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Sites variables de mutation de la triangle SARS-CoV-2

Depuis l'émergence du coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère, elle a subi plusieurs mutations provoquant différentes variantes du virus. Le courant et la plupart de variante notoire parmi elles est la variante de triangle. Elle est comparée plus contagieux et plus infectieux aux variantes précédentes de SARS-CoV-2. Par conséquent, la variante de triangle a été classifiée en tant qu'une des variantes de la préoccupation par l'Organisation Mondiale de la Santé (WHO) et le centres pour le contrôle et la prévention des maladies des Etats-Unis (US-CDC).

Étude : Variante de la triangle SARS-CoV-2 (B.1.617.2) : Une seule mutation de T478K dans le motif obligatoire de récepteur du gène de pointe. Crédit dÉtude : Variante de la triangle SARS-CoV-2 (B.1.617.2) : Une seule mutation de T478K dans le motif obligatoire de récepteur (RBM) du gène de pointe. Crédit d'image : Studio Shutterstock de MIA

Les vaccins contre la maladie 2019 (COVID-19) de coronavirus ont commencé à être mondiaux distribué en janvier 2021 pour limiter la pandémie.

Actuel, il y a quatre types importants du vaccin : virus SARS-CoV-2 entier, adénovirus, ARNm, et protéine recombinée de sous-unité. La plupart de ces vaccins sont basées sur la protéine de la pointe (s) présentée sur l'enveloppe virale excepté le vaccin SARS-CoV-2 viral. La protéine de S comporte 16 sous-domaines, dont hors le domaine récepteur-grippant (RBD) est le plus important car il agit l'un sur l'autre avec de l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) de l'hôte.

Avec des vaccins, des anticorps de neutralisation indépendants (ABS) ont été également développés pour soigner les patients COVID-19. Le mode de l'action de chacun des quatre vaccins est différent. Toujours, tous produisent des ABS de neutralisation pour protéger une personne contre l'infection SARS-CoV-2 et pour éviter l'écart du virus.

Un article synoptique neuf publié dans le réseau immunisé a disséqué les sites de la mutation dans le RBD de la triangle variable et d'autres variantes de préoccupation et de variantes d'alerte et d'intérêt. Ceci recenserait les sites critiques de mutation dans les variantes et aiderait à analyser la crise actuelle de la pandémie.

Variante de l'alpha SARS-CoV-2

L'alpha variante de SARS-CoV-2 était initialement rapportée au Royaume-Uni (UK).  Cette variante s'est avérée pour entraîner à 50 pour cent de pouvoir infectant, hospitalisation, et fatalité de plus que la tension originelle. L'alpha variante a 13 mutations dans le gène de S, hors duquel trois sont E484K, S494P, et N501Y dans le RBD, alors que le reste sont dans le domaine fonctionellement non caractérisé.

Variante des bêta SARS-CoV-2

La bêta variante était d'abord rapportée d'Afrique du Sud. On l'a avéré avoir dix mutations dans le gène de S. Cinq de ces mutations étaient présents à L241del, L242del, et A243del du domaine de N-terminal (NTD) de S et E484K, K417N, et N501Y du RBD. Toutes les neuf mutations de la bêta variante sont situées sur la région S1 et le C-terminal S2 de la protéine de pointe.

Variante du gamma SARS-CoV-2

La variante gamma était d'abord rapportée au Brésil et au Japon. Elle a un total de 11 mutations dans le gène de S. La plupart des mutations sont situées dans la région S1 excepté T1027I, situé dans la région S2. Trois mutations dans RBD, K417T, E484K, et N501Y sont presque identiques à la bêta variante excepté K417, où T est substitué par le N. La variante gamma est différente des variantes d'alpha et de bêta puisqu'elle n'a aucune omission dans le domaine de NTD.

Variante de la triangle SARS-CoV-2

La variante de la triangle SARS-CoV-2 était d'abord rapportée en Inde, suivant que c'est devenu la variante la plus répandue dans les pays européens. Kappa de deux d'autres variantes et B.1.617.3, étaient rapportés en Inde pendant le même temps et sont les variantes les plus proches à la triangle.

Trois sites courants de mutation, L452R, D614G, et P681R, sont partagés entre la variante de triangle et le Kappa et la variante B.1.617.3. Cependant, la variante de D614G a été rapportée dans chacune des quatre variantes de préoccupation et chacune des six variantes d'intérêt et d'alerte.

Le P681 est substitué par H au lieu de R dans le comparé variable de triangle à l'alpha variante. Le site de mutation de L452R a été également trouvé dans des variantes du ε SARS-CoV-2 et du ι des USA. Cependant, trois sites de mutation qui étaient seuls à la triangle étaient E156del, R158G, et T478K.

Variantes SARS-CoV-2 d'intérêt et d'alerte

Six variantes SARS-CoV-2 d'intérêt et d'alerte étaient rapportées avec les quatre variantes des concerts. Ces variantes étaient ε, ζ, η, ι, κ, et B.1.617.3. Le ε SARS-CoV-2 et le ζ ont seulement quatre sites de mutation, qui est le moins nombre de mutations rapportées dans des variantes l'unes des. En outre, la variante de ζ a les sites E484K et D614G de mutation de terrain communal. La mutation de D614G est présente dans toutes les variantes, alors que la mutation d'E484K est trouvée dans huit des variantes.

La variante du η SARS-CoV-2 (B.1.525) du R-U et du Nigéria se compose de huit sites de mutation hors dont trois sites, H69del, V70del, et Y144del, sont repérés dans NTD de la région S1. La variante de η a deux sites courants de mutation, E484K et D614G, et trois seuls sites, A67V, Q677H, et F888L. La variante du ι (B.1.526) de New York se compose de 14 sites de mutation. Cette variante s'est avérée pour avoir des mutations mélangées dans neuf sites de mutation qui sont trouvés parmi plusieurs variantes, alors que cinq sites de mutation étaient seuls, L5F, D253G, S477N, T859N, et Q957R.

Le κ SARS-CoV-2 (B.1.617.1) et les variantes B.1.617.3 sont très assimilés à la variante de triangle. Ces trois variantes partagent cinq sites de mutation, T19R, G142D, L452R, D614G, et P681R. La mutation de D950N est courante entre la triangle et le B.1.617.3, alors que Q1071H est seul à la variante de κ. Le site de mutation d'E484Q du κ et les variantes B.1.617.3 sont également trouvés dans les autres variantes mais avec le remplacement de K au lieu du Q.

Susceptibilité des variantes SARS-CoV-2 à la demande de règlement monoclonale d'ab

Food and Drug Administration (FDA) a affirmé une FDA d'autorisation d'utilisation (EUA) de secours pour l'usage de secours de l'ABS monoclonal inapprouvé contre SARS-CoV-2. Actuel, il y a trois ABS monoclonaux procurables pour la demande de règlement de COVID-19, le bamlanivimab plus l'etesevimab, le sotrovimab, et le casirivimab plus l'imdevimab.

L'efficacité du premier vaccin et de la demande de règlement de neutraliser l'ab a été vérifiée l'alpha et bêta variante de SARS-CoV-2. On l'a constaté que le vaccin a eu des actions protectrices avec le vecteur d'adénovirus et le vaccin d'ARNm, bien qu'il y ait une certaine évasion de ces variantes. L'alpha variante, cependant, a montré peu ou pas de susceptibilité à l'ABS monoclonal. En revanche, les bêta, le gamma, et les variantes de ι ont révélé une diminution de susceptibilité quand la combinaison du bamlanivimab et de l'etesevimab a été employée.

La triangle, le κ, B.1.617.3, ainsi que la variante de η, a révélé une diminution de neutralisation sur l'utilisation de l'ABS monoclonal. Par conséquent, la distribution du bamlanivimab et de l'etesevimab a été faite une pause par le bureau du secrétaire adjoint pour l'état de préparation et la réaction à partir du 25 juin 2021.

Cependant, les caractéristiques actuelles ont indiqué que la plupart des lignées variables de triangle étaient sensibles au bamlanivimab et à l'etesevimab. Ainsi, basé sur ces caractéristiques, elles ont de nouveau gagné l'autorisation d'être employé à partir du 15 septembre 2021.

Choc de variante de triangle en travers du globe

L'écart de la pandémie COVID-19 peut être arrêté en comprenant les caractéristiques de chacune des variantes SARS-CoV-2. Les chercheurs concentrés sur le gène de S puisqu'il code la protéine de pointe qui agit l'un sur l'autre avec le récepteur ACE-2 de l'hôte et introduit l'entrée du virus à l'intérieur de la cellule hôte. Tous les vaccins et ABS de neutralisation sont visés vers la protéine de S et une certaine demande de règlement pour bloquer la réplication du virus à l'intérieur de la cellule hôte.

La variante de la triangle SARS-CoV-2 a été rapportée dans 162 pays en travers de six continents à partir de septembre 2021. La meilleure voie de limiter la pandémie est vaccination et infection naturelle. La vaccination et un lockdown strict aux bordures internationales ont eu lieu aux USA et l'Union européenne début 2021.

Cependant, une onde neuve de la variante de triangle a écarté mondial en dépit de la vaccination. Ceci propose que la variante neuve pourrait échapper aux vaccins développés ou à l'ABS de neutralisation.

Seule mutation de la variante de triangle

Les deux variantes les plus proches à la triangle, au κ SARS-CoV-2 et au B.1.617.3, n'ont pas étendu d'Inde, bien qu'elles aient été rapportées pendant le même temps. La comparaison des sites de mutation génique de S de la variante de triangle avec les deux autres variantes a indiqué un seul site unique de mutation, T478K. Cette mutation a été trouvée dans le motif obligatoire de récepteur critique (RBM) du gène de S. Supplémentaire, la variante de triangle comporte deux autres seules mutations dans le NTD de la région S1, de l'E156del et du R158G.

Les séquences des acides aminés du RBM ont été alignées pour les 10 variantes SARS-CoV-2 qui ont directement agi l'un sur l'autre avec ACE-2. On l'a constaté que seulement six résidus ont eu les sites courants d'interaction parmi les 21 sites proposés d'interaction. En outre, les résidus ACE-2 obligatoires dans le gène de S étaient directement avec les sites de mutation des variantes.

Une corrélation moins importante a été trouvée entre les résidus ACE-2 de interaction et les dix variantes.

Conclusion

La révision actuelle indique que les changements des sites de mutation des variantes SARS-CoV-2 sont responsables de la manifestation exceptionnelle de COVID-19 dans le monde entier. Une mutation distincte de T478K a été trouvée dans la variante de triangle qui pourrait être responsable de son transmissibility accru, gravité, et évasion vaccinique.

Un vaccin ou un ab de neutralisation doit être développé contre la variante de triangle pour éviter de futures manifestations.

Journal reference:
Suchandrima Bhowmik

Written by

Suchandrima Bhowmik

Suchandrima has a Bachelor of Science (B.Sc.) degree in Microbiology and a Master of Science (M.Sc.) degree in Microbiology from the University of Calcutta, India. The study of health and diseases was always very important to her. In addition to Microbiology, she also gained extensive knowledge in Biochemistry, Immunology, Medical Microbiology, Metabolism, and Biotechnology as part of her master's degree.

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