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A plataforma nova da realidade virtual poderia revolucionar a maneira os dados do omics que da único-pilha são analisados

A ciência tem a tecnologia para medir a actividade de cada gene dentro de uma única pilha individual, e apenas uma experiência pode gerar milhares de valor das pilhas dos dados. Os pesquisadores na universidade de Lund na Suécia têm revolucionado agora a maneira que estes dados são analisados - usando a tecnologia video do jogo 3D. O estudo é publicado no iScience do jornal.

As técnicas avançadas em arranjar em seqüência do ADN e do RNA abriram a possibilidade de estudar pilhas individuais no tecido em uma maneira mais detalhada do que era previamente possível. O grande desafio com estas técnicas arranjando em seqüência é que conduzem às grandes quantidades de dados.

Quando você quer distinguir células cancerosas das pilhas normais, por exemplo, você precisa de examinar milhares de pilhas para obter uma compreensão apropriada, que traduza em quantidades enormes de dados numéricos.”

Shamit Soneji, pesquisador na biologia computacional, universidade de Lund

Para fazer estes dados compreensíveis, cada pilha é posicionada matematicamente no espaço tridimensional para formar um “mapa rodoviário” das pilhas, e como se relacionam entre si. Contudo, estes mapas podem ser difíceis de navegar usando um computador de secretária regular.

“Poder andar em torno de seus próprios dados e manipulá-lo intuitiva e dá-lhe eficientemente uma compreensão nova inteira. Eu iria realmente tanto quanto para dizer que se pensa diferentemente em VR, os agradecimentos à capacidade da técnica para envolver seu corpo no processo da análise”, explicam Mattias Wallergård. pesquisador no projecto da interacção e na realidade virtual na universidade de Lund.

A equipe da universidade de Lund desenvolveu o software CellexalVR; um ambiente da realidade virtual que permita pesquisadores de usar ferramentas intuitivas para explorar todos seus dados em um lugar. os mapas 3D das pilhas que foram calculadas da actividade de gene e a outra informação capturada das pilhas individuais pode ser indicado, e o pesquisador podem claramente ver que genes são activos quando determinados tipos da pilha são formados.

Usando uns auriculares de VR, o usuário tem um universo completo de populações da pilha na frente delas, e pode mais exactamente determinar como as pilhas se relacionam a uma outra. Usando dois controladores da mão, podem seleccionar pilhas do interesse para a análise mais aprofundada com gestos de mão simples como se eram objetos físicos.

Desde que o espaço não é uma edição, é possível ter diversos mapas celulares na mesma “sala” e compará-los de lado a lado, algo que é difícil em um ecrã de computador tradicional. Os pesquisadores podem igualmente encontrar-se neste mundo de VR para analisar junto dados, apesar de estar em lugares diferentes geogràfica.

“Mesmo se você não é familiar com a programação informática, este tipo de análise está aberto a todos. Um mundo virtual é uma área de pesquisa tornando-se rápida que tem o potencial enorme para os cientistas que precisam de alcançar e grande-dados do processo em uma maneira mais interactiva e mais colaboradora”, conclui Shamit Soneji.

Source:
Journal reference:

Legetth, O., et al. (2021) CellexalVR: A virtual reality platform to visualize and analyze single-cell omics data. iScience. doi.org/10.1016/j.isci.2021.103251.