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Emergência de uma variação SARS-CoV-2 nova de França do sul

Em dezembro de 2019, um coronavirus novo foi relatado da província de Wuhan de China que, subseqüentemente, propagação ràpida através do mundo. A Organização Mundial de Saúde declarou a manifestação para ser uma pandemia, que fosse sabida agora como a pandemia da doença 2019 do coronavirus (COVID-19). O agente causal foi caracterizado como um vírus do RNA, a saber, coronavirus 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2).

Estudo: Emergência em França do sul de uma variação SARS-CoV-2 nova da origem provavelmente camaronesa que abriga as substituições N501Y e o E484K na proteína do ponto. Crédito de imagem: SibRapid/ShutterstockEstudo: Emergência em França do sul de uma variação SARS-CoV-2 nova da origem provavelmente camaronesa que abriga as substituições N501Y e o E484K na proteína do ponto. Crédito de imagem: SibRapid/Shutterstock

Fundo

Desde o início desta pandemia, diversas variações SARS-CoV-2 têm emerso devido às mutações. Algumas variações, especialmente aquelas que pertencem à categoria de variações do interesse (VOC), são mais virulentos e transmissíveis comparadas à tensão original, e algumas podem igualmente iludir a protecção imune induzida através da vacinação COVID-19 ou da infecção natural. As variações SARS-CoV-2 causaram as epidemias distintas, sucessivas ou sobrepor.

Os estudos precedentes indicaram que a origem destas variações era na maior parte após sua introdução de no exterior. Uma variação nova podia igualmente ser introduzida pelo vison. Estas observações foram baseadas nas amostras genotyping obtidas de 40.000 pacientes COVID-19 que usam a próxima geração que arranja em seqüência (NGS) o método. Os cientistas igualmente conduziram os testes múltiplos do PCR da transcrição do reverso do tempo real (qPCR) específicos a cada variação para determinar suas características da transmissão.

Um estudo novo, publicado no server da pré-impressão do medRxiv*, descreveu a emergência de uma outra variação SARS-CoV-2 nova de França do sudeste com origem camaronesa.

A emergência de uma Variação-IHU SARS-CoV-2 nova

Os pesquisadores relataram que o exemplo do deslocamento predeterminado era um adulto com infecção COVID-19 e seu diagnóstico estêve confirmado pelo qPCR, usando uma amostra nasopharyngeal recolhida em torno do meio de novembro de 2021. Foi vacinado contra a infecção SARS-CoV-2 e desenvolveu sintomas respiratórios suaves no prazo de três dias do retorno de República dos Camarões. Foi diagnosticado com COVID-19 dentro de um dia de experimentar sintomas respiratórios. Os cientistas detectaram um teste padrão novo das mutações, isto é, uma combinação atípica com as mutações de L452R-negative, de E484K-positive, e de E484Q-negative, que não era similar ao delta variante (tensão de circulação de dominação) ou a outras variações SARS-CoV-2. Interessante, as amostras respiratórias recolhidas outros de sete pacientes contaminados SARS-CoV-2 que residem na mesma área geográfica mostraram uma combinação similar de mutações selecionadas pelo qPCR.

Para a análise mais aprofundada, estas amostras foram enviadas à infecção de Méditerranée do instituto do hospital da universidade para arranjar em seqüência do genoma SARS-CoV-2. A análise genomic revelou a presença de quarenta e seis substituições do nucleotide e de trinta e sete supressões. Os pesquisadores promovem relataram a presença de quatorze substituições do ácido aminado e de nove supressões do ácido aminado situados na proteína do ponto. Algumas das combinações da mutação foram encontradas para ser similares a outras variações SARS-CoV-2, por exemplo, as substituições N501Y e E484K foram combinadas, que é similar a beta, variações da gama, da teta e do Omicron. Similarmente, a presença da substituição F490S era similar à variação do Lambda, e a substituição P681H era similar às variações do Lambda e do Omicron.

Além do que a proteína do ponto, as mutações igualmente ocorreram em outras proteínas estruturais, isto é, duas substituições na proteína do nucleocapsid e uma na proteína da membrana. No contexto de proteínas não-estruturais, os cientistas observaram uma substituição em proteínas RNA-dependentes da polimerase de RNA, isto é, Nsp2, Nsp3, Nsp4, Nsp6, Nsp12, e helicase (Nsp13). Adicionalmente, duas substituições foram encontradas em Nsp14 (3' - 5' exonuclease), em quatro substituições em Nsp8, e em três supressões em Nsp6. As mudanças do ácido aminado foram relatadas igualmente em proteínas reguladoras, isto é, quatro substituições em ORF3a, em um em ORF9b, e em um em ORF8.

Após a análise preliminar, o Pangolin caracterizou esta tensão à linhagem B.1.640. Mais tarde, os pesquisadores colocaram este genoma como um outgroup da linhagem B.1.640 que corresponde a uma variação que seja identificada primeiramente em França em abril de 2021, em Indonésia em agosto de 2021, e na República Democrática do Congo (Brazzaville) em setembro de 2021. Diversos casos COVID-19 desta linhagem foram relatados igualmente de Brittany, França por volta de meados de outubro de 2021. Contudo, ambas as linhagens diferem por sete mutações, por twenty-five substituições do nucleotide, e por trinta e três supressões do nucleotide.

Após o estudo das similaridades e das dissimilitudes genomic, e os testes padrões da mutação, cientistas relatou a emergência de uma variação SARS-CoV-2 nova e nomeou-a “IHU”. A análise filogenética revelou que IHU e B.1.640 são estreitamente relacionados mas compreende dois ramos divergentes. Os pesquisadores observaram que o exemplo do deslocamento predeterminado estêve contaminado possivelmente com a variação de IHU durante sua estada em República dos Camarões, mas nenhumas das seqüências disponíveis em GISAID, entre genomas deste país, combinaram ou pertenceram às linhagens B.1.640.1 ou B.1.640.2. Todas as amostras positivas variantes de IHU exibiram testes padrões similares de combinações da mutação na região do ponto.

Conclusão

Os autores destacaram a imprevisibilidade da emergência das variações SARS-CoV-2 novas. Adicionalmente, indicaram a possibilidade mais alta da introdução de uma variação nova de no exterior, que pudesse espalhar ràpida em uma área geográfica nova. Os cientistas sublinharam a importância da fiscalização genomic de SARS-CoV-2 que foi executado em um país-nível em França desde o verão de 2020.

Este estudo descreveu a emergência de uma variação SARS-CoV-2 nova e nomeou-a IHU. Contudo, os pesquisadores indicaram que está ainda adiantado especular nas variações de IHU como o número de casos é extremamente - baixas.

observação *Important

o medRxiv publica os relatórios científicos preliminares que par-não são revistos e, não devem conseqüentemente ser considerados como conclusivos, guia a prática clínica/comportamento saúde-relacionado, ou tratado como a informação estabelecida.

Journal reference:
Dr. Priyom Bose

Written by

Dr. Priyom Bose

Priyom holds a Ph.D. in Plant Biology and Biotechnology from the University of Madras, India. She is an active researcher and an experienced science writer. Priyom has also co-authored several original research articles that have been published in reputed peer-reviewed journals. She is also an avid reader and an amateur photographer.

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