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La mutation de N501Y dans la variante de la triangle SARS-CoV-2 est principale aux infections de découverte

Une étude dans la région de Philadelphie a constaté que les coronavirus de syndrôme respiratoire aigu sévère 2 variantes (SARS-CoV-2) évoluent pour devenir plus contagieux et résistants aux vaccins COVID-19. De plus, selon le sublineage, les variantes SARS-CoV-2 telles que la variante de triangle ont mené à un risque accru triple pour des cas vacciniques de découverte.

Les vaccins COVID-19 restent hautement efficaces à éviter la maladie grave, l'hospitalisation, et la mort. Cependant, l'été 2021 a vu une pointe dans les cas COVID-19 chez vacciné et des personnes non vaccinées.

Dans leur analyse des échantillons SARS-CoV-2, les chercheurs ont développé une méthode statistique neuve, la régression polynôme logistique auto-régressive bayésienne de moyenne mobile, qui peut être avantageuse en évaluant l'évolution des variantes virales multiples. « Nous comptons que ces méthodes de modélisation seront utiles en surveillant l'efficacité des programmes de vaccination allant vers l'avant pendant que les variantes nouvelles de SARS-CoV-2 continuent à apparaître, » ont conclu l'équipe de recherche.

L'étude « variantes de SARS-CoV-2 liées à la découverte vaccinique dans la vallée du Delaware par l'été 2021 » est postée au serveur de prétirage de medRxiv* tout en attendant l'inspection professionnelle.

Condition de la pandémie dans la région de vallée du Delaware

Plusieurs ondes COVID-19 réussies par Philadelphie, comme remarquable avec des augmentations des tests COVID-19 positifs et des admissions au hôpital accrues.

Environ 70% de résidants de Philadelphie étaient vaccinés avant septembre 2021. Pendant la campagne 2021 de vaccination, les variantes d'alpha et de triangle étaient les plus répandues dans l'endroit.

Les chercheurs ont rassemblé 2.621 échantillons SARS-CoV-2 ordonnancés des personnes avec l'infection COVID-19 de mars 2020 à septembre 2021. Les échantillons sont également venus de 159 patients entièrement vaccinés avec des cas vacciniques confirmés de découverte.

Prévalence de triangle pendant la pointe dans les cas COVID-19

Au cours de la période de réflexion, les variantes multiples diffusaient dans la région de vallée du Delaware. La lignée B.1 a dominé la région à partir de mars 2020 jusqu'à l'automne 2020 jusqu'à ce qu'elle ait été usurpée par les variantes B.1.2 et B.1.243.

Vers la fin de l'été 2021, toutes les variantes SARS-CoV-2 dans la région étaient de la lignée de triangle.

Caractéristiques longitudinales de la pandémie COVID-19 dans la ville de Philadelphie. L
Caractéristiques longitudinales de la pandémie COVID-19 dans la ville de Philadelphie. L'axe des y montre le régime quotidien de positivité de test (gris-clair) comme % de la valeur la plus élevée (positivité 26,57% sur 4/13/2020), le régime d'hospitalisation (gris-foncé) comme % de la valeur la plus élevée (87 hospitalisations par jour sur 4/22/2020), le régime de vaccination dans les adultes 18 années et plus vieux (noir). Le % prévu d'échantillons de contrôle classifiés comme variante (rouge) d'alpha (vert) ou de triangle a été estimé à partir des caractéristiques de séquence présentées en cet article. L'autre caractéristique est de la ville essais de Philadelphie des « : Programmes et initiatives. »

Développer un modèle statistique alternatif une fois confronté aux souches virales changeantes

Plusieurs éditions ont surgi en comparant les échantillons SARS-CoV-2 provenant des infections de découverte au reste de la communauté infectée. Par exemple, la circulation des variantes virales a changé au fil du temps, avec la triangle étant la tension prédominante vers la fin de la période de réflexion. Pour cette raison, se rassemblant les échantillons d'infections de découverte pendant l'étude étaient inégaux et fortement orientés le fin 2021.

Pour aborder ces préoccupations, les chercheurs ont produit une analyse bayésienne combinant un modèle moyen mobile auto-régressif avec la régression logistique polynôme. L'incertitude représentée modèle et les changements faits au hasard de l'hebdomadaire viral de circulation.

« De cette vue, il est évident que plusieurs autres lignées cirées et affaiblies notamment au cours de la période d'échantillonnage, y compris B.1.1.434 et B.1.526, » aient écrit l'équipe de recherche.

La mutation ponctuelle de N501Y augmente le risque de cas vacciniques de découverte

La présence d'une lignée de triangle, B.1.617.2, a eu comme conséquence une augmentation triple des infections de découverte.

Comparaison des caractéristiques de séquence de génome viral des échantillons de contrôle (A, B) pour clouer échecs de gène cible (c) et échantillons vacciniques de découverte (d). A) Diagramme à barres empilé longitudinal dépeignant les variantes SARS-CoV-2 actuelles dans des échantillons de contrôle provenant de la vallée du Delaware, montrée comme la proportion de génomes a classifié en tant que chaque lignée variable dans chaque semaine. Les nombres de génomes échantillonnés chaque semaine sont montrés ci-dessus le graphique. Les variantes sont colorées selon la clavette au bas du chiffre. B) Les inscriptions sont les mêmes qu
Comparaison des caractéristiques de séquence de génome viral des échantillons de contrôle (A, B) pour clouer échecs de gène cible (c) et échantillons vacciniques de découverte (d). A) Diagramme à barres empilé longitudinal dépeignant les variantes SARS-CoV-2 actuelles dans des échantillons de contrôle provenant de la vallée du Delaware, montrée comme la proportion de génomes a classifié en tant que chaque lignée variable dans chaque semaine. Les nombres de génomes échantillonnés chaque semaine sont montrés ci-dessus le graphique. Les variantes sont colorées selon la clavette au bas du chiffre. B) Les inscriptions sont les mêmes qu'A), mais en montrant les proportions de variantes prévues à partir des caractéristiques de compte dans A) utilisant la régression logistique polynôme moyenne mobile auto-régressive bayésienne. C) Inscriptions comme A), mais en montrant des comptes d'échantillons d'échecs de gène cible de pointe. D) Inscriptions comme A), mais en montrant les comptes d'échantillons vacciniques de découverte.

Un élément courant dans les variantes SARS-CoV-2 impliquées dans des infections de découverte est le remplacement de N501Y. On observe la mutation de N501Y dans l'alpha, les bêta, et les variantes gamma.

La recherche antérieure sur le remplacement de N501Y l'a lié à l'affinité obligatoire accrue de protéine de pointe avec le récepteur ACE2 et la liaison diminuée des anticorps humains à la protéine de pointe.

Fréquences de différentes variantes prévues utilisant la régression logistique polynôme moyenne mobile auto-régressive bayésienne. Le temps est montré le long de l
Fréquences de différentes variantes prévues utilisant la régression logistique polynôme moyenne mobile auto-régressive bayésienne. Le temps est montré le long de l'axe des abscisses et des proportions prévues de la population de contrôle le long de l'axe des y. Les barres grises indiquent des proportions crues des caractéristiques de compte ombragées par le nombre d'observations observées dans une semaine donnée (plus foncée indiquant plus d'échantillons) tandis que les lignes colorées indiquent la proportion prévue par le modèle bayésien. Les enveloppes de couleur claire autour de chaque ligne montrent au 95% des intervalles crédibles pour la proportion. Seulement des lignées réalisant une proportion prévue de >10% de n'importe quelle semaine donnée sont montrées.

Un autre remplacement de protéine de pointe, P681H, a été également augmenté dans des échantillons d'infection de découverte.

Autre des mutations enrichies non trouvées sur la protéine de pointe comprennent le remplacement de P199L sur le nucleocapsid.

Avis *Important

le medRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Jocelyn Solis-Moreira

Written by

Jocelyn Solis-Moreira

Jocelyn Solis-Moreira graduated with a Bachelor's in Integrative Neuroscience, where she then pursued graduate research looking at the long-term effects of adolescent binge drinking on the brain's neurochemistry in adulthood.

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