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La mutazione di N501Y nella variante di delta SARS-CoV-2 è chiave alle infezioni dell'innovazione

Uno studio nell'area di Filadelfia ha trovato che il coronavirus di sindrome respiratorio acuto severo 2 varianti (SARS-CoV-2) si evolve per diventare più contagioso e resistente ai vaccini COVID-19. Inoltre, secondo il sublineage, le varianti SARS-CoV-2 quale la variante di delta piombo ad un rischio aumentato triplo per i casi vaccino dell'innovazione.

I vaccini COVID-19 rimangono altamente efficaci ad impedire la malattia, l'ospedalizzazione e la morte severe. Tuttavia, l'estate 2021 ha veduto una punta nei casi COVID-19 sia in gente vaccinata che unvaccinated.

Nella loro analisi dei campioni SARS-CoV-2, i ricercatori hanno messo a punto un nuovo metodo statistico, la regressione multinominale logistica autoregressiva bayesana di media mobile, che può essere utile nella valutazione dell'evoluzione delle varianti virali multiple. “Prevediamo che questi metodi modellanti siano utili nel video dell'efficacia dei programmi di vaccinazione che vanno in avanti mentre le varianti novelle di SARS-CoV-2 continuano ad emergere,„ abbiano concluso il gruppo di ricerca.

Lo studio “varianti di SARS-CoV-2 connesse con l'innovazione vaccino nella valle del Delaware con l'estate 2021„ è inviato al " server " della pubblicazione preliminare del medRxiv* mentre attende la revisione tra pari.

Stato della pandemia nell'area della valle del Delaware

Parecchie onde COVID-19 passate con Filadelfia, come celebre con gli aumenti nelle prove positive COVID-19 e nei ricoveri ospedalieri aumentati.

Circa 70% dei residenti di Filadelfia sono stati vaccinati da ora a settembre 2021. Durante la campagna 2021 della vaccinazione, le varianti di delta e dell'alfa erano più prevalenti nell'area.

I ricercatori hanno raccolto 2.621 campione SARS-CoV-2 ordinato dalle persone con l'infezione COVID-19 dal marzo 2020 al settembre 2021. I campioni egualmente sono venuto da 159 pazienti completamente vaccinati con i casi vaccino confermati dell'innovazione.

Prevalenza del delta durante la punta nei casi COVID-19

Durante il periodo di studio, le varianti multiple stavano circolando nell'area della valle del Delaware. Lo stirpe B.1 ha dominato la regione da marzo 2020 fino alla caduta 2020 fino ad usurparlo dalle varianti B.1.2 e B.1.243.

Per la fine dell'estate 2021, tutte le varianti SARS-CoV-2 nella regione provenivano dallo stirpe di delta.

Dati longitudinali dalla pandemia COVID-19 nella città di Filadelfia. L
Dati longitudinali dalla pandemia COVID-19 nella città di Filadelfia. L'asse y mostra la tariffa quotidiana della positività della prova (grigio chiaro) come percentuale di più alto valore (positività 26,57% su 4/13/2020), la tariffa dell'ospedalizzazione (grigio scuro) come percentuale di più alto valore (87 ospedalizzazioni al giorno su 4/22/2020), la tariffa della vaccinazione in adulti 18 anni e più vecchi (il nero). La percentuale stimata dei campioni di sorveglianza classificati come variante (rossa) dell'alfa (verde) o di delta è stata stimata dai dati di sequenza presentati in questo documento. Altri dati provengono dalla città dati di prova di Filadelfia “: Programmi ed iniziative.„

Sviluppare un modello statistico alternativo una volta affrontato a cambiare gli sforzi virali

Parecchie emissioni sono sorto quando paragona i campioni SARS-CoV-2 dalle infezioni dell'innovazione al resto della comunità infettata. Per esempio, la circolazione delle varianti virali è cambiato col passare del tempo, con il delta che è lo sforzo predominante verso la conclusione del periodo di studio. Per questo motivo, raccogliendosi i campioni delle infezioni dell'innovazione durante lo studio erano irregolari e messi a fuoco molto della fine del 2021.

Per indirizzare queste preoccupazioni, i ricercatori hanno creato un'analisi bayesana che combina un modello autoregressivo di media mobile con la regressione logistica multinominale. L'incertezza rappresentata di modello ed i cambiamenti casuali in settimanale virale di circolazione.

“Da questa visualizzazione, proviene evidente che parecchi ulteriori stirpi incerati considerevolmente e calati durante il periodo di campionamento, compreso B.1.1.434 e B.1.526,„ hanno scritto il gruppo di ricerca.

La mutazione puntiforme di N501Y aumenta il rischio di casi vaccino dell'innovazione

La presenza di uno stirpe di delta, B.1.617.2, ha provocato un aumento triplo nelle infezioni dell'innovazione.

Confronto dei dati virali di sequenza del genoma dai campioni di sorveglianza (A, B) chiodare gli errori del gene dell
Confronto dei dati virali di sequenza del genoma dai campioni di sorveglianza (A, B) chiodare gli errori del gene dell'obiettivo (C) e campioni vaccino di innovazione (D). A) Istogramma impilato longitudinale che descrive le varianti SARS-CoV-2 presenti nei campioni di sorveglianza dalla valle del Delaware, indicata come la proporzione di genoma ha classificato come ogni stirpe variabile in ogni settimana. I numeri dei genoma campionati ogni settimana sono indicati sopra il grafico. Le varianti sono colorate secondo il tasto al fondo della figura. B) Le marcature sono le stesse di in A), ma mostrando le proporzioni di varianti stimate dai dati di conteggio in A) facendo uso di regressione logistica polinomiale autoregressiva bayesana di media mobile. C) Le marcature come in A), ma mostrando i conteggi della punta mirano ai campioni degli errori del gene. D) Marcature come in A), ma mostrando i conteggi dei campioni vaccino di innovazione.

Un elemento comune nelle varianti SARS-CoV-2 in questione nelle infezioni dell'innovazione è la sostituzione di N501Y. La mutazione di N501Y è osservata nelle beta e di gamma varianti dell'alfa.

La ricerca priore sulla sostituzione di N501Y la ha collegata ad affinità obbligatoria aumentata della proteina della punta con il ricevitore ACE2 ed il legame in diminuzione degli anticorpi umani alla proteina della punta.

Frequenze di diverse varianti stimate facendo uso di regressione logistica polinomiale autoregressiva bayesana di media mobile. Il tempo è indicato lungo l
Frequenze di diverse varianti stimate facendo uso di regressione logistica polinomiale autoregressiva bayesana di media mobile. Il tempo è indicato lungo l'ascissa e le percentuali stimate di popolazione di sorveglianza lungo l'asse y. Le barre grige indicano le proporzioni crude dai dati di conteggio protette dal numero delle osservazioni osservate in una settimana data (più scura indicando più campioni) mentre le righe colorate indicano la proporzione stimata dal modello bayesano. Le buste di colore chiaro intorno ad ogni riga mostrano al 95% gli intervalli credibili per la proporzione. Soltanto gli stirpi che raggiungono una proporzione stimata di >10% di tutta la settimana data sono indicati.

Un'altra sostituzione della proteina della punta, P681H, egualmente è stata aumentata di campioni di infezione dell'innovazione.

Altro mutazioni arricchite non trovate sulla proteina della punta comprende la sostituzione di P199L sul nucleocapsid.

Avviso *Important

il medRxiv pubblica i rapporti scientifici preliminari che pari-non sono esaminati e, pertanto, non dovrebbero essere considerati conclusivi, guida la pratica clinica/comportamento correlato con la salute, o trattato come informazioni stabilite.

Journal reference:
Jocelyn Solis-Moreira

Written by

Jocelyn Solis-Moreira

Jocelyn Solis-Moreira graduated with a Bachelor's in Integrative Neuroscience, where she then pursued graduate research looking at the long-term effects of adolescent binge drinking on the brain's neurochemistry in adulthood.

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