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Caso curioso da variação do delta SARS-CoV-2 em um cão

Ao fim de 2019, um coronavirus novo da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2) emergiu em Wuhan, China, e tem até agora desde tornado das pandemias o mais economicamente impactful. Enquanto o mundo entrou no lockdown, a pesquisa da genética molecular familiarizou o público com as mutações diferentes submetidas pelo (SARS-CoV-2).

Estudo: Genoma Próximo-Completo da variação do delta SARS-CoV-2 (AY.3) identificada em um cão em Kansas, EUA. Crédito de imagem: Pyrstai/Shutterstock.com

Fundo

A presença destas mutações conduzidas a alguma deles que estão sendo etiquetadas variações do interesse (VOI), como o Eta (B.1.525), Iota (B.1.526), e Kappa (B.1.617.1), segundo factores precedentes. Comparativamente, algumas tensões com mutações mais sérias foram etiquetadas como variações do interesse (VOC) como beta do alfa (B.1.1.7/Q), as variações (B.1.351.1, 2,3), de delta (B.1.617.2/AY), e de gama (P.1.). Tomados junto, todas estas variações foram classificadas com base em arranjar em seqüência genomic, relativo especificamente às regiões da codificação na proteína do ponto (s) dentro do genoma SARS-CoV-2.

Apesar do desenrolamento actual das vacinas global, SARS-CoV-2 VOCs continuam a ser caracterizados pelo transmissibility aumentado, por uns resultados mais severos da doença, por uma redução na neutralização em indivíduos vacinados, ou por umas falhas na detecção diagnóstica.

Até agora, a teoria da transmissão zoonotic era popular; contudo, a possibilidade da situação reversa em que a transmissão dos seres humanos aos animais ocorreu não foi comum. As investigações em reservatórios animais potenciais de SARS-CoV-2, usando o vírus original de China, indicaram que os gatos e as doninhas eram permissíveis ao vírus, quando os cães, os porcos, as galinhas, e os pactos eram consideravelmente menos suscetíveis à infecção.

Contudo, os estudos na variação do delta mostraram níveis elevados de ácido ribonucléico (RNA) e de derramamento viral dos hamster e dos leões asiáticos que produzem suave para moderar sinais clínicos. Tem estado uns relatórios isolados da variação do delta que está sendo isolada dos cães também; contudo, há uma falta de arranjar em seqüência dados do vírus em anfitriões caninos.

Em um estudo recente, os pesquisadores documentam a detecção e arranjar em seqüência de um vírus AY.3 de uma collie dos anos de idade 12 que vive com um proprietário de SARS-CoV-2-infected. O animal foi admitido ao centro de saúde veterinário do estado de Kansas (KSU VHC) para sintomas não relacionados e testou o positivo para SARS-CoV-2 pela reacção em cadeia da polimerase da reverso-transcrição (RT-PCR) uma cargo-admissão de dois dias.

Sobre o estudo

Uma collie masculina dos anos de idade 12 foi admitida a KSU VHC para o curso de seguimento de desmoronamento. O cão foi diagnosticado com um hemo-abdômen secundário a uma massa splenic do sangramento vista em uma avaliação abdominal-focalizada com a ecografia para a varredura e o abdominocentesis (RÁPIDOS) do traumatismo.

As radiografias torácicas mostraram um teste padrão pulmonar alveolar multilobar com uma SHIFT mediastinal. Os diagnósticos do diferencial para a pneumonia multilobar, a atelectasia, ou a hemorragia pulmonaa multifocal foram conduzidos.

Um splenectomy foi executado o dia que segue a admissão, quando os nódulos hepáticas multifocal e um × 5 massa de 4 (cm) centímetros no lóbulo central esquerdo do fígado foram notados durante a cirurgia. Oximetry pulmonar executado depois que a cirurgia estava entre 88% e 90%, indicando a perfusão deficiente; conseqüentemente o cão foi abrigado em uma gaiola do oxigênio durante a noite. As radiografias torácicas mostraram as mudanças pulmonaas consistentes com a pneumonia progressiva da aspiração e a bronquectasia cilíndrica suave.

O cão foi liberado 5 dias após a admissão sem a exigência para o oxigênio suplementar. O cão morreu dois dias após a descarga. Nenhum exame post-mortem ou teste subordinado foram executados. O proprietário tinha testado o positivo para SARS-CoV-2 antes da admissão do cão.

A amostra nasal do cotonete recolhida da admissão de seguimento do cão ao KSU VHC foi testada e confirmou SARS-CoV-2-positive com um Ct de 12,17 dois dias após a admissão. O ácido nucleico positivo foi preparado para o inteiro-genoma que arranja em seqüência imediatamente depois da confirmação qRT-PCR.

Um total de 1.458.751 lê foi traçado ao genoma da referência. A seqüência do inteiro-genoma obtida da amostra do cão teve diversas mudanças previamente não identificadas, originais do nível do consenso em um genoma SARS-CoV-2 que pudesse ter jogado um papel na adaptação rápida dos seres humanos aos cães.

Uma região completa da codificação SARS-CoV-2 e 5 um ′ parcial e 3 o ′ UTRs foram extraídos dos dados arranjando em seqüência profundos. O genoma era 29.884 nucleotides de comprimento com um índice do GC de 38,0% e codifica 12 quadros de leitura abertos dos tamanhos previstos. O genoma era 99,96% idênticos ao genoma o mais próximo seguinte (uma amostra da em-casa, hCoV-19/USA/KS-KSU-2046/2021, GISAID# EPI_ISL_3693315) igualando a 8 diferenças do nucleotide. Destas diferenças do nucleotide (4 em ORF1; 2 em S; 1 em M; 1 em N), três mudanças (NS) nonsynonymous (1 em ORF1; 1 em S; 1 em N) era novo às variações do delta SARS-CoV-2 arranjadas em seqüência até aqui.

Além disso, 5/7 das variações do subconsensus identificadas dentro da região da codificação do ponto na seqüência do cão foram identificadas igualmente no exemplo humano da referência da em-casa a mais próxima. Tomada junto, a seqüência inteira do genoma, assim como as análises variantes filogenéticas e do subconsensus, indicaram o vírus que contamina o animal originado de um conjunto local da manifestação.

A causa de morte exacta não era necessariamente COVID-19, porque o cão teve um sistema imunitário comprometido associado com as massas hepáticas e splenic, independentemente de alguns dos sintomas COVID-19 clássicos como a pneumonia, a bronquectasia, e a falta do oxigenação. A carga alta do RNA no cotonete nasal sugeriu que o cão pudesse ter derramado o vírus, causando um risco de infecção aos indivíduos suscetíveis nos arredores.

Implicação

O estudo actual indica que havia uma possibilidade justa do vírus que está sendo transmitido do anfitrião ao animal, embora as razões exactas para a morte permanecem discutíveis. As seqüências novas encontradas no canino sublinham a importância de animais de estimação da selecção para que COVID-19 reduza taxas de transmissão na comunidade circunvizinha. Estas seqüências poderiam muito jorrar sejam chumbos em identificar mais variações e seus papéis na espécie diferente que contaminam.

Journal reference:
Sreetama Dutt

Written by

Sreetama Dutt

Sreetama Dutt has completed her B.Tech. in Biotechnology from SRM University in Chennai, India and holds an M.Sc. in Medical Microbiology from the University of Manchester, UK. Initially decided upon building her career in laboratory-based research, medical writing and communications happened to catch her when she least expected it. Of course, nothing is a coincidence.

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