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Variante de la triangle SARS-CoV-2 transmise par les personnes entièrement vaccinées dans Provincetown, le Massachusetts

Le service de santé publique du Massachusetts (MADPH), sur le 10ème de juillet 2021, a reçu des états d'un saut de pression dans des cas de la maladie 2019 de coronavirus (COVID-19) parmi des résidants de Provincetown, de MAMANS, ou de gens qui avaient récent visité la ville.

Provincetown est une ville de touristes sur Cape Cod qui a attiré des milliers de visiteurs. Public multiple étant présent rapporté de beaucoup de visiteurs grand et rassemblements d'intérieur. Les visites ont commencé par le 4ème du week-end de juillet et prolongé par la semaine suivante. Par la suite, le coronavirus de syndrôme respiratoire aigu sévère 2 infections (SARS-CoV-2) dans l'endroit s'est levé rapidement.

En date du le ęr juillet, le régime de vaccination dans le comté de Barnstable (où Provincetown est localisé) était 68%. 74% de tout le nombre de cas rapportés étaient les personnes entièrement vaccinées, et 79% étaient symptomatiques. Cet épisode de manifestation était premier le grand dans une population hautement vaccinée aux USA. Ceci a mené à une enquête complète, y compris le séquençage du génome SARS-CoV-2.

Maintenant, une étude neuve, postée au serveur de prétirage de medRxiv*, décrit l'épidémiologie génomique de cette manifestation. Elle fournit une compréhension plus profonde de la transmission du virus et entre des personnes entièrement vaccinées.

Une étude neuve

Des échantillons ont été rassemblés entre le 9 juillet et le 2 août, et, les génomes SARS-CoV-2 ont été ordonnancés. Les scientifiques ont produit les génomes SARS-CoV-2 de haute qualité à partir de 467 seules personnes, y compris 439 échantillons qui ont été associés à la manifestation. 80% des échantillons ordonnancés est venu des mâles, l'âge moyen était 43, et 84% est venu des personnes vaccinées.

Découvertes principales

La variante de la triangle SARS-CoV-2 a piloté la manifestation de Provincetown avec 99% des échantillons ordonnancés comme triangle. 84% étaient de la lignée AY.25, qui est rarement l'Amérique du Nord extérieure mais tout à fait courante observés aux Etats-Unis.

Les chercheurs ont analysé les valeurs diagnostiques de Ct, qui sont une approximation de la charge virale. Les charges virales étaient assimilées entre les personnes vaccinées et non vaccinées et entre les personnes symptomatiques et asymptomatiques.

Il y avait, cependant, moins cas asymptomatiques parce que le contrôle a été concentré sur des cas symptomatiques. Les génomes de triangle dans cet ensemble de données n'ont pas eu des variantes nouvelles de la protéine de pointe, ni ils ont eu une plus haute fréquence des modifications acides aminées.

Le temps moyen puisque l'achèvement du cours de vaccination était de 111 jours. Les scientifiques ont observé que les prêts viraux ont diminué légèrement en tant que plus de temps réussi goujon-vaccination. Cependant, cette tendance se baissante n'était pas statistiquement significative dans cet ensemble de données. De plus, quoique de manière insignifiante, la charge virale a diminué marginalement avec l'augmentation de l'âge dans les personnes vaccinées. Dans la cohorte d'étude, en moyenne, les personnes non vaccinées étaient plus jeunes que les personnes vaccinées.

Épidémiologie de la synthèse de manifestation et d
Épidémiologie de la synthèse de manifestation et d'ensemble de données de Provincetown. A. Organigramme décrivant les événements principaux de la manifestation de Provincetown et des jeux appropriés témoin présentés ici. Génomes de B. SARS-CoV-2 à la date de ramassage. Là où des échantillons multiples ont été rassemblés du même patient, la première date de ramassage est employée. C. Distribution de tous les cas dans le comté de Barnstable au-dessus de la période de temps de l'étude et de l'estimation de la droite au cours de la manifestation. Valeurs de D. Ct du gène N1 pour les 313 personnes connues pour être entièrement vacciné par une de Janssen, de Moderna, ou de Pfizer ; comprend linéaire avec l'intervalle de confiance de 95%.

Les scientifiques ont impliqué que la variante de triangle a été introduite dans la population de beaucoup de sources basées sur une analyse phylogénétique d'arbre. Les génomes rapportés les plus tôt dans le boîtier étaient d'autres conditions. Ceci a abouti des chercheurs à croire que cette lignée a apparu en dehors des MAMANS et a été introduite dans la condition juste avant l'amplification par la manifestation. Elles ont également observé une configuration, qui a indiqué le rapid écarté d'un individuel unique et - une signature de superspreading. Cependant, l'enquête de santé publique n'a trouvé aucune preuve d'un site unique mis en commun entre beaucoup de cas. La configuration spécifique de boîte de vitesses ne pourrait pas être resolved, mais la forme de la phylogénie a proposé que quelques personnes aient été responsables de la plupart des événements de boîte de vitesses.

Ensuite, scientifiques vérifiés si les cas de la manifestation contribuaient à l'augmentation suivante des cas dans les MAMANS et en travers du pays. La moitié des personnes manifestation-associées étaient des résidants de MAMANS, alors que l'autre moitié rendus visite de 20 autres conditions d'USA. On l'a observé que la signature du boîtier dominant a représenté une petite part d'infections de triangle ordonnancées dans les MAMANS au cours des semaines suivantes.

Identification des événements putatifs de boîte de vitesses des personnes vaccinées. La boîte de vitesses de Haut-confiance d
Identification des événements putatifs de boîte de vitesses des personnes vaccinées. La boîte de vitesses de Haut-confiance d'A. joint de l'investigation de découverte de contact. B. Tiges prévues de boîte de vitesses basées sur la séquence génomique, les variantes d'intrahost, et la date de début de sympt40me. Le C. Génomique-a prévu des tiges de boîte de vitesses corroborées par davantage de revue épidémiologique. Des contacts putatifs sont groupés dans des tiges possibles (lignes grises) et des tiges connues (lignes noires) pour indiquer plausible contre les contacts confirmés entre les paires de boîte de vitesses. Une paire confirmée de boîte de vitesses qui fait partie d'un plus grand boîtier des tiges putatives, décrit dans le texte, est par un astérisque.

Davantage de recherche a prouvé que les boîtiers plus petits de manifestation ont eu le choc négligeable sur l'écart en avant dans le Massachusetts et ailleurs dans les Etats-Unis.

En dépit des complexités épidémiologiques, les caractéristiques ont fourni le soutien important pour 21 boîtes de vitesses des personnes vaccinées. Les scientifiques ont conclu que la boîte de vitesses des infections vacciniques de découverte aux personnes vaccinées et non vaccinées était courante.

Conclusion

La manifestation de Provincetown a eu au-dessus de mille cas, et elle a expliqué que la variante de triangle est capable d'entraîner une grande manifestation même dans une population en grande partie vaccinée. On a cependant observé le que cette manifestation n'a pas contribué de manière significative à l'augmentation des cas dans le Massachusetts. Il doit noter que la manifestation était de courte durée dû à la réaction rapide de santé publique.

Le choc de la manifestation a pu également être atténué par l'engagement actif de la communauté affectée dans la réaction épidémiologique. L'effet limité de cet épisode a proposé que bien que les régimes élevés de vaccination ne puissent pas garantir la prévention des manifestations triangle Triangle, rapide et les mesures de santé publique bien informées peuvent en effet les régler.

Avis *Important

le medRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Dr. Priyom Bose

Written by

Dr. Priyom Bose

Priyom holds a Ph.D. in Plant Biology and Biotechnology from the University of Madras, India. She is an active researcher and an experienced science writer. Priyom has also co-authored several original research articles that have been published in reputed peer-reviewed journals. She is also an avid reader and an amateur photographer.

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