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Variação do delta SARS-CoV-2 transmitida por indivíduos inteiramente vacinados em Provincetown, Massachusetts

O departamento de Massachusetts da saúde pública (MADPH), no 10o de julho de 2021, recebeu relatórios de um impulso em casos da doença 2019 do coronavirus (COVID-19) entre residentes de Provincetown, de miliampère, ou de povos que tinham visitado recentemente a cidade.

Provincetown é uma cidade do turista em Cape Cod que atraiu milhares de visitantes. Muitos visitantes relataram a comparecimento do grande público múltiplo e de recolhimentos internos. As visitas começaram com o 4o do fim de semana de julho e continuaram com a seguinte semana. Subseqüentemente, o coronavirus da Síndrome Respiratória Aguda Grave 2 infecções (SARS-CoV-2) na área aumentou ràpida.

Até à data do ø julho, a taxa da vacinação em Barnstable County (onde Provincetown é encontrado) era 68%. 74% do número total de casos relatados era inteiramente indivíduos vacinados, e 79% eram sintomáticos. Este episódio da manifestação era primeiro grande em uma população altamente vacinada nos E.U. Isto conduziu a uma investigação completa, incluindo arranjar em seqüência do genoma SARS-CoV-2.

Agora, um estudo novo, afixado ao server da pré-impressão do medRxiv*, descreve a epidemiologia genomic desta manifestação. Fornece uma compreensão mais profunda da transmissão viral e entre dos indivíduos inteiramente vacinados.

Um estudo novo

As amostras foram recolhidas entre o 9 de julho e 2 de agosto, e, os genomas SARS-CoV-2 foram arranjados em seqüência. Os cientistas produziram os genomas SARS-CoV-2 de alta qualidade de 467 indivíduos originais, incluindo 439 amostras que foram associadas com a manifestação. 80% das amostras arranjadas em seqüência veio dos homens, a idade mediana era 43, e 84% veio dos indivíduos vacinados.

Resultados principais

A variação do delta SARS-CoV-2 conduziu a manifestação de Provincetown com as 99% das amostras arranjadas em seqüência como o delta. 84% eram da linhagem AY.25, que é raramente America do Norte exterior mas bastante comum observados nos EUA.

Os pesquisadores analisaram os valores diagnósticos do Ct, que são uma aproximação da carga viral. As cargas virais eram similares entre indivíduos vacinados e unvaccinated e entre indivíduos sintomáticos e assintomáticos.

Havia, contudo, menos casos assintomáticos porque testar foi focalizado em casos sintomáticos. Os genomas do delta neste conjunto de dados não tiveram variações novas da proteína do ponto, nem tiveram uma freqüência mais alta de mudanças do ácido aminado.

O tempo médio desde que a conclusão do curso da vacinação era 111 dias. Os cientistas observaram que os empréstimos virais diminuíram ligeira como mais tempo passado cargo-vacinação. Contudo, esta tendência de diminuição não era estatìstica significativa neste conjunto de dados. Mais, embora insignificanta, a carga viral diminuiu marginal com idade crescente em indivíduos vacinados. Na coorte do estudo, em média, os indivíduos unvaccinated eram mais novos do que indivíduos vacinados.

Epidemiologia da vista geral da manifestação e do conjunto de dados de Provincetown. A. Diagrama de fluxo que descreve os eventos principais da manifestação de Provincetown e dos grupos relevantes da amostra apresentados aqui. Genomas do B. SARS-CoV-2 na tâmara da coleção. Onde as amostras múltiplas foram recolhidas do mesmo paciente, a tâmara a mais adiantada da coleção é usada. C. Distribuição de todos os casos em Barnstable County sobre o período de tempo do estudo e a avaliação do Rt no curso da manifestação. Valores do D. Ct do gene N1 para os 313 indivíduos conhecidos para ser vacinado inteiramente por um de Janssen, de Moderna, ou de Pfizer; inclui a regressão linear com intervalo de confiança de 95%.
Epidemiologia da vista geral da manifestação e do conjunto de dados de Provincetown. A. Diagrama de fluxo que descreve os eventos principais da manifestação de Provincetown e dos grupos relevantes da amostra apresentados aqui. Genomas do B. SARS-CoV-2 na tâmara da coleção. Onde as amostras múltiplas foram recolhidas do mesmo paciente, a tâmara a mais adiantada da coleção é usada. C. Distribuição de todos os casos em Barnstable County sobre o período de tempo do estudo e a avaliação do Rt no curso da manifestação. Valores do D. Ct do gene N1 para os 313 indivíduos conhecidos para ser vacinado inteiramente por um de Janssen, de Moderna, ou de Pfizer; inclui a regressão linear com intervalo de confiança de 95%.

Os cientistas pressupor que a variação do delta estêve introduzida na população de muitas fontes baseadas em uma análise filogenética da árvore. Os genomas relatados os mais adiantados dentro do conjunto eram de outros estados. Isto conduziu pesquisadores acreditar que esta linhagem emergiu fora do miliampère e estêve introduzida no estado apenas antes da amplificação pela manifestação. Igualmente observaram um teste padrão, que indicasse o rapid espalhado de um único individual e - uma assinatura de superspreading. Contudo, a investigação da saúde pública não encontrou nenhuma evidência de um único local compartilhado entre muitos casos. O teste padrão específico da transmissão não poderia ser resolved, mas a forma da filogenia sugeriu que alguns indivíduos fossem responsáveis para a maioria de eventos da transmissão.

Em seguida, cientistas investigados se os casos da manifestação contribuíram ao aumento subseqüente nos casos no miliampère e em todo o país. A metade dos indivíduos manifestação-associados era residentes do miliampère, quando a outra metade visitados outros de 20 estados de E.U. Observou-se que a assinatura do conjunto dominante esclareceu uma fracção pequena das infecções do delta arranjadas em seqüência no miliampère sobre as seguintes semanas.

Identificação de eventos putativos da transmissão dos indivíduos vacinados. A transmissão da Alto-confiança do A. liga da investigação de seguimento do contacto. B. Relações previstas da transmissão baseadas na seqüência, em variações do intrahost, e na tâmara genomic do início do sintoma. O C. Genómica-previu as relações da transmissão corroboradas por uma continuação epidemiológica mais adicional. Os contactos putativos são agrupados nas relações possíveis (linhas cinzentas) e nas relações conhecidas (linhas pretas) para denotar plausível contra contactos confirmados entre pares da transmissão. Um par confirmado da transmissão que seja parte de um conjunto maior de relações putativos, descrito no texto, é identificado por meio de um asterisco.
Identificação de eventos putativos da transmissão dos indivíduos vacinados. A transmissão da Alto-confiança do A. liga da investigação de seguimento do contacto. B. Relações previstas da transmissão baseadas na seqüência, em variações do intrahost, e na tâmara genomic do início do sintoma. O C. Genómica-previu as relações da transmissão corroboradas por uma continuação epidemiológica mais adicional. Os contactos putativos são agrupados nas relações possíveis (linhas cinzentas) e nas relações conhecidas (linhas pretas) para denotar plausível contra contactos confirmados entre pares da transmissão. Um par confirmado da transmissão que seja parte de um conjunto maior de relações putativos, descrito no texto, é identificado por meio de um asterisco.

Uma pesquisa mais adicional mostrou que os conjuntos menores da manifestação tiveram o impacto insignificante na propagação para a frente dentro de Massachusetts e em outra parte dentro dos EUA.

Apesar das complexidades epidemiológicas, os dados forneceram o forte apoio para 21 transmissões dos indivíduos vacinados. Os cientistas concluíram que a transmissão das infecções vacinais da descoberta aos indivíduos vacinados e unvaccinated era comum.

Conclusão

A manifestação de Provincetown teve sobre mil casos, e demonstrou que a variação do delta é capaz de causar uma grande manifestação mesmo em uma população na maior parte vacinada. , Contudo, observou-se que esta manifestação não contribuiu significativamente ao aumento nos casos em Massachusetts. Deve-se notar que a manifestação era breve devido à resposta rápida da saúde pública.

O impacto da manifestação podia igualmente ser abrandado pelo acoplamento activo da comunidade afetada na resposta epidemiológica. O efeito limitado deste episódio sugeriu que embora as taxas altas da vacinação não pudessem garantir a prevenção de manifestações Delta-conduzidas, rápido e as protecções sanitárias públicas bem informados podem certamente controlá-las.

Observação *Important

o medRxiv publica os relatórios científicos preliminares que par-não são revistos e, não devem conseqüentemente ser considerados como conclusivos, guia a prática clínica/comportamento saúde-relacionado, ou tratado como a informação estabelecida.

Journal reference:
Dr. Priyom Bose

Written by

Dr. Priyom Bose

Priyom holds a Ph.D. in Plant Biology and Biotechnology from the University of Madras, India. She is an active researcher and an experienced science writer. Priyom has also co-authored several original research articles that have been published in reputed peer-reviewed journals. She is also an avid reader and an amateur photographer.

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