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La nueva plataforma de la realidad virtual podría revolucionar la manera que se analizan los datos unicelulares del omics

La ciencia tiene la tecnología para medir la actividad de cada gen dentro de una única célula individual, y apenas un experimento puede generar millares de valor de las células de datos. Los investigadores en la universidad de Lund en Suecia ahora han revolucionado la manera que estos datos se analizan - usando la tecnología video del juego 3D. El estudio se publica en el iScience del gorrón.

Las técnicas avanzadas en la secuencia de la DNA y del ARN han abierto la posibilidad de estudiar las células individuales en tejido de una manera más completa que previamente posible. El gran reto con estas técnicas de secuencia es que llevan a una gran cantidad de datos.

Cuando usted quiere distinguir a las células cancerosas de las células normales, por ejemplo, usted necesita examinar millares de células para conseguir una comprensión apropiada, que traduce a cantidades enormes de datos numéricos.”

Shamit Soneji, investigador en biología de cómputo, universidad de Lund

Para hacer estos datos comprensibles, cada célula se coloca matemáticamente en espacio tridimensional para formar un “mapa itinerario” de las células, y cómo se relacionan el uno al otro. Sin embargo, estos mapas pueden ser difíciles de navegar usando una computadora de escritorio regular.

“Poder recorrer alrededor de sus propios datos y manipularla intuitivo y eficientemente le da una nueva comprensión entera. Iría real en cuanto para decir que uno piensa diferentemente en VR, los gracias a la capacidad de la técnica de implicar su carrocería en el proceso del análisis”, explican a Matías Wallergård. investigador en diseño de la acción recíproca y realidad virtual en la universidad de Lund.

Las personas de la universidad de Lund han desarrollado el software CellexalVR; un ambiente de la realidad virtual que permite a investigadores utilizar las herramientas intuitivas para explorar todos sus datos en un lugar. los mapas 3D de las células que se han calculado de actividad de gen y la otra información capturada de las células individuales puede ser visualizado, y el investigador pueden ver sin obstrucción qué genes son activos cuando se forman ciertos tipos de la célula.

Usando audífonos de VR, el utilizador tiene un universo completo de las poblaciones de la célula delante de ellas, y puede determinar más exacto cómo las células se relacionan con otra. Usando dos controladores aéreos de la mano, pueden seleccionar las células del interés para el análisis adicional con gestos de mano simples como si fueran objetos físicos.

Puesto que el espacio no es una entrega, es posible tener varios mapas celulares en el mismo “cuarto” y compararlos de lado a lado, algo que es difícil en una pantalla de ordenador tradicional. Los investigadores pueden también encontrarse en este mundo de VR para analizar datos juntos, a pesar de estar en diversos lugares geográficamente.

“Incluso si usted no es familiar con programación informática, este tipo de análisis está abierto todo el mundo. Un mundo virtual es un campo que se convierte de investigación rápido que tenga potencial enorme para los científicos que necesitan llegar hasta y los grande-datos de proceso de una manera más interactiva y más colaborativa”, concluya Shamit Soneji.

Source:
Journal reference:

Legetth, O., et al. (2021) CellexalVR: A virtual reality platform to visualize and analyze single-cell omics data. iScience. doi.org/10.1016/j.isci.2021.103251.