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La mutación de N501Y en variante del delta SARS-CoV-2 es dominante a las infecciones de la ruptura

Un estudio en el área de Philadelphia encontró que el coronavirus de la neumonía asiática 2 variantes (SARS-CoV-2) se desarrolla para llegar a ser más contagioso y resistente a las vacunas COVID-19. Además, dependiendo del sublineage, las variantes SARS-CoV-2 tales como la variante del delta llevaron a un riesgo creciente triple para los casos vaccíneos de la ruptura.

Las vacunas COVID-19 siguen siendo altamente efectivas en la prevención de enfermedad, de la hospitalización, y de la muerte severas. Sin embargo, el verano 2021 consideró un pico en los casos COVID-19 en gente vacunada y sin vacunar.

En su análisis de las muestras SARS-CoV-2, los investigadores desarrollaron un nuevo método estadístico, la regresión multinominal logística autorregresiva Bayesian de la media móvil, que puede ser beneficiosa en la evaluación de la evolución de variantes virales múltiples. “Contamos con que estos métodos de modelado sean útiles en vigilar la eficacia de los programas de vacunación que van adelante a medida que las variantes nuevas de SARS-CoV-2 continúan emerger,” concluyeron al equipo de investigación.

El estudio “variantes de SARS-CoV-2 asociadas a ruptura vaccínea en la lima hoya de Delaware con el verano 2021” se asienta al servidor de la prueba preliminar del medRxiv* mientras que aguarda la revisión paritaria.

Estado del pandémico en el área de la lima hoya de Delaware

Varias ondas COVID-19 pasajeras a través de Philadelphia, según lo observado con aumentos en las pruebas positivas COVID-19 y las admisiones de hospital crecientes.

Los cerca de 70% de los residentes de Philadelphia fueron vacunados en septiembre de 2021. Durante la campaña 2021 de la vacunación, las variantes de la alfa y del delta eran las más frecuentes del área.

Los investigadores cerco 2.621 muestras SARS-CoV-2 ordenadas de individuos con la infección COVID-19 de marzo de 2020 a septiembre de 2021. Las muestras también vinieron a partir de 159 pacientes completo vacunados con los casos vaccíneos confirmados de la ruptura.

Incidencia del delta durante el pico en los casos COVID-19

Durante el período del estudio, las variantes múltiples circulaban en el área de la lima hoya de Delaware. El linaje B.1 dominó la región a partir de marzo de 2020 hasta la caída 2020 hasta que fuera usurpado por las variantes B.1.2 y B.1.243.

Para el final del verano 2021, todas las variantes SARS-CoV-2 en la región eran del linaje del delta.

Datos longitudinales del pandémico COVID-19 en la ciudad de Philadelphia. Y-AXIS muestra el régimen diario de la positividad de la prueba (gris claro) como por ciento del valor más alto (positividad 26,57% en 4/13/2020), el régimen de la hospitalización (gris oscuro) como por ciento del valor más alto (87 hospitalizaciones por día en 4/22/2020), el régimen de la vacunación en adultos 18 años y más viejos (negro). El por ciento estimado de muestras de la vigilancia clasificadas como variante (roja) de la alfa (verde) o del delta era estimado de los datos de la serie presentados en este papel. Otros datos son de la ciudad datos de prueba de Philadelphia los “: Programas e iniciativas.”
Datos longitudinales del pandémico COVID-19 en la ciudad de Philadelphia. Y-AXIS muestra el régimen diario de la positividad de la prueba (gris claro) como por ciento del valor más alto (positividad 26,57% en 4/13/2020), el régimen de la hospitalización (gris oscuro) como por ciento del valor más alto (87 hospitalizaciones por día en 4/22/2020), el régimen de la vacunación en adultos 18 años y más viejos (negro). El por ciento estimado de muestras de la vigilancia clasificadas como variante (roja) de la alfa (verde) o del delta era estimado de los datos de la serie presentados en este papel. Otros datos son de la ciudad datos de prueba de Philadelphia los “: Programas e iniciativas.”

Desarrollar un modelo estadístico alternativo cuando está hecho frente con el cambio de deformaciones virales

Varias entregas se presentaron al comparar las muestras SARS-CoV-2 de infecciones de la ruptura con el descanso de la comunidad infectada. Por ejemplo, la circulación de variantes virales cambió en un cierto plazo, con el delta siendo la deformación predominante hacia el final del período del estudio. Por este motivo, cerco las muestras de las infecciones de la ruptura durante el estudio eran irregulares y enfocadas pesado finales de 2021.

Para dirigir estas preocupaciones, los investigadores crearon un análisis Bayesian que combinaba un modelo autorregresivo de la media móvil con la regresión logística multinominal. La incertidumbre explicada modelo y los cambios al azar en semanario viral de la circulación.

“De esta visión, es evidente que varios otros linajes encerados y disminuidos notablemente durante el período de muestreo, incluyendo B.1.1.434 y B.1.526,” escribieron al equipo de investigación.

La mutación de punto de N501Y aumenta el riesgo de casos vaccíneos de la ruptura

La presencia de un linaje del delta, B.1.617.2, dio lugar a un aumento triple en infecciones de la ruptura.

Comparación de los datos virales de la serie del genoma de las muestras de la vigilancia (A, B) clavar las fallas del gen del objetivo (c) y las muestras vaccíneas de la ruptura (d). A) Gráfico de barra empilado longitudinal que representa las variantes SARS-CoV-2 presentes en muestras de la vigilancia de la lima hoya de Delaware, mostrada como la proporción de genomas clasificó como cada linaje variable dentro de cada semana. Los números de genomas muestreados cada semana se muestran arriba el gráfico. Las variantes se colorean según la llave en la parte inferior de la figura. B) Las marcas están lo mismo que en A), pero mostrar las proporciones de variantes estimadas de los datos de la cuenta en A) usando la regresión logística polinomial autorregresiva Bayesian de la media móvil. C) Las marcas como en A), pero mostrar cuentas del pico apuntan muestras de las fallas del gen. D) Marcas como en A), pero mostrar las cuentas de muestras vaccíneas de la ruptura.
Comparación de los datos virales de la serie del genoma de las muestras de la vigilancia (A, B) clavar las fallas del gen del objetivo (c) y las muestras vaccíneas de la ruptura (d). A) Gráfico de barra empilado longitudinal que representa las variantes SARS-CoV-2 presentes en muestras de la vigilancia de la lima hoya de Delaware, mostrada como la proporción de genomas clasificó como cada linaje variable dentro de cada semana. Los números de genomas muestreados cada semana se muestran arriba el gráfico. Las variantes se colorean según la llave en la parte inferior de la figura. B) Las marcas están lo mismo que en A), pero mostrar las proporciones de variantes estimadas de los datos de la cuenta en A) usando la regresión logística polinomial autorregresiva Bayesian de la media móvil. C) Las marcas como en A), pero mostrar cuentas del pico apuntan muestras de las fallas del gen. D) Marcas como en A), pero mostrar las cuentas de muestras vaccíneas de la ruptura.

Un elemento común en las variantes SARS-CoV-2 implicadas en infecciones de la ruptura es la substitución de N501Y. La mutación de N501Y se observa en las variantes de la alfa, beta, y gammas.

La investigación anterior sobre la substitución de N501Y la ha conectado a la afinidad obligatoria creciente de la proteína del pico al receptor ACE2 y al atascamiento disminuido de anticuerpos humanos a la proteína del pico.

Frecuencias de las variantes individuales estimadas usando la regresión logística polinomial autorregresiva Bayesian de la media móvil. El tiempo se muestra a lo largo de x-AXIS y de las proporciones estimadas de la población de la vigilancia a lo largo de y-AXIS. Las barras negras indican las proporciones sin procesar de los datos de la cuenta sombreadas por el número de observaciones observadas en una semana dada (más oscura indicando más muestras) mientras que las líneas coloreadas indican la proporción estimada por el modelo Bayesian. Los envolventes de color claro alrededor de cada línea muestran a 95% los intervalos creíbles para la proporción. Solamente los linajes que logran una proporción estimada del >10% de cualquier semana dada se muestran.
Frecuencias de las variantes individuales estimadas usando la regresión logística polinomial autorregresiva Bayesian de la media móvil. El tiempo se muestra a lo largo de x-AXIS y de las proporciones estimadas de la población de la vigilancia a lo largo de y-AXIS. Las barras negras indican las proporciones sin procesar de los datos de la cuenta sombreadas por el número de observaciones observadas en una semana dada (más oscura indicando más muestras) mientras que las líneas coloreadas indican la proporción estimada por el modelo Bayesian. Los envolventes de color claro alrededor de cada línea muestran a 95% los intervalos creíbles para la proporción. Solamente los linajes que logran una proporción estimada del >10% de cualquier semana dada se muestran.

Otra substitución de la proteína del pico, P681H, también fue aumentada de muestras de la infección de la ruptura.

Otro las mutaciones enriquecidas no encontradas en la proteína del pico incluye la substitución de P199L en el nucleocapsid.

Advertencia *Important

el medRxiv publica los partes científicos preliminares que par-no se revisan y, por lo tanto, no se deben mirar como concluyentes, conduce práctica clínica/comportamiento relativo a la salud, o tratado como información establecida.

Journal reference:
Jocelyn Solis-Moreira

Written by

Jocelyn Solis-Moreira

Jocelyn Solis-Moreira graduated with a Bachelor's in Integrative Neuroscience, where she then pursued graduate research looking at the long-term effects of adolescent binge drinking on the brain's neurochemistry in adulthood.

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