脂蛋白在體內的處理被稱為脂蛋白代謝。它分為兩個途徑，外源性和內源性，在很大程度上取決於是否有問題的脂蛋白主要是由飲食（外源性）血脂，或他們是否在肝臟（內源性）起源，。
外源性途徑
襯小腸上皮細胞容易從飲食中吸收的脂質。這些血脂，包括甘油三酯，磷脂，膽固醇，載脂蛋白B - 48組裝成乳糜微粒。這些新生的乳糜微粒進入淋巴循環中的一個過程，在很大程度上取決於載脂蛋白B - 48從腸上皮細胞分泌的。當他們通過淋巴管循環，新生的乳糜微粒繞過肝循環，通過胸導管進入血液排出。
血液中的HDL顆粒捐贈載脂蛋白C - II和載脂蛋白E新生乳糜微粒;乳糜微粒是現在被認為是成熟的。通過載脂蛋白C - II，成熟的乳糜微粒激活脂蛋白脂酶（LPL），襯在血管內皮細胞的酶。 LPL的催化水解甘油三酯（即甘油共價加入到三個脂肪酸），最終發行甘油和脂肪酸的乳糜微粒。甘油和脂肪酸可被人體吸收周圍組織，尤其是脂肪和肌肉，能源和存儲。
水解乳糜微粒現在被認為是乳糜微粒殘餘。乳糜微粒殘餘繼續循環，直到它們通過載脂蛋白E與乳糜微粒殘餘受體，主要在肝臟中發現。這種相互作用的原因，隨後內溶酶體水解乳糜微粒殘餘的內吞作用。溶酶體水解釋放甘油和脂肪酸進入細胞內，其中可用於能源或儲存供日後使用。
內源性途徑
肝臟是脂蛋白，主要是極低密度脂蛋白的另一個重要來源。甘油三酯和膽固醇，載脂蛋白B - 100組裝，形成極低密度脂蛋白顆粒。新生的VLDL的粒子被釋放到血液中，通過一個依賴的過程後，載脂蛋白B - 100。
乳糜微粒代謝，載脂蛋白C - II和載脂蛋白，極低密度脂蛋白顆粒發送收購 HDL顆粒。一旦載入與載脂蛋白C - II和E，新生的VLDL顆粒被認為是成熟的。
再像乳糜微粒，極低密度脂蛋白顆粒循環遇到LPL的表達對血管內皮細胞。載脂蛋白C - II LPL的激活，引起水解極低密度脂蛋白粒子，並釋放甘油和脂肪酸。這些產品可以從血液中吸收周圍組織，主要是脂肪和肌肉。水解極低密度脂蛋白粒子現在被稱為極低密度脂蛋白的殘餘物或中間密度脂蛋白（IDLs）。 VLDL的殘餘流通，並通過載脂蛋白E和殘受體之間的相互作用，由肝臟吸收，也可以得到進一步的肝脂酶水解。
水解肝脂酶釋放甘油和脂肪酸，留下的IDL殘存，稱為低密度脂蛋白（LDL），其中包含一個相對高的膽固醇含量。低密度脂蛋白循環是由肝臟和外周血細胞吸收。低密度脂蛋白結合其靶組織發生通過低密度脂蛋白受體和載脂蛋白B - 100或發送 LDL顆粒之間的相互作用。吸收發生通過內吞作用，和內在的LDL顆粒內溶酶體水解，釋放脂質，主要是膽固醇。
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