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Caso curioso della variante di delta SARS-CoV-2 in un cane

Alla fine del 2019, un coronavirus novello di sindrome respiratorio acuto severo (SARS-CoV-2) è emerso a Wuhan, Cina ed ha quello fin qui da allora diventato delle pandemie il più economicamente impactful. Mentre il mondo è entrato in lockdown, la ricerca della genetica molecolare ha reso familiare il pubblico con differenti mutazioni subite dal (SARS-CoV-2).

Studio: Genoma Quasi-Completo SARS-CoV-2 della variante di delta (AY.3) identificata in un cane in Kansas, U.S.A. Credito di immagine: Pyrstai/Shutterstock.com

Sfondo

La presenza di queste mutazioni piombo ad alcune di loro che sono contrassegnate varianti di interesse (VOI), come il Eta (B.1.525), lo iota (B.1.526) e le kappe (B.1.617.1), secondo i fattori precedenti. Comparativamente, alcuni sforzi con le mutazioni più serie sono stati contrassegnati come varianti di preoccupazione (VOC) come le varianti beta dell'alfa (B.1.1.7/Q), (B.1.351.1, 2,3), di delta (B.1.617.2/AY) e di gamma (P.1.). Catturate insieme, tutte queste varianti sono state classificate in base all'ordinamento genomica, specificamente relativo alle sequenze codificante nella proteina della punta (s) all'interno del genoma SARS-CoV-2.

Malgrado lo srotolamento corrente dei vaccini globalmente, SARS-CoV-2 VOCs continuano ad essere caratterizzati da transmissibility aumentato, da risultati più severi di malattia, da riduzione della neutralizzazione in persone vaccinate, o da errori nella rilevazione diagnostica.

Fin qui, la teoria della trasmissione zoonotica era popolare; tuttavia, la possibilità della situazione inversa in cui la trasmissione dagli esseri umani agli animali si è presentata non è stata comune. Le indagini sui bacini idrici animali potenziali di SARS-CoV-2, facendo uso del virus originale dalla Cina, hanno indicato che i caponi ed i furetti erano ammissibili al virus, mentre i cani, i maiali, i polli e le anatre erano considerevolmente meno suscettibili dell'infezione.

Tuttavia, gli studi sulla variante di delta hanno indicato gli alti livelli di acido ribonucleico (RNA) e di spargimento virale dai criceti e dai leoni asiatici che producono delicato per moderare i segni clinici. Ha stato rapporti isolati della variante di delta che è isolata dai cani pure; tuttavia, c'è una mancanza di ordinamento dei dati dal virus in host canini.

In uno studio recente, i ricercatori documentano la rilevazione e l'ordinamento di un virus AY.3 dalle collie di 12 anni che vivono con un proprietario di SARS-CoV-2-infected. L'animale è stato ammesso al centro sanitario veterinario dello stato di Kansas (KSU VHC) per i sintomi indipendenti ed ha verificato il positivo a SARS-CoV-2 da reazione a catena della polimerasi della inverso-trascrizione (RT-PCR) un'post-ammissione dei due giorni.

Circa lo studio

Lle collie maschii di 12 anni sono state ammesse a KSU VHC per il viaggio seguente sprofondante. Il cane è stato diagnosticato con un hemo-addome secondario alla massa splenica di spurgo osservata su una valutazione addominale-messa a fuoco con l'ecografia per la scansione ed il abdominocentesis (VELOCI) di trauma.

Le radiografie toraciche hanno mostrato un reticolo polmonare alveolare multilobar con uno spostamento mediastinico. Le diagnosi di differenziale per polmonite multilobar, atelectasia, o l'emorragia polmonare multifocale sono state condotte.

Una splenectomia è stata eseguita il giorno che segue l'ammissione, mentre i noduli epatici multifocali e un × 5 la massa da 4 (cm) centimetri sul lobo mediale sinistro del fegato sono stati notati durante la chirurgia. Oximetry polmonare eseguito dopo che l'ambulatorio era fra 88% e 90%, indicando aspersione difficile; quindi il cane è stato alloggiato durante la notte in una gabbia dell'ossigeno. Le radiografie toraciche hanno mostrato i cambiamenti polmonari coerenti con polmonite progressiva di aspirazione e bronchiettasia cilindrica delicata.

Il cane è stato rilasciato i 5 giorni dopo l'ammissione senza il requisito di ossigeno supplementare. Il cane è morto i due giorni dopo scarico. Nessun'autopsia o prova dipendente è stata eseguita. Il proprietario aveva verificato il positivo a SARS-CoV-2 prima dell'ammissione del cane.

Il campione nasale del tampone raccolto dall'ammissione seguente del cane al KSU VHC è stato provato e confermato SARS-CoV-2-positive con un Ct dei 12,17 due giorni dopo l'ammissione. L'acido nucleico positivo è stato preparato per il intero-genoma che ordina subito dopo della conferma qRT-PCR.

Complessivamente 1.458.751 leggono sono stati mappati al genoma di riferimento. La sequenza del intero-genoma ottenuta dal campione del cane ha avuta parecchi cambiamenti precedentemente non identificati e unici del livello di consenso in un genoma SARS-CoV-2 che potrebbe svolgere un ruolo nell'adattamento rapido dagli esseri umani ai cani.

Una sequenza codificante completa SARS-CoV-2 e 5 un ′ parziale e 3 ′ UTRs sono stati estratti dai dati d'ordinamento profondi. Il genoma era 29.884 nucleotidi di lunghezza con un contenuto di GASCROMATOGRAFIA di 38,0% e codifica 12 fotogrammi di lettura aperti delle dimensioni previste. Il genoma era 99,96% identici al genoma più vicino seguente (un campione interno, hCoV-19/USA/KS-KSU-2046/2021, GISAID# EPI_ISL_3693315) uguagliante a 8 differenze del nucleotide. Di queste differenze del nucleotide (4 in ORF1; 2 nella S; 1 nella m.; 1 da N), tre cambiamenti (NS) nonsynonymous (1 in ORF1; 1 nella S; 1 da N) era novello alle varianti di delta SARS-CoV-2 ordinate finora.

Ancora, 5/7 delle varianti di subconsensus identificate all'interno della sequenza codificante della punta nella sequenza del cane egualmente è stato identificato nel caso umano di riferimento interno più vicino. Catturata insieme, l'intera sequenza del genoma come pure le analisi variabili di subconsensus e filogenetiche, hanno indicato il virus che infetta l'animale provenuto da un cluster locale di scoppio.

La causa della morte esatta non era necessariamente COVID-19, poichè il cane ha avuto un sistema immunitario compromesso connesso con le masse epatiche e spleniche, oltre ad alcuni dei sintomi classici COVID-19 come polmonite, bronchiettasia e mancanza di ossigenazione. L'alto caricamento del RNA nel tampone nasale ha suggerito che il cane potesse spargere il virus, causante un rischio di infezione alle persone suscettibili nei dintorni.

Implicazione

Lo studio corrente indica che c'era una probabilità equa del virus che è trasmesso dal host all'animale, sebbene le ragioni esatte per la morte rimangano discutibili. Le sequenze novelle trovate nel canino sottolineano l'importanza degli animali domestici della selezione affinchè COVID-19 diminuiscano i velociti di trasmissione nella comunità circostante. Queste sequenze potrebbero molto bene essere cavi nell'identificazione più varianti e dei loro ruoli nelle specie differenti che infettano.

Journal reference:
Sreetama Dutt

Written by

Sreetama Dutt

Sreetama Dutt has completed her B.Tech. in Biotechnology from SRM University in Chennai, India and holds an M.Sc. in Medical Microbiology from the University of Manchester, UK. Initially decided upon building her career in laboratory-based research, medical writing and communications happened to catch her when she least expected it. Of course, nothing is a coincidence.

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