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Siti variabili di mutazione di delta SARS-CoV-2

Dall'emergenza del coronavirus 2 (SARS-CoV-2) di sindrome respiratorio acuto severo, ha subito parecchie mutazioni che provocano le varianti differenti del virus. La corrente e la maggior parte della variante rinomata fra loro è la variante di delta. È più contagiosa e contagiosa confrontata alle varianti precedenti di SARS-CoV-2. Di conseguenza, la variante di delta è stata classificata come una delle varianti di preoccupazione per l'organizzazione mondiale della sanità (WHO) ed il centri per il controllo e la prevenzione delle malattie degli Stati Uniti (US-CDC).

Studio: SARS-CoV-2 variante di delta (B.1.617.2): Una mutazione unica di T478K nel motivo obbligatorio del ricevitore del gene della punta. Credito di immagine: Studio Shutterstock di MIAStudio: SARS-CoV-2 variante di delta (B.1.617.2): Una mutazione unica di T478K nel motivo obbligatorio del ricevitore (RBM) del gene della punta. Credito di immagine: Studio Shutterstock di MIA

I vaccini contro la malattia 2019 (COVID-19) di coronavirus hanno cominciato distribuirsi nel gennaio 2021 universalmente per porre freno la pandemia.

Corrente, ci sono quattro tipi importanti dei vaccini: intero virus SARS-CoV-2, adenovirus, mRNA e proteina recombinante dell'sottounità. La maggior parte di questi vaccini sono basati sulla proteina della punta (s) presentata sulla busta virale eccetto il vaccino virale SARS-CoV-2. La proteina di S comprende 16 sottodomini, da cui il dominio dell'ricevitore-associazione (RBD) è più importante poichè interagisce con l'enzima di conversione dell'angiotensina 2 (ACE2) del host.

Con i vaccini, gli anticorpi di neutralizzazione separati (ABS) egualmente sono stati sviluppati per curare i pazienti COVID-19. Il modo di atto di tutti e quattro i vaccini è differente. Eppure, tutti generano gli ABS di neutralizzazione per proteggere una persona dall'infezione SARS-CoV-2 e per impedire la diffusione del virus.

Una nuova recensione pubblicata nella rete immune ha diviso i siti della mutazione nel RBD del delta variabile e di altre varianti di preoccupazione e delle varianti dell'avviso e dell'interesse. Ciò identificherebbe i siti critici di mutazione nelle varianti e contribuirebbe ad analizzare la crisi corrente della pandemia.

Variante dell'alfa SARS-CoV-2

L'alfa variante di SARS-CoV-2 originalmente è stata riferita nel Regno Unito (UK).  Questa variante è stata trovata per causare a 50 per cento più infettività, ospedalizzazione e fatalità che lo sforzo originale. L'alfa variante ha 13 mutazioni nel gene di S, da cui tre sono E484K, S494P e N501Y nel RBD, mentre il resto è nel dominio dal punto di vista funzionale atipico.

Beta variante SARS-CoV-2

La beta variante in primo luogo è stata riferita dal Sudafrica. È stato trovato per avere dieci mutazioni nel gene di S. Cinque di queste mutazioni erano presenti a L241del, L242del e A243del del dominio del N-terminale (NTD) della S e E484K, K417N e N501Y del RBD. Tutte le nove mutazioni di beta variante sono situate alla regione S1 e al C-terminale S2 della proteina della punta.

Variante di gamma SARS-CoV-2

La variante di gamma in primo luogo è stata riferita nel Brasile e nel Giappone. Ha complessivamente 11 mutazione nel gene di S. La maggior parte delle mutazioni sono situate nella regione S1 eccetto T1027I, situato nella regione S2. Tre mutazioni in RBD, in K417T, in E484K e in N501Y sono quasi identiche alla beta variante eccezione fatta per K417, dove T è sostituito dal N. La variante di gamma è differente dall'alfa e dalle beta varianti poiché non ha alcune eliminazioni nel dominio di NTD.

Variante di delta SARS-CoV-2

La variante di delta SARS-CoV-2 in primo luogo è stata riferita in India, seguente che si è trasformato nella variante più prevalente in paesi europei. Altri due kappe di varianti e B.1.617.3, sono stati riferiti in India durante lo stesso tempo e sono le varianti più vicine al delta.

Tre siti comuni di mutazione, L452R, D614G e P681R, sono divisi fra il delta variabile e le kappe e la variante B.1.617.3. Tuttavia, la variante di D614G è stata riferita in tutte e quattro le varianti di preoccupazione ed in tutte e sei le varianti di interesse e dell'avviso.

Il P681 è sostituito dalla H invece della R nella variante di delta confrontata all'alfa variante. Il sito di mutazione di L452R egualmente è stato trovato nelle varianti del ε SARS-CoV-2 e del ι dagli Stati Uniti. Tuttavia, tre siti di mutazione che erano unici al delta erano E156del, R158G e T478K.

Varianti SARS-CoV-2 di interesse e dell'avviso

Sei varianti SARS-CoV-2 di interesse e dell'avviso sono state riferite con le quattro varianti dei concerti. Queste varianti erano ε, ζ, η, ι, κ e B.1.617.3. Il ε SARS-CoV-2 e il ζ hanno soltanto quattro siti di mutazione, che è il meno numero delle mutazioni riferite in c'è ne delle varianti. Ancora, la variante del ζ ha i siti E484K e D614G di mutazione del terreno comunale. La mutazione di D614G è presente in tutte le varianti, mentre la mutazione di E484K è trovata in otto delle varianti.

SARS-CoV-2 la variante del η (B.1.525) del Regno Unito e della Nigeria consiste di otto siti di mutazione da cui tre siti, H69del, V70del e Y144del, sono situati in NTD della regione S1. La variante del η ha due siti comuni di mutazione, E484K e D614G e tre siti unici, A67V, Q677H e F888L. La variante del ι (B.1.526) di New York consiste di 14 siti di mutazione. Questa variante è stata trovata per avere mutazioni miste in nove siti di mutazione che sono trovati fra parecchie varianti, mentre cinque siti di mutazione erano unici, L5F, D253G, S477N, T859N e Q957R.

SARS-CoV-2 il κ (B.1.617.1) e le varianti B.1.617.3 sono molto simili alla variante di delta. Queste tre varianti dividono cinque siti di mutazione, T19R, G142D, L452R, D614G e P681R. La mutazione di D950N è comune fra il delta e B.1.617.3, mentre Q1071H è unico alla variante del κ. Il sito di mutazione di E484Q di κ e le varianti B.1.617.3 egualmente sono trovati nelle altre varianti ma con la sostituzione del K invece del Q.

Predisposizione delle varianti SARS-CoV-2 al trattamento monoclonale di ab

Food and Drug Administration (FDA) ha asserito un'autorizzazione FDA di uso (EUA) di emergenza per l'uso di emergenza dell'ABS monoclonale unapproved contro SARS-CoV-2. Corrente, ci sono tre ABS monoclonali disponibili per il trattamento di COVID-19, il bamlanivimab più etesevimab, il sotrovimab e il casirivimab più imdevimab.

L'efficacia del primo vaccino e del trattamento di neutralizzazione dell'ab è stata verificata l'alfa e la beta variante di SARS-CoV-2. È stato trovato che il vaccino ha avuto effetti protettivi con il vettore dell'adenovirus ed il vaccino del mRNA, sebbene ci fosse una certa fuga di queste varianti. L'alfa variante, tuttavia, ha mostrato poca o nessuna predisposizione all'ABS monoclonale. Al contrario, il beta, la gamma e le varianti del ι hanno mostrato una riduzione della predisposizione quando la combinazione di bamlanivimab e di etesevimab è stata usata.

Il delta, il κ, B.1.617.3 come pure variante del η, ha mostrato una riduzione della neutralizzazione sull'uso dell'ABS monoclonale. Di conseguenza, la distribuzione di bamlanivimab e di etesevimab è stata fatta una pausa dall'ufficio del segretario di aiuto per la preparazione e la risposta il 25 giugno 2021.

Tuttavia, i dati correnti hanno rivelato che la maggior parte degli stirpi variabili di delta erano sensibili a bamlanivimab e a etesevimab. Quindi, in base a questi dati, hanno guadagnato ancora l'autorizzazione essere usato il 15 settembre 2021.

Impatto della variante di delta attraverso il globo

La diffusione della pandemia COVID-19 può essere interrotta capendo le caratteristiche di ciascuna delle varianti SARS-CoV-2. I ricercatori messi a fuoco sul gene di S poiché codifica la proteina della punta che interagisce con il ricevitore ACE-2 del host e promuove l'entrata del virus dentro la cellula ospite. Tutti i vaccini ed ABS di neutralizzazione sono mirati a verso la proteina di S e un certo trattamento per bloccare la replica del virus dentro la cellula ospite.

La variante di delta SARS-CoV-2 è stata riferita in 162 paesi attraverso sei continenti il settembre 2021. Il migliore modo porre freno la pandemia è la vaccinazione ed infezione naturale. La vaccinazione e un lockdown rigoroso sulle frontiere internazionali hanno avuto luogo negli Stati Uniti e l'Unione Europea all'inizio del 2021.

Tuttavia, un new wave della variante di delta ha sparso mondiale malgrado la vaccinazione. Ciò suggerisce che la nuova variante potrebbe sfuggire ai vaccini sviluppati o all'ABS di neutralizzazione.

Mutazione unica della variante di delta

Le due varianti più vicine al delta, al κ SARS-CoV-2 e a B.1.617.3, non si sono sparse fuori dall'India, sebbene fossero riferite durante lo stesso tempo. Il confronto dei siti di mutazione genetica di S della variante di delta con le altre due varianti ha rivelato un singolo sito unico di mutazione, T478K. Questa mutazione è stata trovata all'interno del motivo obbligatorio del ricevitore critico (RBM) del gene di S. Ulteriormente, la variante di delta comprende altre due mutazioni uniche nel NTD della regione S1, del E156del e del R158G.

Le sequenze aminoacidiche del RBM sono state state allineate per le 10 varianti SARS-CoV-2 che direttamente hanno interagito con ACE-2. È stato trovato che soltanto sei residui hanno avuti siti comuni di interazione fra il 21 sito suggerito di interazione. Inoltre, i residui obbligatori ACE-2 nel gene di S direttamente sono stati paragonati ai siti di mutazione delle varianti.

Una correlazione secondaria è stata trovata fra i residui d'interazione ACE-2 e le dieci varianti.

Conclusione

L'esame corrente indica che i cambiamenti nei siti di mutazione delle varianti SARS-CoV-2 sono responsabili dello scoppio insolito di COVID-19 nel mondo intero. Una mutazione distinta di T478K è stata individuata nella variante di delta che potrebbe essere responsabile del sui transmissibility aumentato, severità e fuga vaccino.

Un vaccino o un ab di neutralizzazione deve essere sviluppato contro la variante di delta per impedire gli scoppi futuri.

Journal reference:
Suchandrima Bhowmik

Written by

Suchandrima Bhowmik

Suchandrima has a Bachelor of Science (B.Sc.) degree in Microbiology and a Master of Science (M.Sc.) degree in Microbiology from the University of Calcutta, India. The study of health and diseases was always very important to her. In addition to Microbiology, she also gained extensive knowledge in Biochemistry, Immunology, Medical Microbiology, Metabolism, and Biotechnology as part of her master's degree.

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