabidos para ser específico muito individual, os pesquisadores identificaram 39 genomas que estaram presente pelo menos em 10 assuntos saudáveis. Estes 39 genomas eram mais adicionais comparados com os conjunto de dados públicos do virome do mundo inteiro que mostram diversos envelhecem, geografia e testes padrões doença-relacionados da predominância. Em particular, 2 genomas mostraram uma predominância notàvel alta no mundo inteiro. Primeiro era a crasso-como o fago (predominância 20,6%), pertencendo à subfamília provisória de AlphacrAssvirinae, visto que segundo era a previamente - fago temperado undescribed que contamina o dorei do bacteróide (predominância 14,4%), chamado LoVEphage. As bases de dados públicas em seguida selecionadas dos pesquisadores e podiam recuperar a circular 18 adicional LoVEphage-como os genomas (67,9 a kb 72,4).

“Nossos resultados mais adicionais sublinham que o virome humano do intestino ainda understudied e que muitos vírus novos devem ser descoberta. Especialmente a identificação dos fago novos compartilhados por povos através do globo é do interesse ser estudado em mais profundidade,” disse o Dr. Matthijnssens. “Em seguida, o catálogo será usado para estudar mais diferenças no virome de várias coortes dos pacientes com fases iniciais de infecção hepática gorda alcoólica e não alcoólica. Nós esperamos que estes estudos nos fornecerão a introspecção básica no papel que o virome do intestino pôde ter na revelação da infecção hepática gorda alcoólica e não alcoólica. Além disso, nós olharemos no virome para identificar biomarkers para a progressão da doença ou a previsão do sucesso do tratamento.”

Source:
Journal reference:

Espen, L.V., et al. (2021) A Previously Undescribed Highly Prevalent Phage Identified in a Danish Enteric Virome Catalog. mSystems. doi.org/10.1128/mSystems.00382-21.