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Sitios variables de la mutación del delta SARS-CoV-2

Desde la aparición del coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de la neumonía asiática, ha experimentado varias mutaciones que daban lugar a diversas variantes del virus. La corriente y la mayoría de la variante notoria entre ellas es la variante del delta. Es más contagiosa e infecciosa comparada a las variantes anteriores de SARS-CoV-2. Por lo tanto, la variante del delta ha sido clasificada como una de las variantes de la preocupación por la Organización Mundial de la Salud (WHO) y los centros para el control y prevención de enfermedades de Estados Unidos (US-CDC).

Estudio: Variante del delta SARS-CoV-2 (B.1.617.2): Una mutación única de T478K en el adorno obligatorio del receptor del gen del pico. Haber de imagen: Estudio Shutterstock de MIAEstudio: Variante del delta SARS-CoV-2 (B.1.617.2): Una mutación única de T478K en el adorno obligatorio del receptor (RBM) del gen del pico. Haber de imagen: Estudio Shutterstock de MIA

Las vacunas contra la enfermedad 2019 (COVID-19) del coronavirus comenzaron a ser distribuidas por todo el mundo en enero de 2021 para contener el pandémico.

Actualmente, hay cuatro tipos importantes de la vacuna: virus entero SARS-CoV-2, adenovirus, mRNA, y proteína recombinante de la subunidad. La mayor parte de estas vacunas se basan en la proteína del pico (s) presentada en el envolvente viral excepto la vacuna viral SARS-CoV-2. La proteína de S comprende 16 subdomains, fuera de los cuales el dominio receptor-obligatorio (RBD) es el más importante pues obra recíprocamente con la enzima angiotensina-que convierte 2 (ACE2) del ordenador principal.

Junto con vacunas, los anticuerpos de neutralización separados (ABS) también fueron desarrollados para tratar a los pacientes COVID-19. La manera de la acción de las cuatro vacunas es diferente. No obstante, todos generan los ABS de neutralización para proteger a un individuo contra la infección SARS-CoV-2 y para prevenir la extensión del virus.

Una nueva crítica publicada en red inmune disecó los sitios de la mutación en el RBD del delta variable y de otras variantes de la preocupación y de variantes de la alarma y del interés. Esto determinaría los sitios críticos de la mutación en las variantes y ayudaría a analizar la crisis actual del pandémico.

Variante de la alfa SARS-CoV-2

La variante alfa de SARS-CoV-2 fue denunciada originalmente en el Reino Unido (UK).  Esta variante fue encontrada para causar a 50 por ciento más contagiosidad, hospitalización, y fatalidad que la deformación original. La variante alfa tiene 13 mutaciones en el gen de S, fuera del cual tres son E484K, S494P, y N501Y en el RBD, mientras que el descanso está en el dominio funcionalmente desacostumbrado.

Variante beta SARS-CoV-2

La variante beta primero fue denunciada de Suráfrica. Fue encontrado para tener diez mutaciones en el gen de S. Cinco de estas mutaciones estaban presentes en L241del, L242del, y A243del del dominio de la N-terminal (NTD) de S y E484K, K417N, y N501Y del RBD. Todas las nueve mutaciones de la variante beta están situadas en la región S1 y la C-terminal S2 de la proteína del pico.

Variante de la gamma SARS-CoV-2

La variante gamma primero fue denunciada en el Brasil y Japón. Tiene un total de 11 mutaciones en el gen de S. La mayor parte de las mutaciones están situadas en la región S1 excepto T1027I, situado en la región S2. Tres mutaciones en RBD, K417T, E484K, y N501Y son casi idénticas a la variante beta a excepción de K417, donde T es substituido por el N. La variante gamma es diferente de la alfa y de las variantes beta puesto que no tiene ninguna supresiones en el dominio de NTD.

Variante del delta SARS-CoV-2

La variante del delta SARS-CoV-2 primero fue denunciada en la India, siguiendo que se convirtió en la variante más frecuente de países europeos. Dos otras variantes Kappa y B.1.617.3, fueron denunciadas en la India al mismo tiempo y son las variantes más cercanas al delta.

Tres sitios comunes de la mutación, L452R, D614G, y P681R, se comparten entre la variante del delta y Kappa y la variante B.1.617.3. Sin embargo, la variante de D614G se ha denunciado en las cuatro variantes de la preocupación y las seis variantes del interés y de la alarma.

El P681 es substituido por H en vez de R en la variante del delta comparada a la variante alfa. El sitio de la mutación de L452R también fue encontrado en variantes del ε SARS-CoV-2 y del ι de los E.E.U.U. Sin embargo, tres sitios de la mutación que eran únicos al delta eran E156del, R158G, y T478K.

Variantes SARS-CoV-2 del interés y de la alarma

Seis variantes SARS-CoV-2 del interés y de la alarma fueron denunciadas junto con las cuatro variantes de conciertos. Estas variantes eran ε, ζ, η, ι, κ, y B.1.617.3. El ε SARS-CoV-2 y el ζ tienen solamente cuatro sitios de la mutación, que es el menos número de mutaciones denunciadas en variantes unas de los. Además, la variante del ζ tiene los sitios E484K y D614G de la mutación del campo común. La mutación de D614G está presente en todas las variantes, mientras que la mutación de E484K se encuentra en ocho de las variantes.

La variante del η SARS-CoV-2 (B.1.525) de Reino Unido y de Nigeria consiste en ocho sitios de la mutación fuera de los cuales tres sitios, H69del, V70del, y Y144del, estén situados en NTD de la región S1. La variante del η tiene dos sitios comunes de la mutación, E484K y D614G, y tres sitios únicos, A67V, Q677H, y F888L. La variante del ι (B.1.526) de Nueva York consiste en 14 sitios de la mutación. Esta variante fue encontrada para tener mutaciones mezcladas en nueve sitios de la mutación que se encuentran entre varias variantes, mientras que cinco sitios de la mutación eran únicos, L5F, D253G, S477N, T859N, y Q957R.

El κ SARS-CoV-2 (B.1.617.1) y las variantes B.1.617.3 son muy similares a la variante del delta. Estas tres variantes comparten cinco sitios de la mutación, T19R, G142D, L452R, D614G, y P681R. La mutación de D950N es común entre el delta y B.1.617.3, mientras que Q1071H es único a la variante del κ. El sitio de la mutación de E484Q del κ y las variantes B.1.617.3 también se encuentran en las otras variantes pero con la substitución de K en vez del Q.

Susceptibilidad de las variantes SARS-CoV-2 al tratamiento monoclonal del Ab

Food and Drug Administration (FDA) ha afirmado una autorización FDA del uso (EUA) de la emergencia para el uso de la emergencia del ABS monoclonal no aprobado contra SARS-CoV-2. Actualmente, hay tres ABS monoclonales disponibles para el tratamiento de COVID-19, el bamlanivimab más etesevimab, el sotrovimab, y el casirivimab más imdevimab.

La eficacia de la primera vacuna y del tratamiento de neutralizar el Ab fue comprobada la alfa y la variante beta de SARS-CoV-2. Fue encontrado que la vacuna tenía efectos protectores con vector del adenovirus y la vacuna del mRNA, aunque haya un cierto escape de estas variantes. La variante alfa, sin embargo, mostró poco o nada de susceptibilidad al ABS monoclonal. En cambio, las variantes beta, gammas, y del ι mostraron una reducción en susceptibilidad cuando la combinación del bamlanivimab y del etesevimab fue utilizada.

El delta, κ, B.1.617.3, así como variante del η, mostró una reducción en la neutralización en el uso del ABS monoclonal. Por lo tanto, la distribución del bamlanivimab y del etesevimab fue detenida brevemente por la oficina de la secretaria auxiliar para el estado de preparación y la reacción el 25 de junio de 2021.

Sin embargo, los datos actuales revelaron que la mayor parte de los linajes variables del delta eran sensibles al bamlanivimab y al etesevimab. Así, sobre la base de estos datos, ganaron otra vez la autorización de ser utilizado el 15 de septiembre de 2021.

Impacto de la variante del delta a través del globo

La extensión del pandémico COVID-19 puede ser parada entendiendo las características de cada uno de las variantes SARS-CoV-2. Los investigadores centrados en el gen de S puesto que codifica la proteína del pico que obra recíprocamente con el receptor ACE-2 del ordenador principal y asciende el asiento del virus dentro de la célula huesped. Todas las vacunas y ABS de neutralización se apuntan hacia la proteína de S y un cierto tratamiento para cegar la réplica del virus dentro de la célula huesped.

La variante del delta SARS-CoV-2 se ha denunciado en 162 países a través de seis continentes en septiembre de 2021. La mejor manera de contener el pandémico es vacunación e infección natural. La vacunación y un lockdown estricto en las bandas internacionales ocurrieron en los E.E.U.U. y la unión europea a principios de 2021.

Sin embargo, una nueva ola de la variante del delta extendió mundial a pesar de la vacunación. Esto sugiere que la nueva variante podría escape las vacunas desarrolladas o el ABS de neutralización.

Mutación única de la variante del delta

Las dos variantes más cercanas al delta, al κ SARS-CoV-2 y a B.1.617.3, no se extendieron fuera de la India, aunque fueran denunciadas al mismo tiempo. La comparación de los sitios de la mutación de gen de S de la variante del delta con las otras dos variantes reveló un único sitio único de la mutación, T478K. Esta mutación fue encontrada dentro del adorno obligatorio del receptor crítico (RBM) del gen de S. Además, la variante del delta comprende dos otras mutaciones únicas en el NTD de la región S1, del E156del y del R158G.

Las series de aminoácido del RBM fueron alineadas para las 10 variantes SARS-CoV-2 que obraron recíprocamente directamente con ACE-2. Fue encontrado que solamente seis residuos tenían sitios comunes de la acción recíproca entre los 21 sitios sugeridos de la acción recíproca. También, los residuos obligatorios ACE-2 en el gen de S fueron comparados directamente con los sitios de la mutación de las variantes.

Una correlación de menor importancia fue encontrada entre los residuos que obraban recíprocamente ACE-2 y las diez variantes.

Conclusión

La revista actual indica que los cambios en los sitios de la mutación de las variantes SARS-CoV-2 son responsables del brote inusual de COVID-19 en el mundo entero. Una mutación distinta de T478K fue descubierta en la variante del delta que podría ser responsable de su transmisibilidad creciente, severidad, y escape vaccíneo.

Una vacuna o un Ab de neutralización debe ser desarrollada contra la variante del delta para prevenir los brotes futuros.

Journal reference:
Suchandrima Bhowmik

Written by

Suchandrima Bhowmik

Suchandrima has a Bachelor of Science (B.Sc.) degree in Microbiology and a Master of Science (M.Sc.) degree in Microbiology from the University of Calcutta, India. The study of health and diseases was always very important to her. In addition to Microbiology, she also gained extensive knowledge in Biochemistry, Immunology, Medical Microbiology, Metabolism, and Biotechnology as part of her master's degree.

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