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La plate-forme neuve de réalité virtuelle pourrait révolutionner la voie la caractéristique qu'unicellulaire d'omics s'analyse

La Science a la technologie pour mesurer l'activité de chaque gène dans une cellule individuelle unique, et juste une expérience peut produire des milliers de valeur de cellules de caractéristiques. Les chercheurs à l'université de Lund en Suède ont maintenant révolutionné la voie que cette caractéristique s'analyse - à l'aide de la technologie du jeu vidéo 3D. L'étude est publiée dans l'iScience de tourillon.

Les techniques avancées dans l'ordonnancement d'ADN et d'ARN ont ouvert la possibilité d'étudier différentes cellules en tissu d'une voie plus complète que n'était précédemment possible. Le défi important avec ces techniques de ordonnancement est qu'elles mènent à un grand nombre de caractéristiques.

Quand vous voulez discerner des cellules cancéreuses des cellules normales, par exemple, vous devez examiner des milliers de cellules pour obtenir une compréhension correcte, qui traduit en énormes quantités de caractéristiques numériques. »

Shamit Soneji, chercheur en bio-informatique, université de Lund

Pour rendre cette caractéristique compréhensible, chaque cellule est mathématiquement positionnée dans l'espace en trois dimensions pour former un « calendrier de lancement » des cellules, et comment elles associent entre eux. Cependant, il peut être difficiles diriger ces plans utilisant un ordinateur de bureau régulier.

« Pouvoir marcher autour de vos propres caractéristiques et le manipuler intuitivement et lui donne efficacement une compréhension neuve entière. J'irais réellement autant que pour indiquer qu'on pense différemment dans VR, grâce à la capacité de la technique de concerner votre fuselage dans le procédé d'analyse », explique Mattias Wallergård. chercheur dans le modèle et la réalité virtuelle d'interaction à l'université de Lund.

L'équipe d'université de Lund ont développé le logiciel CellexalVR ; un environnement de réalité virtuelle qui permet à des chercheurs d'utiliser les outils intuitifs pour explorer toutes leurs caractéristiques dans une place. les plans 3D des cellules qui ont été prévues à partir de l'activité de gène et l'autre information saisie de différentes cellules peut être manifesté, et le chercheur peuvent clairement voir quels gènes sont en activité quand certains types de cellules sont formés.

Utilisant un écouteur de VR, l'usager a un univers complet des populations cellulaires devant elles, et peut plus exactement déterminer comment les cellules rapportent à une un un autre. Utilisant deux Contrôleurs de main, elles peuvent sélecter des cellules d'intérêt pour l'analyse approfondie avec des gestes de main simples comme si elles étaient les objectifs matériels.

Puisque l'espace n'est pas une édition, il est possible d'avoir plusieurs plans cellulaires dans la même « salle » et de les comparer côte à côte, quelque chose qui est difficile sur un écran d'ordinateur traditionnel. Les chercheurs peuvent également se réunir en ce monde de VR pour analyser des caractéristiques ensemble, en dépit d'être dans différentes places géographiquement.

« Même si vous n'êtes pas au courant de la programmation, ce type d'analyse est ouvert à chacun. Un monde virtuel est un domaine de recherche se développant rapide qui a l'énorme potentiel pour les scientifiques qui doivent atteindre et des grand-caractéristiques de processus d'une voie plus interactive et plus de collaboration », conclut Shamit Soneji.

Source:
Journal reference:

Legetth, O., et al. (2021) CellexalVR: A virtual reality platform to visualize and analyze single-cell omics data. iScience. doi.org/10.1016/j.isci.2021.103251.