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Locais variantes da mutação do delta SARS-CoV-2

Desde a emergência do coronavirus 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2), submeteu-se a diversas mutações que causam variações diferentes do vírus. A corrente e a maioria de variação notória entre elas são a variação do delta. É mais contagioso e infecciosa comparada às variações precedentes de SARS-CoV-2. Conseqüentemente, a variação do delta foi classificada como uma das variações do interesse pela Organização Mundial de Saúde (WHO) e pelos centros para o controlo e prevenção de enfermidades dos Estados Unidos (US-CDC).

Estudo: Variação do delta SARS-CoV-2 (B.1.617.2): Uma mutação original de T478K em motivo obrigatório do receptor do gene do ponto. Crédito de imagem: Estúdio Shutterstock de MIAEstudo: Variação do delta SARS-CoV-2 (B.1.617.2): Uma mutação original de T478K em motivo obrigatório do receptor (RBM) do gene do ponto. Crédito de imagem: Estúdio Shutterstock de MIA

As vacinas contra a doença 2019 do coronavirus (COVID-19) começaram ser distribuídas no mundo inteiro em janeiro de 2021 para limitar a pandemia.

Actualmente, há quatro tipos principais da vacina: vírus SARS-CoV-2 inteiro, vírus adenóide, mRNA, e proteína de recombinação da subunidade. A maioria destas vacinas são baseadas na proteína do ponto (s) apresentada no envelope viral exceto a vacina SARS-CoV-2 viral. A proteína de S compreende 16 subdomínios, fora de que o domínio receptor-obrigatório (RBD) é o mais importante porque interage com a enzima deconversão 2 (ACE2) do anfitrião.

Junto com vacinas, os anticorpos de neutralização separados (Abs) foram desenvolvidos igualmente para tratar os pacientes COVID-19. O modo de acção de todas as quatro vacinas é diferente. Ainda, todo geram Abs de neutralização para proteger um indivíduo da infecção SARS-CoV-2 e para impedir a propagação do vírus.

Um artigo de revisão novo publicado na rede imune dissecou os locais da mutação no RBD do delta variante e de outras variações do interesse e de variações do alerta e do interesse. Isto identificaria os locais críticos da mutação nas variações e ajudá-los-ia a analisar a crise actual da pandemia.

Variação do alfa SARS-CoV-2

A variação alfa de SARS-CoV-2 foi relatada originalmente no Reino Unido (UK).  Esta variação foi encontrada para causar a 50 por cento mais infectividade, hospitalização, e fatalidade do que a tensão original. A variação alfa tem 13 mutações no gene de S, fora de que três são E484K, S494P, e N501Y no RBD, quando o resto estiver no domínio funcional uncharacterized.

Beta variação SARS-CoV-2

A beta variação foi relatada primeiramente de África do Sul. Encontrou-se para ter dez mutações no gene de S. Cinco destas mutações estaram presente em L241del, L242del, e A243del do domínio do N-terminal (NTD) de S e E484K, K417N, e N501Y do RBD. Todas as nove mutações da beta variação são ficadas situadas na região S1 e no C-terminal S2 da proteína do ponto.

Variação da gama SARS-CoV-2

A variação da gama foi relatada primeiramente em Brasil e em Japão. Tem um total de 11 mutações no gene de S. A maioria das mutações são ficadas situadas na região S1 exceto T1027I, situado na região S2. Três mutações em RBD, em K417T, em E484K, e em N501Y são quase idênticas à beta variação à exceção de K417, onde T é substituído pelo N. A variação da gama é diferente do alfa e das beta variações desde que não tem nenhuns supressões no domínio de NTD.

Variação do delta SARS-CoV-2

A variação do delta SARS-CoV-2 foi relatada primeiramente na Índia, seguindo que se transformou a variação a mais predominante em países europeus. Kappa de duas outros variações e B.1.617.3, foram relatados na Índia durante o mesmo tempo e são as variações as mais próximas ao delta.

Três locais comuns da mutação, L452R, D614G, e P681R, são compartilhados entre a variação do delta e o Kappa e a variação B.1.617.3. Contudo, a variação de D614G foi relatada em todas as quatro variações do interesse e em todas as seis variações do interesse e do alerta.

O P681 é substituído por H em vez de R na variação do delta comparada à variação alfa. O local da mutação de L452R foi encontrado igualmente em variações do ε SARS-CoV-2 e do ι dos E.U. Contudo, três locais da mutação que eram originais ao delta eram E156del, R158G, e T478K.

Variações SARS-CoV-2 do interesse e do alerta

Seis variações SARS-CoV-2 do interesse e do alerta foram relatadas junto com as quatro variações dos concertos. Estas variações eram ε, ζ, η, ι, κ, e B.1.617.3. O ε SARS-CoV-2 e o ζ têm somente quatro locais da mutação, que é menos número de mutações relatadas em algumas das variações. Além disso, a variação do ζ tem os locais E484K e D614G da mutação da terra comum. A mutação de D614G esta presente em todas as variações, quando a mutação de E484K for encontrada em oito das variações.

A variação do η SARS-CoV-2 (B.1.525) do Reino Unido e da Nigéria consiste em oito locais da mutação fora de que três locais, H69del, V70del, e Y144del, são ficados situados em NTD da região S1. A variação do η tem dois locais comuns da mutação, E484K e D614G, e três locais originais, A67V, Q677H, e F888L. A variação do ι (B.1.526) de New York consiste em 14 locais da mutação. Esta variação foi encontrada para ter mutações misturadas em nove locais da mutação que são encontrados entre diversas variações, quando cinco locais da mutação eram originais, L5F, D253G, S477N, T859N, e Q957R.

O κ SARS-CoV-2 (B.1.617.1) e as variações B.1.617.3 são muito similares à variação do delta. Estas três variações compartilham de cinco locais da mutação, T19R, G142D, L452R, D614G, e P681R. A mutação de D950N é comum entre o delta e o B.1.617.3, quando Q1071H for original à variação do κ. O local da mutação de E484Q do κ e as variações B.1.617.3 são encontrados igualmente nas outras variações mas com a substituição de K em vez do Q.

Susceptibilidade das variações SARS-CoV-2 ao tratamento monoclonal do Ab

Food and Drug Administration (FDA) afirmou uma autorização FDA do uso (EUA) da emergência para o uso da emergência de Abs monoclonal unapproved contra SARS-CoV-2. Actualmente, há três Abs monoclonais disponíveis para o tratamento de COVID-19, o bamlanivimab mais o etesevimab, o sotrovimab, e o casirivimab mais o imdevimab.

A eficácia da primeira vacina e do tratamento de neutralizar o Ab foi verificada no alfa e na beta variação de SARS-CoV-2. Encontrou-se que a vacina teve efeitos protectores com vector do vírus adenóide e vacina do mRNA, embora houvesse algum escape destas variações. A variação alfa, contudo, mostrou quase nenhuma susceptibilidade ao Abs monoclonal. Ao contrário, o beta, a gama, e as variações do ι mostraram uma redução na susceptibilidade quando a combinação de bamlanivimab e de etesevimab foi usada.

O delta, κ, B.1.617.3, assim como variação do η, mostrou uma redução na neutralização no uso do Abs monoclonal. Conseqüentemente, a distribuição do bamlanivimab e do etesevimab foi pausada pelo escritório do secretário assistente para a prontidão e a resposta o 25 de junho de 2021.

Contudo, os dados actuais revelaram que a maioria das linhagens variantes do delta eram sensíveis ao bamlanivimab e ao etesevimab. Assim, com base nestes dados, ganharam outra vez a autorização ser usado o 15 de setembro de 2021.

Impacto da variação do delta através do globo

A propagação da pandemia COVID-19 pode ser parada compreendendo as características de cada um das variações SARS-CoV-2. Os pesquisadores focalizados no gene de S desde que codifica a proteína do ponto que interage com o receptor ACE-2 do anfitrião e promove a entrada do vírus dentro da pilha de anfitrião. Todas as vacinas e Abs de neutralização são visados para a proteína de S e algum tratamento para obstruir a réplica do vírus dentro da pilha de anfitrião.

A variação do delta SARS-CoV-2 foi relatada em 162 países através de seis continentes em setembro de 2021. A melhor maneira de limitar a pandemia é vacinação e infecção natural. A vacinação e um lockdown restrito em fronteiras internacionais ocorreram nos E.U. e na União Europeia ao princípio de 2021.

Contudo, uma nova onda da variação do delta espalhou mundial apesar da vacinação. Isto sugere que a variação nova poderia escapar as vacinas desenvolvidas ou o Abs de neutralização.

Mutação original da variação do delta

As duas variações as mais próximas ao delta, ao κ SARS-CoV-2 e ao B.1.617.3, não espalharam para fora da Índia, embora fossem relatadas durante o mesmo tempo. A comparação dos locais da mutação genética de S da variação do delta com outras duas variações revelou um único local original da mutação, T478K. Esta mutação foi encontrada dentro do motivo obrigatório do receptor crítico (RBM) do gene de S. Adicionalmente, a variação do delta compreende outras duas mutações originais no NTD da região S1, do E156del e do R158G.

As seqüências de ácido aminado do RBM foram alinhadas para as 10 variações SARS-CoV-2 que interagiram directamente com o ACE-2. Encontrou-se que somente seis resíduos tiveram locais comuns da interacção entre os 21 locais sugeridos da interacção. Também, os resíduos ACE-2 obrigatórios no gene de S foram comparados directamente com os locais da mutação das variações.

Uma correlação menor foi encontrada entre os resíduos ACE-2 de interacção e as dez variações.

Conclusão

A revisão actual indica que as mudanças nos locais da mutação das variações SARS-CoV-2 são responsáveis para a manifestação incomum de COVID-19 no mundo inteiro. Uma mutação distinta de T478K foi detectada na variação do delta que poderia ser responsável para seus transmissibility aumentado, severidade, e escape vacinal.

Uma vacina ou um Ab de neutralização devem ser desenvolvidos contra a variação do delta para impedir as manifestações futuras.

Journal reference:
Suchandrima Bhowmik

Written by

Suchandrima Bhowmik

Suchandrima has a Bachelor of Science (B.Sc.) degree in Microbiology and a Master of Science (M.Sc.) degree in Microbiology from the University of Calcutta, India. The study of health and diseases was always very important to her. In addition to Microbiology, she also gained extensive knowledge in Biochemistry, Immunology, Medical Microbiology, Metabolism, and Biotechnology as part of her master's degree.

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