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A mutação de N501Y na variação do delta SARS-CoV-2 é chave às infecções da descoberta

Um estudo na área de Philadelphfia encontrou que o coronavirus da Síndrome Respiratória Aguda Grave 2 variações (SARS-CoV-2) evolui para se tornar mais contagioso e resistente às vacinas COVID-19. Além, segundo o sublineage, as variações SARS-CoV-2 tais como a variação do delta conduzida a uma três-dobra aumentaram o risco para casos vacinais da descoberta.

As vacinas COVID-19 permanecem altamente eficazes em impedir a doença, a hospitalização, e a morte severas. Contudo, o verão 2021 considerou um ponto nos casos COVID-19 em povos vacinados e unvaccinated.

Em sua análise das amostras SARS-CoV-2, os pesquisadores desenvolveram um método estatístico novo, a regressão multinominal logística da média móvel autoregressiva Bayesian, que pode ser benéfica em avaliar a evolução de variações virais múltiplas. “Nós esperamos que estes métodos de modelagem serão úteis em monitorar a eficácia dos programas de vacinação que vão para a frente como as variações novas de SARS-CoV-2 continuam a emergir,” concluíram a equipa de investigação.

O estudo de “variações SARS-CoV-2 associadas com a descoberta vacinal no vale de Delaware com o verão 2021” é afixado ao server da pré-impressão do medRxiv* ao esperar a revisão paritária.

Estado da pandemia na área do vale de Delaware

Diversas ondas COVID-19 passadas através de Philadelphfia, como notável com aumentos nos testes COVID-19 positivos e em admissões de hospital aumentadas.

Aproximadamente 70% de residentes de Philadelphfia foram vacinados daqui até setembro de 2021. Durante a campanha 2021 da vacinação, as variações do alfa e do delta eram as mais predominantes na área.

Os pesquisadores recolheram 2.621 amostras SARS-CoV-2 arranjadas em seqüência dos indivíduos com infecção COVID-19 desde março de 2020 até setembro de 2021. As amostras igualmente vieram de 159 pacientes inteiramente vacinados com casos vacinais confirmados da descoberta.

Predominância do delta durante o ponto nos casos COVID-19

Durante o período do estudo, as variações múltiplas estavam circulando na área do vale de Delaware. A linhagem B.1 dominou a região desde março de 2020 até a queda 2020 até que estêve usurpada pelas variações B.1.2 e B.1.243.

Para o fim do verão 2021, todas as variações SARS-CoV-2 na região eram da linhagem do delta.

Dados longitudinais da pandemia COVID-19 na cidade de Philadelphfia. A y-linha central mostra a taxa diária da positividade do teste (luz - cinza) como um por cento do valor o mais alto (positividade 26,57% em 4/13/2020), a taxa da hospitalização (cinza escuro) como um por cento do valor o mais alto (87 hospitalizações pelo dia em 4/22/2020), a taxa da vacinação nos adultos 18 anos velhos e mais velhos (preto). O por cento calculado das amostras da fiscalização classificadas como a variação (vermelha) do alfa (verde) ou do delta foi calculado dos dados da seqüência apresentados neste papel. Outros dados são da cidade dados teste de Philadelphfia de “: Programas e iniciativas.”
Dados longitudinais da pandemia COVID-19 na cidade de Philadelphfia. A y-linha central mostra a taxa diária da positividade do teste (luz - cinza) como um por cento do valor o mais alto (positividade 26,57% em 4/13/2020), a taxa da hospitalização (cinza escuro) como um por cento do valor o mais alto (87 hospitalizações pelo dia em 4/22/2020), a taxa da vacinação nos adultos 18 anos velhos e mais velhos (preto). O por cento calculado das amostras da fiscalização classificadas como a variação (vermelha) do alfa (verde) ou do delta foi calculado dos dados da seqüência apresentados neste papel. Outros dados são da cidade dados teste de Philadelphfia de “: Programas e iniciativas.”

Desenvolvendo um modelo estatístico alternativo quando enfrentado com mudança de tensões virais

Diversas edições elevararam ao comparar as amostras SARS-CoV-2 das infecções da descoberta com o resto da comunidade contaminada. Por exemplo, a circulação de variações virais mudou ao longo do tempo, com o delta que é a tensão predominante para o fim do período do estudo. Por este motivo, recolhendo as amostras de infecções da descoberta durante o estudo eram desiguais e focalizadas pesadamente o fim de 2021.

Para endereçar estes interesses, os pesquisadores criaram uma análise Bayesian que combina um modelo autoregressivo da média móvel com a regressão logística multinominal. A incerteza esclarecida modelo e as mudanças aleatórias no semanário viral da circulação.

“Desta vista, é evidente que diversas linhagens mais adicionais enceradas e enfraquecidas notàvel durante o período da amostra, incluindo B.1.1.434 e B.1.526,” escreveram a equipa de investigação.

A mutação de ponto de N501Y aumenta o risco de casos vacinais da descoberta

A presença de uma linhagem do delta, B.1.617.2, conduziu a um aumento da três-dobra em infecções da descoberta.

Comparação de dados virais da seqüência do genoma das amostras da fiscalização (A, B) para cravar as falhas do gene do alvo (c) e as amostras vacinais da descoberta (d). A) Gráfico de barra empilhado longitudinal que descreve as variações SARS-CoV-2 actuais em amostras da fiscalização do vale de Delaware, mostrado como a proporção de genomas classificou como cada linhagem variante dentro de cada semana. Os números de genomas provados cada semana são mostrados acima o gráfico. As variações são coloridas de acordo com a chave na parte inferior da figura. B) As marcações estão as mesmas que em A), mas em mostrar as proporções de variações calculadas dos dados da contagem em A) usando a regressão logística do multinomial autoregressivo Bayesian da média móvel. C) As marcações como em A), mas em mostrar contagens do ponto visam amostras das falhas do gene. D) Marcações como em A), mas em mostrar as contagens de amostras vacinais da descoberta.
Comparação de dados virais da seqüência do genoma das amostras da fiscalização (A, B) para cravar as falhas do gene do alvo (c) e as amostras vacinais da descoberta (d). A) Gráfico de barra empilhado longitudinal que descreve as variações SARS-CoV-2 actuais em amostras da fiscalização do vale de Delaware, mostrado como a proporção de genomas classificou como cada linhagem variante dentro de cada semana. Os números de genomas provados cada semana são mostrados acima o gráfico. As variações são coloridas de acordo com a chave na parte inferior da figura. B) As marcações estão as mesmas que em A), mas em mostrar as proporções de variações calculadas dos dados da contagem em A) usando a regressão logística do multinomial autoregressivo Bayesian da média móvel. C) As marcações como em A), mas em mostrar contagens do ponto visam amostras das falhas do gene. D) Marcações como em A), mas em mostrar as contagens de amostras vacinais da descoberta.

Um elemento comum nas variações SARS-CoV-2 envolvidas em infecções da descoberta é a substituição de N501Y. A mutação de N501Y é observada nas beta, e da gama variações do alfa.

A pesquisa prévia sobre a substituição de N501Y ligou-a à afinidade obrigatória aumentada da proteína do ponto com o receptor ACE2 e o emperramento diminuído de anticorpos humanos à proteína do ponto.

As freqüências de variações individuais calcularam usando a regressão logística do multinomial autoregressivo Bayesian da média móvel. O tempo é mostrado ao longo da x-linha central e das proporções calculadas da população da fiscalização ao longo da y-linha central. As barras cinzentas indicam as proporções cruas dos dados da contagem protegidas pelo número de observações observadas em uma semana dada (mais escura indicando mais amostras) quando as linhas coloridas indicarem a proporção calculada pelo modelo Bayesian. Os envelopes coloridos luz em torno de cada linha mostram ao 95% intervalos dignos de crédito para a proporção. Somente as linhagens que conseguem uma proporção calculada de >10% em toda a semana dada são mostradas.
As freqüências de variações individuais calcularam usando a regressão logística do multinomial autoregressivo Bayesian da média móvel. O tempo é mostrado ao longo da x-linha central e das proporções calculadas da população da fiscalização ao longo da y-linha central. As barras cinzentas indicam as proporções cruas dos dados da contagem protegidas pelo número de observações observadas em uma semana dada (mais escura indicando mais amostras) quando as linhas coloridas indicarem a proporção calculada pelo modelo Bayesian. Os envelopes coloridos luz em torno de cada linha mostram ao 95% intervalos dignos de crédito para a proporção. Somente as linhagens que conseguem uma proporção calculada de >10% em toda a semana dada são mostradas.

Uma outra substituição da proteína do ponto, P681H, foi aumentada igualmente em amostras da infecção da descoberta.

Outro as mutações enriquecidas não encontradas na proteína do ponto inclui a substituição de P199L no nucleocapsid.

Observação *Important

o medRxiv publica os relatórios científicos preliminares que par-não são revistos e, não devem conseqüentemente ser considerados como conclusivos, guia a prática clínica/comportamento saúde-relacionado, ou tratado como a informação estabelecida.

Journal reference:
Jocelyn Solis-Moreira

Written by

Jocelyn Solis-Moreira

Jocelyn Solis-Moreira graduated with a Bachelor's in Integrative Neuroscience, where she then pursued graduate research looking at the long-term effects of adolescent binge drinking on the brain's neurochemistry in adulthood.

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