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La nuova piattaforma di realtà virtuale potrebbe rivoluzionare il modo che i dati unicellulari di omics sono analizzati

La scienza ha la tecnologia per misurare l'attività di ogni gene all'interno di singola cella determinata ed appena un esperimento può generare migliaia di valore delle cellule dei dati. I ricercatori all'università di Lund in Svezia ora hanno rivoluzionato il modo che questi dati sono analizzati - usando la video tecnologia di gioco 3D. Lo studio è pubblicato nel iScience del giornale.

Le tecniche avanzate nell'ordinamento del RNA e del DNA hanno aperto la possibilità di studio delle celle diverse in tessuto in un modo più completo precedentemente possibile. La sfida importante con queste tecniche d'ordinamento è che piombo a un gran numero di dati.

Quando volete distinguere le cellule tumorali dalle celle normali, per esempio, dovete esaminare migliaia di celle per ottenere una comprensione adeguata, che traduce in importi enormi dei dati numerici.„

Shamit Soneji, ricercatore nella biologia di calcolo, università di Lund

Per rendere questi dati comprensibili, ogni cella è posizionata matematicamente nello spazio tridimensionale per formare “una carta stradale„ delle celle e come si riferiscono l'un l'altro. Tuttavia, queste mappe possono essere difficili da traversare facendo uso di un desktop computer regolare.

“Potere camminare intorno ai vostri propri dati e manipolarlo intuitivo ed efficientemente gli dà un'intera nuova comprensione. Realmente andrei per quanto per dire che si pensa diversamente in VR, grazie alla capacità della tecnica di comprendere il vostro organismo nel trattamento dell'analisi„, spiega Mattias Wallergård. ricercatore nella progettazione e nella realtà virtuale di interazione all'università di Lund.

Il gruppo dell'università di Lund ha sviluppato il software CellexalVR; un ambiente di realtà virtuale che permette ai ricercatori di utilizzare gli strumenti intuitivi per esplorare tutti i loro dati in un posto. le mappe 3D delle celle che sono state calcolate da attività di gene ed altre informazioni catturate dalle diverse celle può essere video ed il ricercatore possono vedere chiaramente quali geni sono attivi quando determinati tipi delle cellule sono formati.

Facendo uso di una cuffia avricolare di VR, l'utente ha un universo completo delle popolazioni delle cellule davanti loro e può determinare più esattamente come le celle riferiscono ad una un altro. Facendo uso di due regolatori manuali, possono selezionare le celle di interesse per ulteriore analisi con i gesti di mano semplici come se siano state oggetti fisici.

Poiché lo spazio non è un'emissione, è possibile avere parecchie mappe cellulari nella stessa “stanza„ e confrontarle parallelamente, qualcosa che sia difficile su uno schermo di computer tradizionale. I ricercatori possono anche incontrarsi in questo mondo di VR per analizzare insieme i dati, malgrado essere nei posti differenti geograficamente.

“Anche se non avete una conoscenza di con programmazione, questo tipo di analisi è aperto ad ognuno. Un mondo virtuale è un campo di ricerca di sviluppo veloce che ha potenziale enorme per gli scienziati che devono accedere ed elaborare ai grande dati in un modo più interattivo e più di collaborazione„, conclude Shamit Soneji.

Source:
Journal reference:

Legetth, O., et al. (2021) CellexalVR: A virtual reality platform to visualize and analyze single-cell omics data. iScience. doi.org/10.1016/j.isci.2021.103251.