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Emergenza di nuova variante SARS-CoV-2 dalla Francia del sud

Nel dicembre 2019, un coronavirus novello è stato riferito dalla provincia di Wuhan della Cina che, successivamente, diffusione rapido attraverso il mondo. L'organizzazione mondiale della sanità ha dichiarato lo scoppio per essere una pandemia, che ora è conosciuta come la pandemia di malattia 2019 di coronavirus (COVID-19). L'agente causale è stato caratterizzato come virus a RNA, vale a dire, il coronavirus 2 (SARS-CoV-2) di sindrome respiratorio acuto severo.

Studio: Emergenza in Francia del sud di nuova variante SARS-CoV-2 dellStudio: Emergenza in Francia del sud di nuova variante SARS-CoV-2 dell'origine probabilmente camerunese che harbouring sia le sostituzioni N501Y che E484K nella proteina della punta. Credito di immagine: SibRapid/Shutterstock

Sfondo

Dall'inizio di questa pandemia, parecchie varianti SARS-CoV-2 hanno emergente dovuto le mutazioni. Alcune varianti, particolarmente quelle che appartengono alla categoria di varianti di preoccupazione (VOC), sono più virulente ed ereditarie confrontate allo sforzo originale ed alcune possono anche eludere la protezione immune indotta via la vaccinazione COVID-19 o l'infezione naturale. Le varianti SARS-CoV-2 hanno causato le epidemie distinte, successive o sovrapposte.

Gli studi precedenti hanno indicato che l'origine di queste varianti era principalmente dopo la loro introduzione dall'estero. Una nuova variante ha potuto anche essere introdotta dal visone. Queste osservazioni sono state basate sui campioni genotyping ottenuti da 40.000 pazienti COVID-19 che usando il metodo d'ordinamento (NGS) di prossima generazione. Gli scienziati egualmente hanno effettuato le prove inverse in tempo reale multiple di PCR della trascrizione (qPCR) specifiche ad ogni variante per determinare le sue caratteristiche della trasmissione.

Un nuovo studio, pubblicato sul " server " della pubblicazione preliminare del medRxiv*, ha descritto l'emergenza di un'altra nuova variante SARS-CoV-2 dalla Francia sudorientale con l'origine camerunese.

L'emergenza di nuova Variante-IHU SARS-CoV-2

I ricercatori hanno riferito che il caso di indice analitico era un adulto con l'infezione COVID-19 e la sua diagnosi è stata confermata da qPCR, facendo uso di un campione rinofaringeo raccolto intorno al mezzo del novembre 2021. È stato vaccinato contro l'infezione SARS-CoV-2 ed ha sviluppato i sintomi respiratori delicati entro tre giorni di ritorno dal Camerun. È stato diagnosticato con COVID-19 entro un giorno di avvertire i sintomi respiratori. Gli scienziati hanno individuato un nuovo reticolo delle mutazioni, cioè, una combinazione atipica con le mutazioni di L452R-negative, di E484K-positive e di E484Q-negative, che non era simile al delta variabile (sforzo di circolazione di dominazione) o ad altre varianti SARS-CoV-2. Interessante, i campioni respiratori raccolti altri da sette pazienti infettati SARS-CoV-2 che risiedono nella stessa area geografica hanno mostrato una simile combinazione di mutazioni schermate da qPCR.

Per ulteriore analisi, questi campioni sono stati inviati all'infezione di Méditerranée dell'istituto dell'ospedale universitario per sequenziamento del genoma SARS-CoV-2. L'analisi genomica ha rivelato la presenza di quarantasei sostituzioni del nucleotide e di trentasette eliminazioni. I ricercatori avanzano hanno riferito la presenza di quattordici sostituzioni dell'amminoacido e di nove eliminazioni dell'amminoacido situate nella proteina della punta. Alcune delle combinazioni di mutazione sono risultate simili ad altre varianti SARS-CoV-2, per esempio, le sostituzioni N501Y e E484K si sono combinate, che è simile a beta, varianti di gamma, di teta e di Omicron. Similmente, la presenza di sostituzione F490S era simile alla variante di lambda e la sostituzione P681H era simile alle varianti di Omicron e di lambda.

Oltre alla proteina della punta, le mutazioni egualmente si sono presentate in altre proteine strutturali, cioè, le due sostituzioni nella proteina del nucleocapsid ed una nella proteina della membrana. Nel contesto delle proteine non strutturali, gli scienziati hanno osservato l'una sostituzione in proteine RNA-dipendenti del RNA polimerasi, cioè, Nsp2, Nsp3, Nsp4, Nsp6, Nsp12 e il helicase (Nsp13). Ulteriormente, le due sostituzioni sono state trovate in Nsp14 (3' - 5' exonuclease), quattro sostituzioni in Nsp8 e tre eliminazioni in Nsp6. I cambiamenti dell'amminoacido egualmente sono stati riferiti in proteine regolarici, cioè, le quattro sostituzioni in ORF3a, in uno in ORF9b ed in uno in ORF8.

Dopo l'analisi primaria, il pangolino ha caratterizzato questo sforzo a stirpe B.1.640. Più successivamente, i ricercatori hanno collocato questo genoma come outgroup dello stirpe B.1.640 che corrisponde ad una variante che in primo luogo è stata identificata nel settembre 2021 in Francia nell'aprile 2021, in Indonesia nell'agosto 2021 ed in Repubblica del Congo (Brazzaville). Parecchi casi COVID-19 di questo stirpe egualmente sono stati riferiti da Bretagna, Francia verso metà ottobre 2021. Tuttavia, gli entrambi stirpi differiscono tramite sette mutazioni, le venticinque sostituzioni del nucleotide e trentatre eliminazioni del nucleotide.

Dopo lo studio le similarità e delle diversità genomiche ed i reticoli di mutazione, scienziati ha riferito l'emergenza di nuova variante SARS-CoV-2 e la ha nominata “IHU„. L'analisi filogenetica ha rivelato che IHU e B.1.640 sono strettamente connessi ma comprende due rami divergenti. I ricercatori hanno osservato che il caso di indice analitico possibilmente è stato infettato con la variante di IHU durante il suo soggiorno nel Camerun, ma nessuno delle sequenze disponibili in GISAID, fra i genoma da questo paese, hanno abbinato o appartenuto agli stirpi B.1.640.1 o B.1.640.2. Tutti i campioni positivi variabili di IHU hanno esibito i simili reticoli delle combinazioni di mutazione nella regione della punta.

Conclusione

Gli autori hanno evidenziato l'imprevedibilità dell'emergenza di nuove varianti SARS-CoV-2. Ulteriormente, hanno precisato il più alta possibilità dell'introduzione di nuova variante dall'estero, che può spargersi rapido in una nuova area geografica. Gli scienziati hanno sottolineato l'importanza di sorveglianza genomica di SARS-CoV-2 che è stato applicato ad un livello del paese'in Francia dall'estate di 2020.

Questo studio ha descritto l'emergenza di nuova variante SARS-CoV-2 e la ha nominata IHU. Tuttavia, i ricercatori hanno specificato che è ancora in anticipo speculare sulle varianti di IHU mentre il numero dei casi è estremamente - basse.

avviso *Important

il medRxiv pubblica i rapporti scientifici preliminari che pari-non sono esaminati e, pertanto, non dovrebbero essere considerati conclusivi, guida la pratica clinica/comportamento correlato con la salute, o trattato come informazioni stabilite.

Journal reference:
Dr. Priyom Bose

Written by

Dr. Priyom Bose

Priyom holds a Ph.D. in Plant Biology and Biotechnology from the University of Madras, India. She is an active researcher and an experienced science writer. Priyom has also co-authored several original research articles that have been published in reputed peer-reviewed journals. She is also an avid reader and an amateur photographer.

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