Avertissement : Cette page est une traduction automatique de cette page à l'origine en anglais. Veuillez noter puisque les traductions sont générées par des machines, pas tous les traduction sera parfaite. Ce site Web et ses pages Web sont destinés à être lus en anglais. Toute traduction de ce site et de ses pages Web peut être imprécis et inexacte, en tout ou en partie. Cette traduction est fournie dans une pratique.

Émergence d'une variante SARS-CoV-2 neuve de France du sud

En décembre 2019, un coronavirus nouveau était rapporté de la province de Wuhan de la Chine qui, par la suite, a écarté rapidement en travers du monde. L'Organisation Mondiale de la Santé a déclaré la manifestation pour être une pandémie, qui est maintenant connue comme pandémie de la maladie 2019 de coronavirus (COVID-19). L'agent causal a été caractérisé comme virus ARN, à savoir, le coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère.

Étude : Émergence en France du sud dÉtude : Émergence en France du sud d'une variante SARS-CoV-2 neuve d'origine probablement canerounaise hébergeant les remplacements N501Y et l'E484K dans la protéine de pointe. Crédit d'image : SibRapid/Shutterstock

Mouvement propre

Depuis le début de cette pandémie, plusieurs variantes SARS-CoV-2 ont en raison apparu des mutations. Quelques variantes, particulièrement ceux qui appartiennent à la catégorie des variantes de la préoccupation (VOC), sont comparées plus virulent et plus transmissible à la tension originelle, et certains peuvent également éluder la protection immunisée induite par l'intermédiaire de la vaccination COVID-19 ou de l'infection naturelle. Les variantes SARS-CoV-2 ont entraîné des épidémies distinctes, successives ou superposées.

Les études précédentes ont indiqué que l'origine de ces variantes était en grande partie après leur introduction de l'étranger. Une variante neuve a pu également être introduite par le vison. Ces observations ont été basées sur des échantillons de génotypage obtenus à partir de 40.000 patients COVID-19 employant la méthode de ordonnancement (NGS) de la deuxième génération. Les scientifiques ont également effectué les tests en temps réel multiples d'ACP de transcription inverse (qPCR) spécifiques à chaque variante pour déterminer ses caractéristiques de boîte de vitesses.

Une étude neuve, publiée sur le serveur de prétirage de medRxiv*, a décrit l'émergence d'une autre variante SARS-CoV-2 neuve de France du sud-est avec l'origine canerounaise.

L'émergence d'une Variante-IHU SARS-CoV-2 neuve

Les chercheurs ont rapporté que le cas d'index était un adulte avec l'infection COVID-19 et son diagnostic a été confirmé par le qPCR, utilisant un échantillon nasopharyngal rassemblé autour du milieu de novembre 2021. Il était vacciné contre l'infection SARS-CoV-2 et les symptômes respiratoires doux développés moins de trois jours de retour du Cameroun. Il a été diagnostiqué avec COVID-19 moins d'un jour de remarquer des symptômes respiratoires. Les scientifiques ont trouvé une configuration neuve des mutations, c.-à-d., une combinaison atypique avec des mutations de L452R-negative, d'E484K-positive, et d'E484Q-negative, qui n'était pas assimilé à la triangle variable (tension de diffusion de domination) ou à d'autres variantes SARS-CoV-2. Intéressant, les échantillons respiratoires rassemblés de sept autres patients SARS-CoV-2 infectés demeurant dans la même zone géographique ont montré une combinaison assimilée des mutations examinées par le qPCR.

Pour l'analyse approfondie, ces échantillons ont été envoyés à l'infection de Méditerranée d'institut de centre hospitalier universitaire pour le séquençage du génome SARS-CoV-2. L'analyse génomique a indiqué la présence de quarante-six remplacements de nucléotide et de trente-sept omissions. Les chercheurs promeuvent rapporté la présence de quatorze substitutions de l'acide aminé et de neuf omissions acides aminées situées dans la protéine de pointe. Certaines des combinaisons de mutation se sont avérées assimilées à d'autres variantes SARS-CoV-2, par exemple, les remplacements N501Y et E484K ont été combinés, qui est assimilé aux variantes de bêta, de gamma, de thêta et d'Omicron. De même, la présence du remplacement F490S était assimilée à la variante de lambda, et le remplacement P681H était assimilé aux variantes de lambda et d'Omicron.

En plus de la protéine de pointe, les mutations se sont également produites en d'autres protéines de structure, c.-à-d., deux remplacements dans la protéine de nucleocapsid et une dans la protéine de membrane. Dans le cadre des protéines non-structurelles, les scientifiques ont observé un remplacement en protéines ARN-dépendantes de polymérase ARN, c.-à-d., Nsp2, Nsp3, Nsp4, Nsp6, Nsp12, et hélicase (Nsp13). Supplémentaire, deux remplacements ont été trouvés dans Nsp14 (3' - 5' exonucléase), quatre remplacements dans Nsp8, et trois omissions dans Nsp6. Les modifications acides aminées étaient également rapportées en protéines de réglementation, c.-à-d., quatre remplacements dans ORF3a, un dans ORF9b, et un dans ORF8.

Après analyse primaire, le Pangolin a caractérisé cette tension à la lignée B.1.640. Plus tard, les chercheurs ont mis ce génome comme outgroup de la lignée B.1.640 qui correspond à une variante qui a été la première fois recensée en France en avril 2021, en Indonésie en août 2021, et en République du Congo (Brazzaville) en septembre 2021. Plusieurs cas COVID-19 de cette lignée étaient également rapportés de la Bretagne, France autour de mi-octobre 2021. Cependant, les les deux les lignées diffèrent par sept mutations, vingt-cinq remplacements de nucléotide, et trente-trois omissions de nucléotide.

Après l'étude des similitudes et des dissimilitudes génomiques, et les configurations de mutation, scientifiques rapportés l'émergence d'une variante SARS-CoV-2 neuve et nommée la « IHU ». L'analyse phylogénétique a indiqué qu'IHU et B.1.640 sont attentivement associés mais comportent deux succursales divergentes. Les chercheurs ont observé que le cas d'index était probablement infecté avec la variante d'IHU pendant son séjour au Cameroun, mais aucun des séquences procurables dans GISAID, parmi des génomes de ce pays, ne s'est assortie ou a appartenu aux lignées B.1.640.1 ou B.1.640.2. Tous les échantillons positifs variables d'IHU ont montré les configurations assimilées des combinaisons de mutation dans la région de pointe.

Conclusion

Les auteurs ont mis en valeur l'imprévisibilité de l'émergence des variantes SARS-CoV-2 neuves. Supplémentaire, ils ont précisé la possibilité plus élevée de l'introduction d'une variante neuve de l'étranger, qui peut s'étendre rapidement dans une zone géographique neuve. Les scientifiques ont mis l'accent sur l'importance du contrôle génomique de SARS-CoV-2 qui a été mis en application à un niveau du pays en France depuis l'été de 2020.

Cette étude a décrit l'émergence d'une variante SARS-CoV-2 neuve et l'a nommée IHU. Cependant, les chercheurs ont déclaré qu'elle est encore tôt pour spéculer sur les variantes d'IHU pendant que le nombre de cas est extrêmement - inférieures.

avis *Important

le medRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Dr. Priyom Bose

Written by

Dr. Priyom Bose

Priyom holds a Ph.D. in Plant Biology and Biotechnology from the University of Madras, India. She is an active researcher and an experienced science writer. Priyom has also co-authored several original research articles that have been published in reputed peer-reviewed journals. She is also an avid reader and an amateur photographer.

Citations

Please use one of the following formats to cite this article in your essay, paper or report:

  • APA

    Bose, Priyom. (2022, January 06). Émergence d'une variante SARS-CoV-2 neuve de France du sud. News-Medical. Retrieved on January 22, 2022 from https://www.news-medical.net/news/20220106/Emergence-of-a-new-SARS-CoV-2-variant-from-Southern-France.aspx.

  • MLA

    Bose, Priyom. "Émergence d'une variante SARS-CoV-2 neuve de France du sud". News-Medical. 22 January 2022. <https://www.news-medical.net/news/20220106/Emergence-of-a-new-SARS-CoV-2-variant-from-Southern-France.aspx>.

  • Chicago

    Bose, Priyom. "Émergence d'une variante SARS-CoV-2 neuve de France du sud". News-Medical. https://www.news-medical.net/news/20220106/Emergence-of-a-new-SARS-CoV-2-variant-from-Southern-France.aspx. (accessed January 22, 2022).

  • Harvard

    Bose, Priyom. 2022. Émergence d'une variante SARS-CoV-2 neuve de France du sud. News-Medical, viewed 22 January 2022, https://www.news-medical.net/news/20220106/Emergence-of-a-new-SARS-CoV-2-variant-from-Southern-France.aspx.