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El estudio puede ayudar a investigar el papel del virome de la tripa en salud y enfermedad

Un nuevo estudio ha agregado los genomas y los genes virales previamente desacostumbrados numerosos al centro común mundial cada vez mayor de los viromes humanos de la tripa. El estudio, publicado en mSystems, un gorrón del abierto-acceso de la sociedad americana para la microbiología, probará útil en la investigación del papel del virome de la tripa en salud humana y enfermedad.

El virome humano de la tripa todavía underexplored sumamente y muchos virus nuevos deben ser descubiertos, algunos de los cuales podrían tener influencias importantes en los procesos que afectaban salud humana y enfermedad.”

Jelle Matthijnssens, Ph.D., estudia al investigador principal, profesor en el departamento de la microbiología, de la inmunología y del trasplante, instituto de Rega, división de la virología clínica y epidemiológica, laboratorio de Metagenomics viral, KU Lovaina, Lovaina, Bélgica

La tripa humana contiene un ecosistema complejo de microorganismos, cuyo las bacterias se han estudiado ampliamente. El Dr. Matthijnssens dijo que se están retrasando los estudios en virus en la tripa. La meta del proyecto de MicrobLiver es obtener la comprensión de la acción recíproca entre el ordenador principal y destripar el microbiome en seres humanos y el papel del eje del tripa-hígado en primeros tiempos de la enfermedad del higado grasa alcohólica y sin alcohol. “En el marco del proyecto de MicrobLiver, apuntamos generar un catálogo del virus que los genomas, que se podrían utilizar en estudios subsiguientes en varias cohortes de la gente con los primeros tiempos de la enfermedad del higado grasa alcohólica y sin alcohol,” dijeron al Dr. Matthijnssens.

En el nuevo estudio, los investigadores utilizaron 254 muestras fecales a partir de 204 temas daneses para generar el catálogo entérico danés de Virome (DEVoC). La cohorte pediátrica incluyó 50 niños y adolescentes (6-18 años) con un índice de masa corporal (BMI) encima del porcentajeth 90, así como la edad 50 y sexo-igualó mandos sanos. La cohorte adulta (34-76 años) incluyó a 52 pacientes con enfermedad del higado y el sexo alcohol-relacionado 52, BMI, y mandos sanos de edad comparable.

Los investigadores utilizaron la técnica nueva del enriquecimiento del protocolo de Viromes (NetoVIR) para purificar todas las partículas del virus de muestras de taburete y ordenaron sus genomas usando tecnologías de profundo-secuencia. (NetoVir permite que los investigadores logren un protocolo rápido, reproductivo, de la alto-producción de la muestra de la preparación para la siguiente-generación que ordena estudios del viromics de la tripa.)

Además, utilizaron la herramienta avanzada de la bioinformática para determinar casi 13 mil genomas virales (parciales), muchos cuyo estaban nuevo y no presente en bases de datos públicas.

Aunque los viromes de la tripa se sepan para ser específico muy individual, los investigadores determinaron 39 genomas que estaban presentes en por lo menos 10 temas sanos. Estos 39 genomas eran más futuros comparados con grupos de datos públicos del virome de todas partes del mundo que mostraba que varios envejecen, geografía y las configuraciones enfermedad-relacionadas de la incidencia. Particularmente, 2 genomas mostraron una incidencia notable alta por todo el mundo. Primer era a espeso-como el fago (incidencia 20,6%), perteneciendo a la subfamilia provisional de AlphacrAssvirinae, mientras que segundo era un fago templado sin descripción previa que infectaba el dorei del bacteroide (incidencia 14,4%), llamada LoVEphage. Las bases de datos públicas después revisadas de los investigadores y podían extraer la circular adicional 18 LoVEphage-como los genomas (67,9 al kb 72,4).

“Nuestras conclusión más futuras acentúan que el virome humano de la tripa todavía understudied y que muchos virus nuevos deben ser descubiertos. Especialmente la identificación de los fagos nuevos compartidos por la gente a través del globo está de interés de ser estudiado con más profundidad,” dijo al Dr. Matthijnssens. “Después, el catálogo será utilizado para estudiar más lejos diferencias en el virome de diversas cohortes de pacientes con los primeros tiempos de la enfermedad del higado grasa alcohólica y sin alcohol. Esperamos que estos estudios nos ofrezcan discernimiento básico en el papel que el virome de la tripa pudo tener en el revelado de la enfermedad del higado grasa alcohólica y sin alcohol. Además, observaremos en el virome para determinar los biomarkers para la progresión de la enfermedad o la predicción del éxito del tratamiento.”

Source:
Journal reference:

Espen, L.V., et al. (2021) A Previously Undescribed Highly Prevalent Phage Identified in a Danish Enteric Virome Catalog. mSystems. doi.org/10.1128/mSystems.00382-21.