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Les chercheurs recensent les variantes neuves de gène qui peuvent entraîner des dystrophies rétiniennes héritées

Une équipe de recherche internationale, aboutie par des scientifiques à l'Université de Californie San Diego et à l'institut d'oeil de Shiley à la santé d'Uc San Diego, a élargi et compréhension approfondie de la façon dont les dystrophies rétiniennes héritées (IRDs) affectent différentes populations des gens et, dans le procédé, ont recensé les variantes neuves de gène qui peuvent entraîner les maladies.

Les découvertes publiées dans la question du 18 octobre 2021 de la génétique de PLOS.

IRDs sont un groupe des maladies, des rétinites pigmentaires au choroideremia, qui ont comme conséquence la perte de vision graduelle, même cécité. Chaque IRD est provoqué par au moins une mutation génique, cependant mutations dans le même gène peut mener à différents diagnostics d'IRD.

IRDs sont rare, mais ils affectent des personnes de tous les âges, progressant à différents régimes, même dans des familles affligées avec la même maladie. Le diagnostic spécifique dépend de trouver les mutations causales génétiques.

Les États-Unis Food and Drug Administration ont reconnu la thérapie génique pour traiter une forme d'IRD concernant le gène RPE65, mais pour l'autre IRDs provoqué par des mutations en plus de 280 gènes différents, il n'y a aucun remède ou demande de règlement prouvée pour ralentir la progression de la maladie.

Les chercheurs ont conduit des séquences d'entier-génome (WGS) de 409 personnes de 108 lignées indépendantes de famille, chacune avec un IRD précédemment diagnostiqué. Le GT est un procédé de déterminer l'intégralité, ou la proche-intégralité, de la séquence d'ADN d'une personne. Il fournit une verticale complète du génome entier de la personne, y compris les mutations et les variantes, qui peuvent être employées pour des buts comparatifs grands.

Des participants à l'étude ont été recrutés de trois régions géographiques différentes : Américains du Mexique, du Pakistan et de l'Européen habitant aux Etats-Unis. Des analyses génomiques ont été conduites des prises de sang prélevées de tous les participants, qui ont indiqué des variantes causales dans 62 des 108 lignées. Un total de variantes de 94 gènes ont été trouvées dans les 62 familles : 52 variantes avaient été précédemment recensées en tant que causal et 42 n'ont pas eu. Étonnant, plus que la moitié des variantes neuves n'ont pas été indiqués dans la base de données de totalisation de génome, une compilation internationale des caractéristiques génomiques.

Des variantes générales et causales ont été trouvées dans 63 pour cent de participants mexicains, 60 pour cent de Pakistanais, et 48 pour cent d'Américain européen.

L'étude a également recensé une grande proportion de mutations causales neuves d'IRD spécifiques avec les populations étudiées et a indiqué les types de mutations contribuant aux dystrophies rétiniennes héritées. Approximativement 13 pour cent des familles ont manifesté les changements atypiques ou inattendus du génome. Cinq des lignées de famille ont eu des mutations en plus d'un gène dans toutes les personnes affectées ; une famille a transporté des mutations dans différents gènes dans différents membres affectés et une mutation de novo a été trouvée dans un patient qui n'était pas présent dans les deux parents.

Des 8 pour cent complémentaire de familles ont eu de grands changements de la structure de leur génome entraînant la rétinopathie héritée et le diagnostic clinique initial dans quatre familles a été reclassifié a basé sur leur génotype.

Les auteurs ont dit la compréhension neuve de poussée de découvertes de la distribution des mutations causales d'IRD dans ces trois diverses populations, qui promouvront la compréhension de la variation et de l'exposé de la maladie. Cela, à leur tour, aidera à concevoir des stratégies plus efficaces et des traitements de dépistage génétique applicables aux populations globales.

Source:
Journal reference:

Biswas, P., et al. (2021) Deciphering the genetic architecture and ethnographic distribution of IRD in three ethnic populations by whole genome sequence analysis. PLOS Genetics. doi.org/10.1371/journal.pgen.1009848.